111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0958 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_60310  type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  47.36 
 
 
1158 aa  900    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000469014 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0958  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  100 
 
 
1227 aa  2514    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.327934 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5194  type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  46.13 
 
 
1155 aa  884    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.948738  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3225  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  30.17 
 
 
1181 aa  417  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3103  type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  32.45 
 
 
1115 aa  392  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0019  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  28.46 
 
 
1287 aa  388  1e-106  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.582284  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0787  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  30.67 
 
 
1223 aa  385  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2274  fimbrial assembly protein  36.49 
 
 
1470 aa  335  4e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.211915  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2913  type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  30.27 
 
 
1148 aa  320  1e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.518902  normal  0.0349155 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3188  type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  29.39 
 
 
1154 aa  317  9e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.444073  normal  0.594589 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2668  Pyrrolo-quinoline quinone  28.69 
 
 
1200 aa  316  9.999999999999999e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.66041  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2518  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  29.31 
 
 
1245 aa  308  3e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2885  fimbrial assembly protein  29.89 
 
 
1493 aa  296  1e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.694358  normal  0.827989 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5197  FG-GAP repeat-containing protein  28.86 
 
 
1182 aa  296  2e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.578151  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0490  Pyrrolo-quinoline quinone  28.73 
 
 
1545 aa  291  4e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2155  Tfp pilus assembly protein, tip-associated adhesin PilY1  33.85 
 
 
1581 aa  286  2.0000000000000002e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.197712  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0674  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  32.59 
 
 
1122 aa  285  3.0000000000000004e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.920198 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0717  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  32.74 
 
 
1122 aa  283  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.441406  normal  0.313915 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2539  type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  28.33 
 
 
1205 aa  271  4e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0665  hypothetical protein  33.88 
 
 
1169 aa  270  1e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0682  hypothetical protein  33.43 
 
 
1169 aa  264  6e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2909  type IV fimbrial biogenesis protein PilY1  30.01 
 
 
1309 aa  259  2e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.940828 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1066  hypothetical protein  30.86 
 
 
1014 aa  256  1.0000000000000001e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.797091  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3036  putative Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1  27.98 
 
 
1544 aa  252  3e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.583565  normal  0.438129 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0210  Neisseria PilC domain protein  30.93 
 
 
1174 aa  249  3e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0317884 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1382  PilY1 protein  26.85 
 
 
1254 aa  245  3.9999999999999997e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.660708  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1703  fimbrial assembly protein  29.53 
 
 
1521 aa  240  1e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0874412  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1765  fimbrial assembly protein  29.53 
 
 
1521 aa  239  2e-61  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.143841  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0023  pilus tip-associated protein  31.64 
 
 
1214 aa  239  2e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.639019  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0497  pilus tip-associated protein  31.64 
 
 
1225 aa  239  3e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0027  PilY1-like protein  31 
 
 
1215 aa  234  1e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0561  PilY1 gene product  31 
 
 
1228 aa  233  2e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.762386  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01324  PilY1  27.02 
 
 
1327 aa  226  2e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.338969  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0737  type IV pilus assembly protein PilY1  30.66 
 
 
991 aa  222  3e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.465349  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0724  putative type-4 fimbrial biogenesis pily1-related signal peptide protein  31.21 
 
 
1323 aa  219  4e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.542451  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4843  type IV pilus-associated protein, putative  33.22 
 
 
1014 aa  215  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.930911  normal  0.847694 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0815  type IV pilus-associated protein, putative  27.95 
 
 
1067 aa  209  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0719  type IV pilus-associated protein, putative  27.95 
 
 
1069 aa  208  6e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.677662  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5179  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  24.47 
 
 
1218 aa  208  6e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.252708  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2663  putative type-4 fimbrial biogenesis pily1-related signal peptide protein  28.21 
 
 
1361 aa  207  9e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0504  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  28.61 
 
 
1676 aa  202  3e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2825  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  30.44 
 
 
1517 aa  189  4e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.12879 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5191  FG-GAP repeat-containing protein  30.74 
 
 
798 aa  188  4e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.163324  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3825  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  31.03 
 
 
1658 aa  188  6e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0358491  normal  0.103915 
 
 
-
 
NC_003296  RS05333  putative type-4 fimbrial biogenesis pily1-related protein  31.77 
 
 
1111 aa  183  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.476781 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3149  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  28.59 
 
 
1717 aa  182  4e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.308905 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3408  pilus tip-associated protein  29.67 
 
 
1273 aa  182  4.999999999999999e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0199627 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3551  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  28.45 
 
 
1500 aa  171  8e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0832837  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1073  Pyrrolo-quinoline quinone  28.53 
 
 
1378 aa  169  4e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.321275  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1700  Pyrrolo-quinoline quinone  28.12 
 
 
1378 aa  166  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0192  putative type-4 fimbrial biogenesis pily1-related protein  28.07 
 
 
1127 aa  160  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.48482 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1503  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  28.18 
 
 
1577 aa  150  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0967  type IV pilin biogenesis protein, putative  25 
 
 
1030 aa  125  5e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1370  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  24.82 
 
 
1299 aa  110  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2913  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  24.59 
 
 
1488 aa  107  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0246207 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1694  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  25.31 
 
 
1296 aa  100  1e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0847615  decreased coverage  0.00494316 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0718  putative type 4 fimbrial biogenesis PILY1-related protein transmembrane  28.61 
 
 
613 aa  100  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.771675 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2950  type IV pilin biogenesis protein, putative  23.57 
 
 
1177 aa  100  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.103323  normal  0.178047 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0931  type IV pilin biogenesis protein, putative  28.76 
 
 
1201 aa  99.4  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207337  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1536  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  23.34 
 
 
1568 aa  99  5e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2038  hypothetical protein  23.34 
 
 
1895 aa  98.2  9e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1216  hypothetical protein  33.45 
 
 
1255 aa  97.8  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2155  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  23.45 
 
 
1686 aa  97.1  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3032  type IV pilin biogenesis protein, putative  30.77 
 
 
1216 aa  95.5  6e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.765671  normal  0.129147 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0087  hypothetical protein  30.04 
 
 
1132 aa  94.4  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3477  pilin biogenesis protein-related protein  23.54 
 
 
596 aa  94.4  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5689  type IV fimbrial biogenesis protein PilY  28.15 
 
 
1102 aa  93.6  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.180745  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03023  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  22.14 
 
 
1355 aa  92.8  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1087  undecaprenol kinase., rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  24.55 
 
 
1223 aa  92  5e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485932  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0404  putative type 4 fimbrial biogenesis pily1-related protein signal peptide  28.52 
 
 
1093 aa  90.9  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1017  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  26.49 
 
 
1270 aa  90.5  2e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000312457  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3425  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  23.39 
 
 
1288 aa  90.1  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1153  type IV pilin biogenesis protein, putative  24.32 
 
 
1223 aa  89.4  4e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.591357 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0871  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like  23.16 
 
 
1056 aa  88.6  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1087  type IV pilin biogenesis protein, putative  24.09 
 
 
1223 aa  88.2  8e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0987  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  21.85 
 
 
1669 aa  86.7  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3525  type IV pilin biogenesis protein, putative  24.24 
 
 
1168 aa  85.9  0.000000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1298  type IV pilin biogenesis protein, putative  25.56 
 
 
1186 aa  85.1  0.000000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.991628 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2679  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  23.53 
 
 
1627 aa  84.3  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000064285 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1061  type IV pilin biogenesis protein, putative  27.96 
 
 
1168 aa  82.8  0.00000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3228  type IV pilin biogenesis protein, putative  27.96 
 
 
1168 aa  82.8  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2685  putative type 4 fimbrial biogenesis PilY1-related protein transmembrane  27.25 
 
 
604 aa  82  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.687504  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1128  type IV pilin biogenesis protein, putative  26.98 
 
 
1169 aa  81.6  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1163  type IV pilin biogenesis protein, putative  27.24 
 
 
1168 aa  81.6  0.00000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.61986  normal  0.837948 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3129  type IV pilin biogenesis protein, putative  23.41 
 
 
1168 aa  81.3  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.527009 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1106  type IV pilin biogenesis protein, putative  29.57 
 
 
1182 aa  79.7  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.332365  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2345  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  23.75 
 
 
1590 aa  79.7  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3432  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  22.98 
 
 
1281 aa  79.3  0.0000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1789  hypothetical protein  26.32 
 
 
1123 aa  76.6  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1367  undecaprenol kinase, rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  31.3 
 
 
1212 aa  77.4  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00142333 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2911  putative type 4 fimbrial biogenesis PilY1-related protein signal peptide  25.08 
 
 
1078 aa  77.4  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1179  type IV pilin biogenesis protein, putative  26.87 
 
 
1204 aa  76.6  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1090  type IV pilin biogenesis protein, putative  26.58 
 
 
1194 aa  76.3  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2716  type IV pilin biogenesis protein, putative  26.48 
 
 
1190 aa  76.3  0.000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2675  putative type 4 fimbrial biogenesis PILY1-related protein signal peptide  26.49 
 
 
1070 aa  75.5  0.000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3171  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like  26.29 
 
 
1364 aa  74.3  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.495041  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1009  type IV pilin biogenesis protein, putative  29.78 
 
 
1148 aa  73.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1066  type IV pilin biogenesis protein, putative  23.39 
 
 
1165 aa  73.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2558  1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase  22.18 
 
 
1714 aa  72.4  0.00000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.156102 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2883  type IV pilin biogenesis protein, putative  25.71 
 
 
1204 aa  69.3  0.0000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>