More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_4042 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_4133  DEAD_2 domain protein  94.61 
 
 		 798 aa  1530    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4042  DEAD_2 domain protein  100 
 
 		 798 aa  1627    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2112  DEAD_2 domain-containing protein  65.79 
 
 		 797 aa  1100    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1847  DEAD_2 domain-containing protein  63.29 
 
 		 807 aa  1038    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0289  DEAD_2  31.09 
 
 		 785 aa  361  4e-98  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00121679  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1408  putative ATP-dependent helicase  30.54 
 
 		 781 aa  340  7e-92  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1217  ATP-dependent helicase, putative  30.01 
 
 		 781 aa  340  7e-92  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.11747  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0660  DEAD_2 domain protein  29.19 
 
 		 790 aa  336  7.999999999999999e-91  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2947  DEAD_2 domain protein  30.99 
 
 		 774 aa  331  3e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443127  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0995  DEAD_2 domain protein  28.22 
 
 		 777 aa  318  2e-85  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4835  helicase c2  32.94 
 
 		 874 aa  293  7e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0589586 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0224  DEAD_2 domain-containing protein  30.26 
 
 		 852 aa  290  6e-77  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0115724  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0984  DEAD_2 domain-containing protein  29.58 
 
 		 773 aa  266  1e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1361  helicase c2  28.82 
 
 		 801 aa  257  5e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5309  DEAD_2 domain-containing protein  30.12 
 
 		 756 aa  254  3e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.173286  hitchhiker  0.0033003 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3423  hypothetical protein  29.78 
 
 		 758 aa  253  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4111  helicase c2  29.28 
 
 		 766 aa  251  4e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.620969 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1180  hypothetical protein  29.59 
 
 		 754 aa  250  9e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.749053  normal  0.379614 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0185  helicase c2  30.77 
 
 		 798 aa  249  1e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5421  DEAD_2 domain protein  28.86 
 
 		 754 aa  247  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1550  DNA repair helicase  31.4 
 
 		 745 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40350  hypothetical protein  29.05 
 
 		 758 aa  246  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650358  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3036  hypothetical protein  28.04 
 
 		 761 aa  246  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0104594  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2690  DEAD_2  28.43 
 
 		 772 aa  245  3e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00215798 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2806  DEAD_2 domain protein  27.79 
 
 		 785 aa  244  5e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717048  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0015  DEAD_2 domain-containing protein  29.3 
 
 		 750 aa  244  7e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.338089  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1498  helicase c2  29.96 
 
 		 773 aa  242  2e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.486316  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1260  putative ATP-dependent helicase  31.23 
 
 		 755 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2943  DEAD_2 domain-containing protein  28.95 
 
 		 753 aa  240  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2454  Uvs006  33.39 
 
 		 746 aa  239  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107257  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1186  putative ATP-dependent helicase  33.39 
 
 		 755 aa  239  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.146047  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2909  DEAD_2  27.63 
 
 		 775 aa  238  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0996428 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0909  hypothetical protein  32.41 
 
 		 773 aa  238  2e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.205853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5827  DEAD_2  28.55 
 
 		 779 aa  235  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2850  DEAD_2 domain-containing protein  29.07 
 
 		 753 aa  233  9e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2510  helicase c2  30.89 
 
 		 788 aa  233  1e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00268076 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2839  DEAD_2 domain protein  28.94 
 
 		 762 aa  231  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2428  helicase c2  28.75 
 
 		 855 aa  229  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.376304  normal  0.732574 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2972  DEAD_2 domain-containing protein  28.02 
 
 		 753 aa  225  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.114076 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4268  helicase c2  31.14 
 
 		 766 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0100597  normal  0.178799 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1416  helicase c2  28.29 
 
 		 855 aa  221  5e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3801  helicase c2  30.97 
 
 		 766 aa  221  5e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.354929 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4233  helicase c2  30.36 
 
 		 757 aa  220  8.999999999999998e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.134799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1630  Rad3-related DNA helicases-like  30.97 
 
 		 766 aa  217  5.9999999999999996e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.138986  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5813  helicase c2  29.59 
 
 		 790 aa  217  7e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.208635 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3978  helicase c2  29.98 
 
 		 766 aa  209  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0904062  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4389  helicase c2  29.98 
 
 		 766 aa  209  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.787433  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0928  ATP-dependent helicase, putative  32.22 
 
 		 495 aa  192  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.568065  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0196  DEAD_2 domain protein  26.15 
 
 		 619 aa  188  3e-46  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.544403  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1376  DNA repair helicase, truncation  33.41 
 
 		 431 aa  185  3e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.731908  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0478  DEAD_2 domain-containing protein  27.45 
 
 		 588 aa  162  2e-38  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.738253  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5966  helicase c2  38.11 
 
 		 766 aa  152  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.224812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1104  queuine tRNA-ribosyltransferase  26.75 
 
 		 676 aa  148  5e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1699  DEAD_2 domain protein  28.9 
 
 		 670 aa  146  2e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0524758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1812  DEAD_2 domain-containing protein  27.17 
 
 		 617 aa  139  2e-31  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0429091  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0965  helicase c2  28.74 
 
 		 654 aa  137  7.000000000000001e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.228923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0789  helicase c2  25.53 
 
 		 669 aa  134  6e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.222881  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1117  DEAD_2 domain-containing protein  28.35 
 
 		 712 aa  133  1.0000000000000001e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.708962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0620  DEAD_2 domain-containing protein  25.23 
 
 		 634 aa  126  1e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1672  helicase c2  26.51 
 
 		 739 aa  127  1e-27  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1117  DEAD_2 domain-containing protein  24.75 
 
 		 582 aa  109  2e-22  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1737  DEAD_2 domain-containing protein  24.88 
 
 		 574 aa  108  3e-22  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000703978 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1416  DEAD_2 domain protein  26.95 
 
 		 722 aa  108  3e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1918  helicase c2  31.92 
 
 		 790 aa  108  5e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.885633  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0816  helicase c2  33.98 
 
 		 787 aa  105  3e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.524115 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1357  DEAD_2 domain-containing protein  23.76 
 
 		 575 aa  103  9e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0243831 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2627  DEAD_2 domain protein  25.4 
 
 		 723 aa  100  7e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.510755 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0335  DEAD_2 domain protein  25.58 
 
 		 723 aa  99.4  2e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1769  DEAD_2 domain protein  25.71 
 
 		 729 aa  99  3e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.863576  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3766  helicase c2  30.43 
 
 		 806 aa  99  3e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0823  DEAD_2 domain protein  25.34 
 
 		 739 aa  99  3e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26944  predicted protein  22.96 
 
 		 788 aa  94  1e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.168097 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1867  DEAD_2 domain-containing protein  24.57 
 
 		 541 aa  92  4e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.512598 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1376  DNA helicase RepD  21.63 
 
 		 773 aa  91.7  5e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.905642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1566  Rad3-related DNA helicases  23.46 
 
 		 726 aa  90.5  1e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00000243015  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA05570  general RNA polymerase II transcription factor, putative  21.27 
 
 		 799 aa  88.2  5e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.946623  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0390  DEAD_2 domain-containing protein  22.19 
 
 		 580 aa  87.8  7e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.12513 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0648  helicase c2  24 
 
 		 668 aa  82  0.00000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  23.66 
 
 		 952 aa  80.9  0.00000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2515  helicase c2  30.88 
 
 		 917 aa  80.5  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_54072  xeroderma pigmentosum group D complementing protein  26.69 
 
 		 782 aa  78.6  0.0000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02825  ATP-dependent DNA helicase DinG  26.05 
 
 		 710 aa  77.4  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3855  helicase c2  25.06 
 
 		 665 aa  76.3  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.210682  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3929  helicase c2  25.06 
 
 		 665 aa  76.3  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0336304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3841  helicase c2  25.06 
 
 		 665 aa  75.9  0.000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.478709  normal  0.0359375 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  22.46 
 
 		 930 aa  75.5  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1819  ATP-dependent DNA helicase DinG  28.09 
 
 		 690 aa  74.3  0.000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54439  YPL008W (CHL1)-like protein  19.74 
 
 		 835 aa  73.6  0.00000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.106037 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01597  ATP-dependent helicase  24.45 
 
 		 675 aa  72.8  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3086  ATP-dependent DNA helicase DinG  27.97 
 
 		 692 aa  72.8  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175143  hitchhiker  0.0000411022 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2470  ATP-dependent DNA helicase DinG  28.09 
 
 		 690 aa  72.4  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00127477 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2538  ATP-dependent DNA helicase DinG  28.09 
 
 		 690 aa  72.4  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.536241  unclonable  0.0000322681 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2630  ATP-dependent DNA helicase DinG  28.09 
 
 		 690 aa  72  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.920562  hitchhiker  0.00302525 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0897  helicase c2  23.87 
 
 		 647 aa  71.2  0.00000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2465  helicase c2  29.29 
 
 		 806 aa  71.2  0.00000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2975  helicase c2  27.55 
 
 		 807 aa  71.2  0.00000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1618  ATP-dependent DNA helicase DinG  27.66 
 
 		 690 aa  70.9  0.00000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.326155  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1652  ATP-dependent DNA helicase DinG  27.66 
 
 		 690 aa  70.9  0.00000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.303868 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2725  ATP-dependent DNA helicase DinG  27.66 
 
 		 690 aa  70.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0300555  hitchhiker  0.000425027 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2429  ATP-dependent DNA helicase DinG  28.81 
 
 		 691 aa  70.5  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>