46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3479 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3479  hypothetical protein  100 
 
 		 596 aa  1237    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1087  undecaprenol kinase., rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  79.65 
 
 		 1223 aa  891    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1153  type IV pilin biogenesis protein, putative  78.25 
 
 		 1223 aa  873    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.591357 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1087  type IV pilin biogenesis protein, putative  78.6 
 
 		 1223 aa  875    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1179  type IV pilin biogenesis protein, putative  59.07 
 
 		 1204 aa  623  1e-177  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1009  type IV pilin biogenesis protein, putative  53.35 
 
 		 1148 aa  533  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1367  undecaprenol kinase, rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  51.01 
 
 		 1212 aa  520  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142333 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2716  type IV pilin biogenesis protein, putative  48.8 
 
 		 1190 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1090  type IV pilin biogenesis protein, putative  50.93 
 
 		 1194 aa  503  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3525  type IV pilin biogenesis protein, putative  43.53 
 
 		 1168 aa  413  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1128  type IV pilin biogenesis protein, putative  43.27 
 
 		 1169 aa  415  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3228  type IV pilin biogenesis protein, putative  43.09 
 
 		 1168 aa  412  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1163  type IV pilin biogenesis protein, putative  42.91 
 
 		 1168 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.61986  normal  0.837948 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1061  type IV pilin biogenesis protein, putative  43.56 
 
 		 1168 aa  409  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3129  type IV pilin biogenesis protein, putative  42.37 
 
 		 1168 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.527009 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1298  type IV pilin biogenesis protein, putative  41.78 
 
 		 1186 aa  396  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.991628 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1106  type IV pilin biogenesis protein, putative  36.96 
 
 		 1182 aa  331  3e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.332365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1201  type IV pilin biogenesis protein, putative  36.53 
 
 		 1191 aa  320  6e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.113052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2950  type IV pilin biogenesis protein, putative  36.14 
 
 		 1177 aa  313  5.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.103323  normal  0.178047 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1066  type IV pilin biogenesis protein, putative  34.68 
 
 		 1165 aa  307  3e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0931  type IV pilin biogenesis protein, putative  36.27 
 
 		 1201 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207337  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1216  hypothetical protein  35 
 
 		 1255 aa  293  6e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3032  type IV pilin biogenesis protein, putative  36.55 
 
 		 1216 aa  290  6e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.765671  normal  0.129147 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2883  type IV pilin biogenesis protein, putative  37.41 
 
 		 1204 aa  288  2e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0871  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like  26.7 
 
 		 1056 aa  154  5e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1066  hypothetical protein  28 
 
 		 1014 aa  105  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.797091  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0967  type IV pilin biogenesis protein, putative  26.7 
 
 		 1030 aa  95.5  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0737  type IV pilus assembly protein PilY1  30.91 
 
 		 991 aa  94.4  6e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.465349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03023  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  25.86 
 
 		 1355 aa  85.9  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3171  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like  27.73 
 
 		 1364 aa  84.3  0.000000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.495041  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11870  type IV pilus assembly protein, PilY1-like protein  26.32 
 
 		 1036 aa  79.3  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2345  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  25.96 
 
 		 1590 aa  63.9  0.000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4843  type IV pilus-associated protein, putative  26.81 
 
 		 1014 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.930911  normal  0.847694 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0719  type IV pilus-associated protein, putative  25.13 
 
 		 1069 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.677662  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2679  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  24.1 
 
 		 1627 aa  57.8  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000064285 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0815  type IV pilus-associated protein, putative  25.47 
 
 		 1067 aa  57  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1694  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  25.41 
 
 		 1296 aa  55.5  0.000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0847615  decreased coverage  0.00494316 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0087  hypothetical protein  24.1 
 
 		 1132 aa  54.7  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1804  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  25.47 
 
 		 1482 aa  54.3  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5689  type IV fimbrial biogenesis protein PilY  26.05 
 
 		 1102 aa  53.9  0.000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.180745  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3425  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  26.77 
 
 		 1288 aa  53.9  0.000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2878  putative type 4 fimbrial biogenesis PilY1-related protein signal peptide  25.96 
 
 		 1025 aa  51.6  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.421399  normal  0.561571 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0661  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  30.23 
 
 		 1723 aa  46.6  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2155  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  23.18 
 
 		 1686 aa  46.2  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0661  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  30.23 
 
 		 1722 aa  46.2  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0627  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like  30.23 
 
 		 1722 aa  45.4  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>