More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2690 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A0909  hypothetical protein  61.96 
 
 		 773 aa  908    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.205853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1416  helicase c2  49.47 
 
 		 855 aa  781    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2839  DEAD_2 domain protein  66.31 
 
 		 762 aa  1004    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5813  helicase c2  55.02 
 
 		 790 aa  803    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.208635 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2806  DEAD_2 domain protein  53.01 
 
 		 785 aa  800    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717048  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5309  DEAD_2 domain-containing protein  60.05 
 
 		 756 aa  956    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.173286  hitchhiker  0.0033003 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2850  DEAD_2 domain-containing protein  66.18 
 
 		 753 aa  1004    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3036  hypothetical protein  71.08 
 
 		 761 aa  1117    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0104594  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2510  helicase c2  59.3 
 
 		 788 aa  917    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00268076 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1260  putative ATP-dependent helicase  58.89 
 
 		 755 aa  860    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0984  DEAD_2 domain-containing protein  62.37 
 
 		 773 aa  977    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2909  DEAD_2  70.78 
 
 		 775 aa  1120    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0996428 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2972  DEAD_2 domain-containing protein  65.33 
 
 		 753 aa  1028    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.114076 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5827  DEAD_2  59.04 
 
 		 779 aa  933    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4111  helicase c2  62.4 
 
 		 766 aa  965    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.620969 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2454  Uvs006  58.52 
 
 		 746 aa  842    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107257  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3423  hypothetical protein  66.27 
 
 		 758 aa  1020    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2690  DEAD_2  100 
 
 		 772 aa  1594    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00215798 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1630  Rad3-related DNA helicases-like  58.17 
 
 		 766 aa  902    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.138986  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0185  helicase c2  59.02 
 
 		 798 aa  892    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1186  putative ATP-dependent helicase  58.75 
 
 		 755 aa  856    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.146047  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1550  DNA repair helicase  59.27 
 
 		 745 aa  882    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1361  helicase c2  60.46 
 
 		 801 aa  942    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1180  hypothetical protein  58.96 
 
 		 754 aa  924    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.749053  normal  0.379614 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1498  helicase c2  59.36 
 
 		 773 aa  905    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.486316  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3978  helicase c2  58.43 
 
 		 766 aa  900    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0904062  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2428  helicase c2  49.23 
 
 		 855 aa  771    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.376304  normal  0.732574 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4233  helicase c2  58.2 
 
 		 757 aa  900    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.134799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0015  DEAD_2 domain-containing protein  50.8 
 
 		 750 aa  731    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.338089  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3801  helicase c2  59.87 
 
 		 766 aa  915    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.354929 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40350  hypothetical protein  66.98 
 
 		 758 aa  1028    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4389  helicase c2  58.43 
 
 		 766 aa  900    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.787433  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4268  helicase c2  59.74 
 
 		 766 aa  914    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0100597  normal  0.178799 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2943  DEAD_2 domain-containing protein  66.04 
 
 		 753 aa  1018    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5421  DEAD_2 domain protein  59.5 
 
 		 754 aa  931    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5966  helicase c2  58.3 
 
 		 766 aa  897    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.224812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0928  ATP-dependent helicase, putative  58.42 
 
 		 495 aa  557  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.568065  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1376  DNA repair helicase, truncation  56.05 
 
 		 431 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.731908  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2947  DEAD_2 domain protein  34.81 
 
 		 774 aa  454  1.0000000000000001e-126  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443127  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0660  DEAD_2 domain protein  33.2 
 
 		 790 aa  450  1e-125  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0289  DEAD_2  33.9 
 
 		 785 aa  434  1e-120  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00121679  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1408  putative ATP-dependent helicase  31.7 
 
 		 781 aa  434  1e-120  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1217  ATP-dependent helicase, putative  31.44 
 
 		 781 aa  429  1e-118  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.11747  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0995  DEAD_2 domain protein  29.88 
 
 		 777 aa  396  1e-109  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0224  DEAD_2 domain-containing protein  32.36 
 
 		 852 aa  352  2e-95  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0115724  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2112  DEAD_2 domain-containing protein  28.02 
 
 		 797 aa  259  2e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4042  DEAD_2 domain protein  28.43 
 
 		 798 aa  237  7e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1847  DEAD_2 domain-containing protein  27.69 
 
 		 807 aa  232  2e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4133  DEAD_2 domain protein  28.43 
 
 		 798 aa  231  3e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1104  queuine tRNA-ribosyltransferase  28.66 
 
 		 676 aa  135  3e-30  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4835  helicase c2  37.4 
 
 		 874 aa  132  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0589586 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0789  helicase c2  27.39 
 
 		 669 aa  127  8.000000000000001e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.222881  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0965  helicase c2  26.42 
 
 		 654 aa  124  9e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.228923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1117  DEAD_2 domain-containing protein  26.1 
 
 		 712 aa  122  3e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.708962  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1699  DEAD_2 domain protein  27.31 
 
 		 670 aa  121  4.9999999999999996e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0524758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0478  DEAD_2 domain-containing protein  25.46 
 
 		 588 aa  118  5e-25  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.738253  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0196  DEAD_2 domain protein  21.86 
 
 		 619 aa  115  3e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.544403  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1672  helicase c2  23.87 
 
 		 739 aa  114  9e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1812  DEAD_2 domain-containing protein  22.54 
 
 		 617 aa  106  2e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0429091  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1737  DEAD_2 domain-containing protein  25.29 
 
 		 574 aa  102  4e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000703978 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1867  DEAD_2 domain-containing protein  21.96 
 
 		 541 aa  86.7  0.000000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.512598 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1918  helicase c2  25.91 
 
 		 790 aa  85.1  0.000000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.885633  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0390  DEAD_2 domain-containing protein  23.13 
 
 		 580 aa  84.3  0.000000000000008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.12513 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1117  DEAD_2 domain-containing protein  23.86 
 
 		 582 aa  83.2  0.00000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1376  DNA helicase RepD  25.95 
 
 		 773 aa  80.9  0.00000000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.905642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1416  DEAD_2 domain protein  22.22 
 
 		 722 aa  79.3  0.0000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6530  putative ATP-dependent helicase  25.05 
 
 		 674 aa  79  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.290122  normal  0.0410108 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1566  Rad3-related DNA helicases  20.68 
 
 		 726 aa  78.6  0.0000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00000243015  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23060  DNA helicase, Rad3  25.07 
 
 		 692 aa  77.8  0.0000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0774743 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0335  DEAD_2 domain protein  23.9 
 
 		 723 aa  75.9  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1288  DEAD_2 domain protein  21.68 
 
 		 550 aa  75.1  0.000000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0620  DEAD_2 domain-containing protein  21.65 
 
 		 634 aa  74.3  0.000000000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0816  helicase c2  25.91 
 
 		 787 aa  73.9  0.00000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.524115 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2205  helicase c2  24.32 
 
 		 676 aa  72.4  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.632178  normal  0.363279 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11361  ATP-dependent helicase dinG  25.71 
 
 		 664 aa  72.4  0.00000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00520548  normal  0.0965757 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4298  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.59 
 
 		 666 aa  71.6  0.00000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.641288 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3824  helicase c2  24.96 
 
 		 676 aa  71.2  0.00000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00296278  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  25.95 
 
 		 929 aa  70.1  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0823  DEAD_2 domain protein  26.23 
 
 		 739 aa  69.3  0.0000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3621  helicase c2  30.95 
 
 		 838 aa  68.9  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2515  helicase c2  32.68 
 
 		 917 aa  68.2  0.0000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2347  helicase c2  24.85 
 
 		 670 aa  68.6  0.0000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.490547  normal  0.859108 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_37445  predicted protein  20.96 
 
 		 938 aa  68.2  0.0000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.258887  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1727  helicase c2  23.45 
 
 		 641 aa  68.2  0.0000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2316  helicase c2  24.81 
 
 		 670 aa  68.2  0.0000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1412  helicase c2  24.11 
 
 		 658 aa  67  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.102914  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3345  DEAD/DEAH box helicase domain protein  24.34 
 
 		 694 aa  67.4  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.127637  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.23 
 
 		 952 aa  66.6  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3766  helicase c2  30.38 
 
 		 806 aa  66.6  0.000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1467  helicase c2  24.89 
 
 		 690 aa  66.2  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0659778  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0466  helicase c2  25.88 
 
 		 669 aa  65.9  0.000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17400  DNA helicase, Rad3  23.79 
 
 		 765 aa  65.9  0.000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0589917  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1453  helicase c2  25.98 
 
 		 669 aa  65.5  0.000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0534  helicase c2  24.82 
 
 		 669 aa  65.1  0.000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2097  helicase c2  23.86 
 
 		 644 aa  64.7  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0479006  normal  0.269462 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3086  ATP-dependent DNA helicase DinG  22.4 
 
 		 692 aa  64.3  0.000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175143  hitchhiker  0.0000411022 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1769  DEAD_2 domain protein  26.03 
 
 		 729 aa  63.5  0.00000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.863576  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0371  DNA repair helicase RAD3  25.49 
 
 		 669 aa  63.2  0.00000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2535  helicase C2  26.67 
 
 		 645 aa  63.5  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.801549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1197  helicase c2  28.09 
 
 		 661 aa  62.8  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000973223  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>