89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2950 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_1061  type IV pilin biogenesis protein, putative  49.06 
 
 		 1168 aa  1097    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2716  type IV pilin biogenesis protein, putative  44.37 
 
 		 1190 aa  927    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1087  type IV pilin biogenesis protein, putative  41.61 
 
 		 1223 aa  832    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2950  type IV pilin biogenesis protein, putative  100 
 
 		 1177 aa  2415    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.103323  normal  0.178047 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3032  type IV pilin biogenesis protein, putative  39.75 
 
 		 1216 aa  761    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.765671  normal  0.129147 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2883  type IV pilin biogenesis protein, putative  38.67 
 
 		 1204 aa  706    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1087  undecaprenol kinase., rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  41.83 
 
 		 1223 aa  823    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3129  type IV pilin biogenesis protein, putative  49.96 
 
 		 1168 aa  1097    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.527009 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3228  type IV pilin biogenesis protein, putative  48.98 
 
 		 1168 aa  1096    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0931  type IV pilin biogenesis protein, putative  42.79 
 
 		 1201 aa  874    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1009  type IV pilin biogenesis protein, putative  40.58 
 
 		 1148 aa  798    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1153  type IV pilin biogenesis protein, putative  41.61 
 
 		 1223 aa  833    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.591357 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1106  type IV pilin biogenesis protein, putative  72.53 
 
 		 1182 aa  1780    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.332365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1179  type IV pilin biogenesis protein, putative  39.04 
 
 		 1204 aa  796    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1066  type IV pilin biogenesis protein, putative  68.25 
 
 		 1165 aa  1636    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1128  type IV pilin biogenesis protein, putative  49.02 
 
 		 1169 aa  1096    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1201  type IV pilin biogenesis protein, putative  70.58 
 
 		 1191 aa  1696    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.113052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1090  type IV pilin biogenesis protein, putative  43.5 
 
 		 1194 aa  900    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1163  type IV pilin biogenesis protein, putative  48.74 
 
 		 1168 aa  1091    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.61986  normal  0.837948 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1298  type IV pilin biogenesis protein, putative  49.96 
 
 		 1186 aa  1103    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.991628 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1367  undecaprenol kinase, rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  40.81 
 
 		 1212 aa  794    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142333 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3525  type IV pilin biogenesis protein, putative  50.33 
 
 		 1168 aa  1103    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1216  hypothetical protein  33.44 
 
 		 1255 aa  546  1e-154  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3477  pilin biogenesis protein-related protein  48.75 
 
 		 596 aa  497  1e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03023  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  29.42 
 
 		 1355 aa  305  3.0000000000000004e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3479  hypothetical protein  35.68 
 
 		 596 aa  303  1e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3171  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like  29.67 
 
 		 1364 aa  293  1e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.495041  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0871  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like  28.32 
 
 		 1056 aa  292  3e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0967  type IV pilin biogenesis protein, putative  27.37 
 
 		 1030 aa  241  6.999999999999999e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0087  hypothetical protein  34.78 
 
 		 1132 aa  219  2e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2835  putative type 4 fimbrial biogenesis PilY1-related protein signal peptide  28.18 
 
 		 1041 aa  191  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.341777  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2878  putative type 4 fimbrial biogenesis PilY1-related protein signal peptide  26.23 
 
 		 1025 aa  187  7e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.421399  normal  0.561571 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11870  type IV pilus assembly protein, PilY1-like protein  24.22 
 
 		 1036 aa  186  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0404  putative type 4 fimbrial biogenesis pily1-related protein signal peptide  26.24 
 
 		 1093 aa  184  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2911  putative type 4 fimbrial biogenesis PilY1-related protein signal peptide  26.62 
 
 		 1078 aa  179  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2675  putative type 4 fimbrial biogenesis PILY1-related protein signal peptide  25.47 
 
 		 1070 aa  176  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1066  hypothetical protein  25.5 
 
 		 1014 aa  172  3e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.797091  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5689  type IV fimbrial biogenesis protein PilY  30.75 
 
 		 1102 aa  170  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.180745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0737  type IV pilus assembly protein PilY1  24.04 
 
 		 991 aa  169  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.465349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3036  putative Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1  27.68 
 
 		 1544 aa  114  9e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.583565  normal  0.438129 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2909  type IV fimbrial biogenesis protein PilY1  26.08 
 
 		 1309 aa  113  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.940828 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0237  pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1  23.46 
 
 		 1251 aa  112  6e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2668  Pyrrolo-quinoline quinone  23.76 
 
 		 1200 aa  107  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.66041  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0266  putative pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1  23.9 
 
 		 1324 aa  107  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.388087 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0958  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  25.7 
 
 		 1227 aa  97.4  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.327934 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60310  type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  26.13 
 
 		 1158 aa  97.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000469014 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0674  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  23.53 
 
 		 1122 aa  95.1  8e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.920198 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0717  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  23.68 
 
 		 1122 aa  93.6  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.441406  normal  0.313915 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2885  fimbrial assembly protein  26.62 
 
 		 1493 aa  91.3  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.694358  normal  0.827989 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4843  type IV pilus-associated protein, putative  22.93 
 
 		 1014 aa  91.3  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.930911  normal  0.847694 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0665  hypothetical protein  23.35 
 
 		 1169 aa  89.7  3e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0719  type IV pilus-associated protein, putative  22.62 
 
 		 1069 aa  88.6  6e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.677662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2155  Tfp pilus assembly protein, tip-associated adhesin PilY1  24.66 
 
 		 1581 aa  88.6  7e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.197712  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0682  hypothetical protein  23.22 
 
 		 1169 aa  88.2  8e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0815  type IV pilus-associated protein, putative  21.97 
 
 		 1067 aa  82.4  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3103  type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  23.18 
 
 		 1115 aa  81.6  0.00000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5194  type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  27.27 
 
 		 1155 aa  80.5  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.948738  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2518  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  23.86 
 
 		 1245 aa  79  0.0000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1703  fimbrial assembly protein  23.61 
 
 		 1521 aa  78.2  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0874412  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1765  fimbrial assembly protein  23.56 
 
 		 1521 aa  77.4  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.143841  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3408  pilus tip-associated protein  23.57 
 
 		 1273 aa  75.9  0.000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0199627 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2155  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  25.6 
 
 		 1686 aa  71.2  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0210  Neisseria PilC domain protein  22.05 
 
 		 1174 aa  70.9  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0317884 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2345  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  26.38 
 
 		 1590 aa  70.1  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3188  type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  21.97 
 
 		 1154 aa  68.2  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.444073  normal  0.594589 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3225  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  21.48 
 
 		 1181 aa  65.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2274  fimbrial assembly protein  25.38 
 
 		 1470 aa  65.1  0.000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.211915  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0490  Pyrrolo-quinoline quinone  24.31 
 
 		 1545 aa  64.7  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1382  PilY1 protein  25.29 
 
 		 1254 aa  63.2  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.660708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0561  PilY1 gene product  23.44 
 
 		 1228 aa  62.8  0.00000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.762386  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0027  PilY1-like protein  23.44 
 
 		 1215 aa  62.8  0.00000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0497  pilus tip-associated protein  22.42 
 
 		 1225 aa  61.2  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0023  pilus tip-associated protein  22.49 
 
 		 1214 aa  61.2  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.639019  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1694  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  22.94 
 
 		 1296 aa  59.7  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0847615  decreased coverage  0.00494316 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2679  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  23.91 
 
 		 1627 aa  58.2  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000064285 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0787  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  24.3 
 
 		 1223 aa  57.4  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2539  type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  20.43 
 
 		 1205 aa  57  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0504  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  23.88 
 
 		 1676 aa  56.2  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3551  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  22.39 
 
 		 1500 aa  55.5  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01324  PilY1  22.52 
 
 		 1327 aa  55.5  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.338969  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2913  type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  23.8 
 
 		 1148 aa  52.8  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.518902  normal  0.0349155 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0724  putative type-4 fimbrial biogenesis pily1-related signal peptide protein  23.65 
 
 		 1323 aa  52.4  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.542451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0192  putative type-4 fimbrial biogenesis pily1-related protein  24.94 
 
 		 1127 aa  51.2  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.48482 
 
 
-
 
NC_003296  RS05333  putative type-4 fimbrial biogenesis pily1-related protein  26.28 
 
 		 1111 aa  47.4  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.476781 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3825  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  20.77 
 
 		 1658 aa  47  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0358491  normal  0.103915 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0019  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  21.89 
 
 		 1287 aa  46.2  0.003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.582284  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5197  FG-GAP repeat-containing protein  23.98 
 
 		 1182 aa  45.8  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.578151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0987  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  25.9 
 
 		 1669 aa  45.8  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1804  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  23.64 
 
 		 1482 aa  45.4  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>