More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2943 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_1416  helicase c2  49.7 
 
 		 855 aa  760    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1260  putative ATP-dependent helicase  60.24 
 
 		 755 aa  850    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2839  DEAD_2 domain protein  95.09 
 
 		 762 aa  1430    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5813  helicase c2  55.1 
 
 		 790 aa  792    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.208635 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2806  DEAD_2 domain protein  52.14 
 
 		 785 aa  769    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717048  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5421  DEAD_2 domain protein  59.52 
 
 		 754 aa  929    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3036  hypothetical protein  64.08 
 
 		 761 aa  989    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0104594  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0185  helicase c2  55.83 
 
 		 798 aa  825    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2972  DEAD_2 domain-containing protein  85.56 
 
 		 753 aa  1316    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.114076 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5966  helicase c2  57.54 
 
 		 766 aa  858    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.224812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4233  helicase c2  56.63 
 
 		 757 aa  835    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.134799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2850  DEAD_2 domain-containing protein  95.35 
 
 		 753 aa  1433    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2909  DEAD_2  64.08 
 
 		 775 aa  999    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0996428 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5827  DEAD_2  59.2 
 
 		 779 aa  907    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2428  helicase c2  49.7 
 
 		 855 aa  756    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.376304  normal  0.732574 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2454  Uvs006  59.89 
 
 		 746 aa  836    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107257  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2690  DEAD_2  66.04 
 
 		 772 aa  1030    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00215798 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1630  Rad3-related DNA helicases-like  57.4 
 
 		 766 aa  855    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.138986  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0015  DEAD_2 domain-containing protein  48.47 
 
 		 750 aa  687    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.338089  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2510  helicase c2  57.63 
 
 		 788 aa  873    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00268076 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1550  DNA repair helicase  59.7 
 
 		 745 aa  866    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1361  helicase c2  56.54 
 
 		 801 aa  890    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1186  putative ATP-dependent helicase  60.24 
 
 		 755 aa  850    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.146047  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1180  hypothetical protein  59.12 
 
 		 754 aa  922    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.749053  normal  0.379614 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1498  helicase c2  60.11 
 
 		 773 aa  912    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.486316  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3978  helicase c2  57.4 
 
 		 766 aa  855    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0904062  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0909  hypothetical protein  58.92 
 
 		 773 aa  854    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.205853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2943  DEAD_2 domain-containing protein  100 
 
 		 753 aa  1532    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3423  hypothetical protein  63.37 
 
 		 758 aa  948    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4111  helicase c2  60.43 
 
 		 766 aa  914    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.620969 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3801  helicase c2  57.93 
 
 		 766 aa  864    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.354929 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40350  hypothetical protein  63.67 
 
 		 758 aa  947    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4389  helicase c2  57.4 
 
 		 766 aa  855    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.787433  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0984  DEAD_2 domain-containing protein  58.9 
 
 		 773 aa  910    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4268  helicase c2  57.8 
 
 		 766 aa  865    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0100597  normal  0.178799 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5309  DEAD_2 domain-containing protein  59.25 
 
 		 756 aa  915    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.173286  hitchhiker  0.0033003 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0928  ATP-dependent helicase, putative  59.71 
 
 		 495 aa  548  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.568065  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1376  DNA repair helicase, truncation  57.48 
 
 		 431 aa  490  1e-137  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.731908  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0660  DEAD_2 domain protein  34.33 
 
 		 790 aa  474  1e-132  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2947  DEAD_2 domain protein  35.74 
 
 		 774 aa  467  9.999999999999999e-131  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443127  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1408  putative ATP-dependent helicase  32.59 
 
 		 781 aa  456  1e-127  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1217  ATP-dependent helicase, putative  31.94 
 
 		 781 aa  453  1.0000000000000001e-126  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.11747  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0289  DEAD_2  33.98 
 
 		 785 aa  452  1e-125  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00121679  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0995  DEAD_2 domain protein  30.47 
 
 		 777 aa  422  1e-116  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0224  DEAD_2 domain-containing protein  32.41 
 
 		 852 aa  347  3e-94  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0115724  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2112  DEAD_2 domain-containing protein  28.2 
 
 		 797 aa  261  4e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1847  DEAD_2 domain-containing protein  28.03 
 
 		 807 aa  251  5e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4042  DEAD_2 domain protein  28.83 
 
 		 798 aa  237  5.0000000000000005e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4133  DEAD_2 domain protein  28.7 
 
 		 798 aa  234  4.0000000000000004e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4835  helicase c2  37.7 
 
 		 874 aa  134  5e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0589586 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0965  helicase c2  27.43 
 
 		 654 aa  125  2e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.228923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0789  helicase c2  27.85 
 
 		 669 aa  125  3e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.222881  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1104  queuine tRNA-ribosyltransferase  23.24 
 
 		 676 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1699  DEAD_2 domain protein  27.47 
 
 		 670 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0524758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1737  DEAD_2 domain-containing protein  25.51 
 
 		 574 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000703978 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0196  DEAD_2 domain protein  22.75 
 
 		 619 aa  119  9.999999999999999e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.544403  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1812  DEAD_2 domain-containing protein  24.02 
 
 		 617 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0429091  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1117  DEAD_2 domain-containing protein  25.55 
 
 		 712 aa  109  2e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.708962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1117  DEAD_2 domain-containing protein  25.34 
 
 		 582 aa  103  8e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0478  DEAD_2 domain-containing protein  24.04 
 
 		 588 aa  102  2e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.738253  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0390  DEAD_2 domain-containing protein  24.62 
 
 		 580 aa  101  6e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.12513 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1357  DEAD_2 domain-containing protein  24.91 
 
 		 575 aa  95.9  2e-18  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0243831 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1672  helicase c2  25.41 
 
 		 739 aa  93.2  1e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1918  helicase c2  28.39 
 
 		 790 aa  92.8  2e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.885633  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1566  Rad3-related DNA helicases  27.24 
 
 		 726 aa  85.1  0.000000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00000243015  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3766  helicase c2  27.76 
 
 		 806 aa  84.3  0.000000000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1376  DNA helicase RepD  26 
 
 		 773 aa  82.8  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.905642  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0816  helicase c2  29.59 
 
 		 787 aa  83.2  0.00000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.524115 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17400  DNA helicase, Rad3  25.11 
 
 		 765 aa  81.3  0.00000000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0589917  normal  0.041503 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1288  DEAD_2 domain protein  21.5 
 
 		 550 aa  79.3  0.0000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2465  helicase c2  22.95 
 
 		 806 aa  80.1  0.0000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1867  DEAD_2 domain-containing protein  22.09 
 
 		 541 aa  77.4  0.000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.512598 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  29.25 
 
 		 929 aa  74.7  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1727  helicase c2  24.69 
 
 		 641 aa  74.3  0.000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1824  helicase c2  24.64 
 
 		 664 aa  73.9  0.000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.678424  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2535  helicase C2  23.63 
 
 		 645 aa  72.8  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.801549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1453  helicase c2  27.47 
 
 		 669 aa  72.8  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1416  DEAD_2 domain protein  28.74 
 
 		 722 aa  72.4  0.00000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2178  helicase c2  25.57 
 
 		 685 aa  72.4  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0335  DEAD_2 domain protein  29.75 
 
 		 723 aa  72  0.00000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1863  helicase c2  25.08 
 
 		 668 aa  71.6  0.00000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.879395 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0466  helicase c2  26.61 
 
 		 669 aa  71.6  0.00000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.19 
 
 		 930 aa  70.9  0.00000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0371  DNA repair helicase RAD3  26.61 
 
 		 669 aa  70.1  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0534  helicase c2  24.33 
 
 		 669 aa  69.7  0.0000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1412  helicase c2  24.44 
 
 		 658 aa  69.7  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.102914  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1805  helicase c2  24.25 
 
 		 659 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0823  DEAD_2 domain protein  26.98 
 
 		 739 aa  68.9  0.0000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_24915  predicted protein  22.2 
 
 		 791 aa  67.8  0.0000000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.615618  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2515  helicase c2  31.25 
 
 		 917 aa  67.4  0.0000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0620  DEAD_2 domain-containing protein  21.49 
 
 		 634 aa  67.4  0.0000000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1235  helicase c2  24.26 
 
 		 743 aa  67.8  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895293  normal  0.149585 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11361  ATP-dependent helicase dinG  23.24 
 
 		 664 aa  67.4  0.0000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00520548  normal  0.0965757 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2627  DEAD_2 domain protein  26.36 
 
 		 723 aa  67  0.000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.510755 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1859  helicase c2  30.3 
 
 		 674 aa  67  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.347581  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2081  ATP-dependent helicase DinG  30.3 
 
 		 633 aa  66.2  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0997  helicase c2  25.38 
 
 		 643 aa  66.6  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.179863 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29270  DNA helicase, Rad3  23.91 
 
 		 684 aa  66.2  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.73 
 
 		 952 aa  66.6  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1197  helicase c2  28.57 
 
 		 661 aa  66.6  0.000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000973223  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>