More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1888 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1675  MATE efflux family protein  81.4 
 
 		 457 aa  673    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1888  MATE efflux family protein  100 
 
 		 457 aa  860    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3623  MATE efflux family protein  82.93 
 
 		 457 aa  686    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.25462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0796  multi anti extrusion protein MatE  58.06 
 
 		 484 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.505075 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0908  multi anti extrusion protein MatE  57.67 
 
 		 483 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0522974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5248  multi antimicrobial extrusion protein MatE  57.5 
 
 		 478 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1345  multi anti extrusion protein MatE  55.45 
 
 		 459 aa  435  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0771  putative cation-driven multidrug efflux pump  53.3 
 
 		 485 aa  397  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00132131 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3542  MATE efflux family protein  45.18 
 
 		 467 aa  321  1.9999999999999998e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.179333 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3694  MATE efflux family protein  41.78 
 
 		 472 aa  295  1e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0048  MATE efflux family protein  43.08 
 
 		 460 aa  285  9e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.782578  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5998  MATE efflux family protein  41.04 
 
 		 486 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.926416 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2205  hypothetical protein  39.59 
 
 		 480 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.891807 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0048  MATE efflux family protein  43.92 
 
 		 460 aa  257  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0386984 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4118  MATE efflux family protein  43.04 
 
 		 468 aa  249  6e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3317  MATE efflux family protein  39.02 
 
 		 469 aa  249  8e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3795  MATE efflux family protein  42.78 
 
 		 468 aa  248  2e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3218  multi anti extrusion protein MatE  41.26 
 
 		 455 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3060  multi anti extrusion protein MatE  39.53 
 
 		 456 aa  192  8e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2291  MATE efflux family protein  26.15 
 
 		 460 aa  146  7.0000000000000006e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05190  MATE efflux family protein  28.68 
 
 		 454 aa  120  3e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.969197  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2653  MATE efflux family protein  32.2 
 
 		 484 aa  116  7.999999999999999e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0091  MATE efflux family protein  28.25 
 
 		 454 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04830  MATE efflux family protein  26.21 
 
 		 468 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000202645  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2626  MATE efflux family protein  29.57 
 
 		 467 aa  113  7.000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.287795  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0666  MATE efflux family protein  28.92 
 
 		 455 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0591  MATE efflux family protein  24.29 
 
 		 438 aa  111  3e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0643  MATE efflux family protein  28.68 
 
 		 455 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3337  MATE efflux family protein  29.95 
 
 		 470 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0670  MATE efflux family protein  28.68 
 
 		 455 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.358402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3710  MATE efflux family protein  28.68 
 
 		 455 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.232724  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4033  MATE efflux family protein  30.34 
 
 		 458 aa  108  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078929 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3948  MATE efflux family protein  29.01 
 
 		 458 aa  108  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1461  MATE efflux family protein  29.62 
 
 		 500 aa  107  5e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0470  MATE efflux family protein  30.2 
 
 		 455 aa  107  5e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.11231  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2888  MATE efflux family protein  26.96 
 
 		 462 aa  105  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0238453  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0147  MATE efflux family protein  23.69 
 
 		 462 aa  105  2e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000317216  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2508  multi anti extrusion protein MatE  29.59 
 
 		 463 aa  104  4e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2964  MATE efflux family protein  27.22 
 
 		 453 aa  103  8e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0404  MATE efflux family protein  29.62 
 
 		 457 aa  102  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.294226 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1166  ABC transporter releated protein  24.52 
 
 		 463 aa  102  2e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.403976 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0702  MATE efflux family protein  28.17 
 
 		 452 aa  101  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0545  MATE efflux family protein  23.94 
 
 		 470 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4310  MATE efflux family protein  25.56 
 
 		 451 aa  100  6e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1925  MATE efflux family protein  28.75 
 
 		 455 aa  100  6e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.16171  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1359  multi anti extrusion protein MatE  27.74 
 
 		 408 aa  100  7e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1895  MATE efflux family protein  26.39 
 
 		 498 aa  99  1e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3395  MATE efflux family protein  25 
 
 		 461 aa  98.6  2e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1662  MATE efflux family protein  26.72 
 
 		 453 aa  98.2  2e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.226136  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00144  multidrug efflux pump  29.97 
 
 		 456 aa  97.4  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3492  integral membrane protein  27.46 
 
 		 485 aa  95.5  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0396785  normal  0.244149 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3399  MATE efflux family protein  28.94 
 
 		 452 aa  95.1  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00107141 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0553  MATE efflux family protein  28.94 
 
 		 452 aa  95.5  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3126  MATE efflux family protein  28.06 
 
 		 455 aa  95.5  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.113083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0784  MATE efflux family protein  28.81 
 
 		 460 aa  94  5e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3569  MATE efflux family protein  27.88 
 
 		 452 aa  94  6e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0796958  normal  0.0492062 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0640  MATE efflux family protein  27.78 
 
 		 454 aa  94  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.690668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1180  MATE efflux family protein  24.73 
 
 		 455 aa  93.6  7e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6251  MATE efflux family protein  23.08 
 
 		 461 aa  93.2  9e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1936  MATE efflux family protein  27.7 
 
 		 486 aa  92.4  2e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0991  MATE efflux family protein  24.86 
 
 		 475 aa  92  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000156724  normal  0.091152 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3799  Fis family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 440 aa  91.7  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.732609  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1454  MATE efflux family protein  26.48 
 
 		 477 aa  91.3  3e-17  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1509  MATE efflux family protein  27.61 
 
 		 460 aa  91.3  3e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.712333  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2060  MATE efflux family protein  27.3 
 
 		 456 aa  90.9  4e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000022927  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3207  putative transmembrane efflux protein  28.53 
 
 		 467 aa  90.9  5e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00227095 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02728  MATE efflux family protein  27.02 
 
 		 460 aa  90.5  5e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0324679  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0699  MATE efflux family protein  28.32 
 
 		 456 aa  90.5  6e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250563  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2458  MATE efflux family protein  27.54 
 
 		 500 aa  90.1  8e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.672094  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2306  MATE efflux family protein  23.08 
 
 		 469 aa  90.1  8e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.30452  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1579  MATE efflux family protein  24.11 
 
 		 445 aa  89.7  9e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1166  MATE efflux family protein  27.12 
 
 		 460 aa  89.7  1e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2841  MATE efflux family protein  22.63 
 
 		 468 aa  89  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000678206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2636  integral membrane protein  27.86 
 
 		 478 aa  88.6  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.117345 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1199  MATE efflux family protein  25.42 
 
 		 450 aa  89  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0538393  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0420  MATE efflux family protein  26.69 
 
 		 459 aa  89  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000768677  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1726  MATE efflux family protein  27.04 
 
 		 447 aa  88.6  2e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2315  MATE efflux family protein  28.12 
 
 		 470 aa  89  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.1458  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1796  MATE efflux family protein  25.94 
 
 		 448 aa  87.8  4e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  unclonable  0.00000000911844 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1225  MATE efflux family protein  25.63 
 
 		 452 aa  87.4  5e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0358  multi anti extrusion protein MatE  31.69 
 
 		 452 aa  87  7e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0012  MATE efflux family protein  25.98 
 
 		 477 aa  86.7  8e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000348389  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1171  MATE efflux family protein  28.57 
 
 		 457 aa  86.3  0.000000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0185  MATE efflux family protein  28.93 
 
 		 449 aa  85.1  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2244  hypothetical protein  30.38 
 
 		 460 aa  85.5  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1953  MATE efflux family protein  31.97 
 
 		 454 aa  85.9  0.000000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0877  MATE efflux family protein  25.71 
 
 		 447 aa  85.9  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.371074  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3815  MATE efflux family protein  27.49 
 
 		 467 aa  85.1  0.000000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.142559  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4099  MATE efflux family protein  24.56 
 
 		 442 aa  84.3  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273315 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3691  MATE efflux family protein  27.95 
 
 		 453 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.830643  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0393  MATE efflux family protein  27.73 
 
 		 451 aa  84.3  0.000000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.530968  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0383  MATE efflux family protein  27.73 
 
 		 451 aa  84.3  0.000000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.504119  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1071  MATE efflux family protein  22.16 
 
 		 475 aa  84  0.000000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2827  MATE efflux family protein  24.75 
 
 		 451 aa  83.6  0.000000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.658448  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1654  MATE efflux family protein  30.26 
 
 		 473 aa  83.6  0.000000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1334  MATE efflux family protein  26.54 
 
 		 478 aa  83.6  0.000000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.402123  normal  0.231405 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4400  MATE efflux family protein  29.88 
 
 		 453 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0121801  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0113  MATE efflux family protein  24.31 
 
 		 464 aa  82.4  0.00000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2612  MATE efflux family protein  24.08 
 
 		 459 aa  82.8  0.00000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0111  MATE efflux family protein  24.35 
 
 		 464 aa  82.8  0.00000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>