More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2839 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_2428  helicase c2  50.89 
 
 		 855 aa  772    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.376304  normal  0.732574 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2839  DEAD_2 domain protein  100 
 
 		 762 aa  1545    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4233  helicase c2  57.56 
 
 		 757 aa  850    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.134799  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3036  hypothetical protein  64.21 
 
 		 761 aa  990    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0104594  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1416  helicase c2  50.89 
 
 		 855 aa  777    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0984  DEAD_2 domain-containing protein  59.69 
 
 		 773 aa  915    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0185  helicase c2  56.27 
 
 		 798 aa  832    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2909  DEAD_2  65.01 
 
 		 775 aa  1009    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0996428 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5966  helicase c2  58.32 
 
 		 766 aa  869    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.224812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5827  DEAD_2  59.07 
 
 		 779 aa  910    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2510  helicase c2  58.02 
 
 		 788 aa  879    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00268076 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4111  helicase c2  61.09 
 
 		 766 aa  924    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.620969 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2454  Uvs006  60.16 
 
 		 746 aa  841    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107257  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0909  hypothetical protein  59.71 
 
 		 773 aa  861    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.205853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2690  DEAD_2  66.31 
 
 		 772 aa  1035    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00215798 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1260  putative ATP-dependent helicase  60.37 
 
 		 755 aa  855    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1630  Rad3-related DNA helicases-like  57.93 
 
 		 766 aa  865    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.138986  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3423  hypothetical protein  64.3 
 
 		 758 aa  958    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1550  DNA repair helicase  59.7 
 
 		 745 aa  867    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2806  DEAD_2 domain protein  52.68 
 
 		 785 aa  775    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717048  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1361  helicase c2  57.66 
 
 		 801 aa  898    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1180  hypothetical protein  59.12 
 
 		 754 aa  926    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.749053  normal  0.379614 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1498  helicase c2  60.64 
 
 		 773 aa  917    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.486316  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5813  helicase c2  55.74 
 
 		 790 aa  797    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.208635 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3978  helicase c2  58.06 
 
 		 766 aa  865    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0904062  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2972  DEAD_2 domain-containing protein  85.89 
 
 		 753 aa  1325    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.114076 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5309  DEAD_2 domain-containing protein  59.28 
 
 		 756 aa  919    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.173286  hitchhiker  0.0033003 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3801  helicase c2  58.85 
 
 		 766 aa  876    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.354929 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40350  hypothetical protein  64.34 
 
 		 758 aa  958    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4389  helicase c2  58.06 
 
 		 766 aa  865    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.787433  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2943  DEAD_2 domain-containing protein  95.09 
 
 		 753 aa  1447    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2850  DEAD_2 domain-containing protein  99.07 
 
 		 753 aa  1515    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0015  DEAD_2 domain-containing protein  48.94 
 
 		 750 aa  694    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.338089  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1186  putative ATP-dependent helicase  60.37 
 
 		 755 aa  854    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.146047  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5421  DEAD_2 domain protein  59.39 
 
 		 754 aa  930    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4268  helicase c2  58.72 
 
 		 766 aa  878    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0100597  normal  0.178799 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0928  ATP-dependent helicase, putative  59.3 
 
 		 495 aa  551  1e-155  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.568065  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1376  DNA repair helicase, truncation  57.24 
 
 		 431 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.731908  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0660  DEAD_2 domain protein  34.51 
 
 		 790 aa  470  1.0000000000000001e-131  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2947  DEAD_2 domain protein  36.1 
 
 		 774 aa  467  9.999999999999999e-131  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443127  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1408  putative ATP-dependent helicase  32.51 
 
 		 781 aa  450  1e-125  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1217  ATP-dependent helicase, putative  31.86 
 
 		 781 aa  447  1.0000000000000001e-124  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.11747  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0289  DEAD_2  34.12 
 
 		 785 aa  444  1e-123  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00121679  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0995  DEAD_2 domain protein  31.1 
 
 		 777 aa  423  1e-117  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0224  DEAD_2 domain-containing protein  32.12 
 
 		 852 aa  344  2.9999999999999997e-93  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0115724  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2112  DEAD_2 domain-containing protein  28.52 
 
 		 797 aa  260  8e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1847  DEAD_2 domain-containing protein  28.52 
 
 		 807 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4042  DEAD_2 domain protein  28.77 
 
 		 798 aa  234  6e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4133  DEAD_2 domain protein  28.52 
 
 		 798 aa  228  3e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4835  helicase c2  37.7 
 
 		 874 aa  134  6e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0589586 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0965  helicase c2  27.56 
 
 		 654 aa  125  2e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.228923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0789  helicase c2  28.17 
 
 		 669 aa  122  3.9999999999999996e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.222881  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1699  DEAD_2 domain protein  28.94 
 
 		 670 aa  121  4.9999999999999996e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0524758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1737  DEAD_2 domain-containing protein  25.68 
 
 		 574 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000703978 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1104  queuine tRNA-ribosyltransferase  23.39 
 
 		 676 aa  119  3e-25  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0196  DEAD_2 domain protein  22.13 
 
 		 619 aa  115  3e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.544403  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1812  DEAD_2 domain-containing protein  24.88 
 
 		 617 aa  113  2.0000000000000002e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0429091  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1117  DEAD_2 domain-containing protein  26.16 
 
 		 712 aa  110  9.000000000000001e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.708962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1117  DEAD_2 domain-containing protein  25.81 
 
 		 582 aa  102  2e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0478  DEAD_2 domain-containing protein  24.5 
 
 		 588 aa  101  5e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.738253  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0390  DEAD_2 domain-containing protein  24.4 
 
 		 580 aa  101  5e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.12513 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1918  helicase c2  28.18 
 
 		 790 aa  95.9  3e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.885633  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1357  DEAD_2 domain-containing protein  24.19 
 
 		 575 aa  93.2  1e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0243831 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3766  helicase c2  29.23 
 
 		 806 aa  87.4  8e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17400  DNA helicase, Rad3  26.26 
 
 		 765 aa  87.4  9e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0589917  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1566  Rad3-related DNA helicases  27.39 
 
 		 726 aa  83.6  0.00000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00000243015  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1672  helicase c2  28.73 
 
 		 739 aa  82.4  0.00000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1867  DEAD_2 domain-containing protein  22.41 
 
 		 541 aa  79.3  0.0000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.512598 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0816  helicase c2  29.59 
 
 		 787 aa  79.3  0.0000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.524115 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1376  DNA helicase RepD  25.2 
 
 		 773 aa  79  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.905642  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1288  DEAD_2 domain protein  21.11 
 
 		 550 aa  78.6  0.0000000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2178  helicase c2  25.15 
 
 		 685 aa  77.8  0.0000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1412  helicase c2  25.31 
 
 		 658 aa  75.5  0.000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.102914  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1824  helicase c2  25.24 
 
 		 664 aa  75.5  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.678424  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1863  helicase c2  24.61 
 
 		 668 aa  74.3  0.000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.879395 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  28.16 
 
 		 929 aa  72.8  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09436  5' to 3' DNA helicase (Eurofung)  22.02 
 
 		 791 aa  71.6  0.00000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2535  helicase C2  24.06 
 
 		 645 aa  71.6  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.801549  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2081  ATP-dependent helicase DinG  25.5 
 
 		 633 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2465  helicase c2  24.84 
 
 		 806 aa  70.5  0.0000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1805  helicase c2  24.5 
 
 		 659 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1727  helicase c2  32.03 
 
 		 641 aa  70.5  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1416  DEAD_2 domain protein  27.94 
 
 		 722 aa  69.3  0.0000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1453  helicase c2  27.78 
 
 		 669 aa  69.7  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1859  helicase c2  24.42 
 
 		 674 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.347581  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0335  DEAD_2 domain protein  29.34 
 
 		 723 aa  68.9  0.0000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB05090  CHL1 helicase, putative  21.89 
 
 		 849 aa  68.6  0.0000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2172  helicase c2  24.57 
 
 		 659 aa  68.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0466  helicase c2  26.92 
 
 		 669 aa  68.6  0.0000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.55 
 
 		 930 aa  67.8  0.0000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2316  helicase c2  25.36 
 
 		 670 aa  67  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0371  DNA repair helicase RAD3  26.92 
 
 		 669 aa  67.4  0.000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23060  DNA helicase, Rad3  24.93 
 
 		 692 aa  67  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0774743 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0534  helicase c2  24.33 
 
 		 669 aa  66.6  0.000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2515  helicase c2  31.33 
 
 		 917 aa  66.2  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0823  DEAD_2 domain protein  25.2 
 
 		 739 aa  66.2  0.000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1626  ATP-dependent DNA helicase-related protein  23.82 
 
 		 713 aa  65.9  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2627  DEAD_2 domain protein  26.34 
 
 		 723 aa  65.9  0.000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.510755 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1593  helicase c2  23.56 
 
 		 725 aa  64.7  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.601772  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1921  helicase c2  23.56 
 
 		 725 aa  64.7  0.000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.782434  normal  0.028244 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>