80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2883 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1106  type IV pilin biogenesis protein, putative  39.5 
 
 		 1182 aa  744    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.332365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2950  type IV pilin biogenesis protein, putative  38.91 
 
 		 1177 aa  720    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.103323  normal  0.178047 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1087  type IV pilin biogenesis protein, putative  43.13 
 
 		 1223 aa  875    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1153  type IV pilin biogenesis protein, putative  43.05 
 
 		 1223 aa  872    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.591357 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3032  type IV pilin biogenesis protein, putative  36.31 
 
 		 1216 aa  667    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.765671  normal  0.129147 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2716  type IV pilin biogenesis protein, putative  45.98 
 
 		 1190 aa  993    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2883  type IV pilin biogenesis protein, putative  100 
 
 		 1204 aa  2462    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1087  undecaprenol kinase., rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  43.39 
 
 		 1223 aa  875    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3129  type IV pilin biogenesis protein, putative  41.73 
 
 		 1168 aa  847    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.527009 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0931  type IV pilin biogenesis protein, putative  37.11 
 
 		 1201 aa  688    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1009  type IV pilin biogenesis protein, putative  43.43 
 
 		 1148 aa  892    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1061  type IV pilin biogenesis protein, putative  41.96 
 
 		 1168 aa  855    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1179  type IV pilin biogenesis protein, putative  42.05 
 
 		 1204 aa  875    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1298  type IV pilin biogenesis protein, putative  40.39 
 
 		 1186 aa  812    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.991628 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3228  type IV pilin biogenesis protein, putative  41.96 
 
 		 1168 aa  850    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1367  undecaprenol kinase, rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  41.7 
 
 		 1212 aa  855    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142333 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3525  type IV pilin biogenesis protein, putative  42.36 
 
 		 1168 aa  870    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1066  type IV pilin biogenesis protein, putative  38.25 
 
 		 1165 aa  696    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1163  type IV pilin biogenesis protein, putative  42.33 
 
 		 1168 aa  860    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.61986  normal  0.837948 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1090  type IV pilin biogenesis protein, putative  43.72 
 
 		 1194 aa  934    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1201  type IV pilin biogenesis protein, putative  38.47 
 
 		 1191 aa  712    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.113052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1128  type IV pilin biogenesis protein, putative  42.49 
 
 		 1169 aa  861    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3477  pilin biogenesis protein-related protein  48.15 
 
 		 596 aa  549  1e-154  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1216  hypothetical protein  33.78 
 
 		 1255 aa  530  1e-149  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0871  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like  29.73 
 
 		 1056 aa  343  1e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3171  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like  29.62 
 
 		 1364 aa  298  3e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.495041  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03023  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  29.23 
 
 		 1355 aa  296  2e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3479  hypothetical protein  37.41 
 
 		 596 aa  291  4e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0967  type IV pilin biogenesis protein, putative  27.96 
 
 		 1030 aa  267  8.999999999999999e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0087  hypothetical protein  27.51 
 
 		 1132 aa  259  2e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5689  type IV fimbrial biogenesis protein PilY  26.25 
 
 		 1102 aa  200  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.180745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2911  putative type 4 fimbrial biogenesis PilY1-related protein signal peptide  27.47 
 
 		 1078 aa  192  4e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2675  putative type 4 fimbrial biogenesis PILY1-related protein signal peptide  26.59 
 
 		 1070 aa  191  8e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0404  putative type 4 fimbrial biogenesis pily1-related protein signal peptide  26.55 
 
 		 1093 aa  185  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11870  type IV pilus assembly protein, PilY1-like protein  28.26 
 
 		 1036 aa  181  9e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2878  putative type 4 fimbrial biogenesis PilY1-related protein signal peptide  24.76 
 
 		 1025 aa  159  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.421399  normal  0.561571 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2835  putative type 4 fimbrial biogenesis PilY1-related protein signal peptide  26.79 
 
 		 1041 aa  157  9e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.341777  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0737  type IV pilus assembly protein PilY1  24.61 
 
 		 991 aa  135  3.9999999999999996e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.465349  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1066  hypothetical protein  24.95 
 
 		 1014 aa  131  6e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.797091  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3036  putative Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1  25.1 
 
 		 1544 aa  113  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.583565  normal  0.438129 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0237  pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1  24.8 
 
 		 1251 aa  105  8e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2909  type IV fimbrial biogenesis protein PilY1  25.99 
 
 		 1309 aa  103  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.940828 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0266  putative pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1  23.31 
 
 		 1324 aa  101  8e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.388087 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2518  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  23.52 
 
 		 1245 aa  94.4  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0674  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  23.75 
 
 		 1122 aa  94  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.920198 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0717  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  23.05 
 
 		 1122 aa  91.3  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.441406  normal  0.313915 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0210  Neisseria PilC domain protein  23.71 
 
 		 1174 aa  86.7  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0317884 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4843  type IV pilus-associated protein, putative  22.88 
 
 		 1014 aa  85.9  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.930911  normal  0.847694 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3425  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  22.5 
 
 		 1288 aa  80.5  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2274  fimbrial assembly protein  21.13 
 
 		 1470 aa  79  0.0000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.211915  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5194  type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  27.52 
 
 		 1155 aa  78.6  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.948738  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2155  Tfp pilus assembly protein, tip-associated adhesin PilY1  27.39 
 
 		 1581 aa  78.2  0.0000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.197712  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60310  type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  27.08 
 
 		 1158 aa  78.2  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000469014 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0719  type IV pilus-associated protein, putative  22.76 
 
 		 1069 aa  72.4  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.677662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2885  fimbrial assembly protein  26.64 
 
 		 1493 aa  70.5  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.694358  normal  0.827989 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0958  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  25.39 
 
 		 1227 aa  69.3  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.327934 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0490  Pyrrolo-quinoline quinone  22.69 
 
 		 1545 aa  68.6  0.0000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2668  Pyrrolo-quinoline quinone  21.93 
 
 		 1200 aa  68.6  0.0000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.66041  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0627  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like  25.14 
 
 		 1722 aa  67  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1765  fimbrial assembly protein  23.74 
 
 		 1521 aa  66.6  0.000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.143841  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1703  fimbrial assembly protein  23.56 
 
 		 1521 aa  66.2  0.000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0874412  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0815  type IV pilus-associated protein, putative  21.48 
 
 		 1067 aa  66.6  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1694  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  20.69 
 
 		 1296 aa  65.9  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0847615  decreased coverage  0.00494316 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3408  pilus tip-associated protein  23.15 
 
 		 1273 aa  65.5  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0199627 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0661  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  24.22 
 
 		 1722 aa  60.1  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0665  hypothetical protein  22.94 
 
 		 1169 aa  59.7  0.0000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0682  hypothetical protein  23.31 
 
 		 1169 aa  57  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3225  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  22.43 
 
 		 1181 aa  57.4  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0661  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  23.21 
 
 		 1723 aa  57.4  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0672  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  27.54 
 
 		 1666 aa  53.9  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0705474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0027  PilY1-like protein  25.26 
 
 		 1215 aa  53.5  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0561  PilY1 gene product  25.26 
 
 		 1228 aa  53.9  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.762386  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0497  pilus tip-associated protein  24.91 
 
 		 1225 aa  50.8  0.0002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0023  pilus tip-associated protein  24.91 
 
 		 1214 aa  50.4  0.0002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.639019  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3103  type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  21.09 
 
 		 1115 aa  49.7  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5197  FG-GAP repeat-containing protein  33.06 
 
 		 1182 aa  49.3  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.578151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1804  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  27.41 
 
 		 1482 aa  47  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05333  putative type-4 fimbrial biogenesis pily1-related protein  23.25 
 
 		 1111 aa  46.2  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.476781 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2679  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  23.21 
 
 		 1627 aa  45.4  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000064285 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2558  1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase  25.69 
 
 		 1714 aa  44.7  0.01  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.156102 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>