215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3801 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2839  DEAD_2 domain protein  58.85 
 
 		 762 aa  869    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2850  DEAD_2 domain-containing protein  58.98 
 
 		 753 aa  871    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5813  helicase c2  61.53 
 
 		 790 aa  882    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.208635 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3036  hypothetical protein  59.45 
 
 		 761 aa  909    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0104594  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2943  DEAD_2 domain-containing protein  57.93 
 
 		 753 aa  875    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2909  DEAD_2  59.19 
 
 		 775 aa  918    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0996428 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2972  DEAD_2 domain-containing protein  58.82 
 
 		 753 aa  907    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.114076 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5827  DEAD_2  58.2 
 
 		 779 aa  888    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2454  Uvs006  72.39 
 
 		 746 aa  1025    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107257  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2690  DEAD_2  59.87 
 
 		 772 aa  943    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00215798 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1630  Rad3-related DNA helicases-like  94.91 
 
 		 766 aa  1429    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.138986  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1550  DNA repair helicase  72.52 
 
 		 745 aa  1076    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4111  helicase c2  58.69 
 
 		 766 aa  888    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.620969 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1361  helicase c2  56.31 
 
 		 801 aa  892    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1180  hypothetical protein  70.72 
 
 		 754 aa  1093    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.749053  normal  0.379614 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5309  DEAD_2 domain-containing protein  69.8 
 
 		 756 aa  1080    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.173286  hitchhiker  0.0033003 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1498  helicase c2  56.25 
 
 		 773 aa  841    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.486316  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3978  helicase c2  95.17 
 
 		 766 aa  1424    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0904062  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5966  helicase c2  95.43 
 
 		 766 aa  1429    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.224812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2510  helicase c2  56.51 
 
 		 788 aa  857    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00268076 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3801  helicase c2  100 
 
 		 766 aa  1550    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.354929 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40350  hypothetical protein  61.07 
 
 		 758 aa  907    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4389  helicase c2  95.17 
 
 		 766 aa  1424    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.787433  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3423  hypothetical protein  60.26 
 
 		 758 aa  898    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4268  helicase c2  98.83 
 
 		 766 aa  1535    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0100597  normal  0.178799 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0015  DEAD_2 domain-containing protein  47.71 
 
 		 750 aa  698    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.338089  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0185  helicase c2  56.29 
 
 		 798 aa  828    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0984  DEAD_2 domain-containing protein  60.13 
 
 		 773 aa  916    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2806  DEAD_2 domain protein  57.03 
 
 		 785 aa  828    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717048  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2428  helicase c2  53.86 
 
 		 855 aa  832    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.376304  normal  0.732574 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0909  hypothetical protein  59.53 
 
 		 773 aa  867    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.205853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1416  helicase c2  53.15 
 
 		 855 aa  819    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5421  DEAD_2 domain protein  71.37 
 
 		 754 aa  1110    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1260  putative ATP-dependent helicase  72.85 
 
 		 755 aa  1044    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1186  putative ATP-dependent helicase  72.72 
 
 		 755 aa  1041    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.146047  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0928  ATP-dependent helicase, putative  71.49 
 
 		 495 aa  686    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.568065  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4233  helicase c2  92.21 
 
 		 757 aa  1386    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.134799  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1376  DNA repair helicase, truncation  69.46 
 
 		 431 aa  616  1e-175  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.731908  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0660  DEAD_2 domain protein  33.16 
 
 		 790 aa  444  1e-123  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2947  DEAD_2 domain protein  34.24 
 
 		 774 aa  443  1e-123  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443127  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0289  DEAD_2  33.68 
 
 		 785 aa  440  9.999999999999999e-123  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00121679  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0995  DEAD_2 domain protein  31.15 
 
 		 777 aa  433  1e-120  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1408  putative ATP-dependent helicase  31.78 
 
 		 781 aa  412  1e-113  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1217  ATP-dependent helicase, putative  31.27 
 
 		 781 aa  411  1e-113  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.11747  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0224  DEAD_2 domain-containing protein  30.77 
 
 		 852 aa  325  2e-87  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0115724  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2112  DEAD_2 domain-containing protein  28.86 
 
 		 797 aa  226  8e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4042  DEAD_2 domain protein  31.14 
 
 		 798 aa  225  2e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4133  DEAD_2 domain protein  30.69 
 
 		 798 aa  222  3e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1847  DEAD_2 domain-containing protein  30.82 
 
 		 807 aa  218  5e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4835  helicase c2  28.66 
 
 		 874 aa  183  1e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0589586 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1104  queuine tRNA-ribosyltransferase  24.92 
 
 		 676 aa  118  5e-25  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0965  helicase c2  25.57 
 
 		 654 aa  112  3e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.228923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1117  DEAD_2 domain-containing protein  24.55 
 
 		 712 aa  110  8.000000000000001e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.708962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1376  DNA helicase RepD  29.18 
 
 		 773 aa  107  6e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.905642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1699  DEAD_2 domain protein  26.54 
 
 		 670 aa  106  2e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0524758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0478  DEAD_2 domain-containing protein  25.25 
 
 		 588 aa  106  2e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.738253  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1812  DEAD_2 domain-containing protein  23.84 
 
 		 617 aa  105  2e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0429091  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0789  helicase c2  25.32 
 
 		 669 aa  102  3e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.222881  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1672  helicase c2  25.2 
 
 		 739 aa  95.1  4e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0196  DEAD_2 domain protein  27.44 
 
 		 619 aa  93.2  2e-17  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.544403  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1566  Rad3-related DNA helicases  27.62 
 
 		 726 aa  83.2  0.00000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00000243015  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1737  DEAD_2 domain-containing protein  25.08 
 
 		 574 aa  82  0.00000000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000703978 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1117  DEAD_2 domain-containing protein  23.23 
 
 		 582 aa  79.7  0.0000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1769  DEAD_2 domain protein  25.15 
 
 		 729 aa  78.2  0.0000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.863576  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1918  helicase c2  27.44 
 
 		 790 aa  77  0.000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.885633  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0335  DEAD_2 domain protein  25.66 
 
 		 723 aa  77.4  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0390  DEAD_2 domain-containing protein  22.67 
 
 		 580 aa  74.7  0.000000000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.12513 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1416  DEAD_2 domain protein  24.23 
 
 		 722 aa  74.7  0.000000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3766  helicase c2  35 
 
 		 806 aa  71.6  0.00000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6530  putative ATP-dependent helicase  26.76 
 
 		 674 aa  70.1  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.290122  normal  0.0410108 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11361  ATP-dependent helicase dinG  27.01 
 
 		 664 aa  68.9  0.0000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00520548  normal  0.0965757 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0816  helicase c2  27.24 
 
 		 787 aa  68.6  0.0000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.524115 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2630  ATP-dependent DNA helicase DinG  22.43 
 
 		 691 aa  68.2  0.0000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2347  helicase c2  26.2 
 
 		 670 aa  68.2  0.0000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.490547  normal  0.859108 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1536  DEAD_2 domain protein  20.89 
 
 		 537 aa  65.5  0.000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.849616  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0823  DEAD_2 domain protein  27.8 
 
 		 739 aa  65.5  0.000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3855  helicase c2  28.4 
 
 		 665 aa  65.1  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.210682  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0534  helicase c2  19.62 
 
 		 669 aa  65.1  0.000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3929  helicase c2  28.4 
 
 		 665 aa  65.1  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0336304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3841  helicase c2  28.4 
 
 		 665 aa  65.1  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.478709  normal  0.0359375 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4634  helicase c2  23.3 
 
 		 674 aa  63.9  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2272  ATP-dependent DNA helicase DinG  26.69 
 
 		 712 aa  62.8  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2483  ATP-dependent DNA helicase DinG  26.52 
 
 		 690 aa  62.4  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204554 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2118  ATP-dependent DNA helicase DinG  25.11 
 
 		 707 aa  62  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.149773  hitchhiker  0.000000714427 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_54072  xeroderma pigmentosum group D complementing protein  23.64 
 
 		 782 aa  61.6  0.00000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1480  helicase c2  29.46 
 
 		 710 aa  61.6  0.00000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.124092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_24915  predicted protein  22.55 
 
 		 791 aa  61.6  0.00000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.615618  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1867  DEAD_2 domain-containing protein  21.58 
 
 		 541 aa  60.8  0.00000009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.512598 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17400  DNA helicase, Rad3  26.73 
 
 		 765 aa  60.8  0.0000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0589917  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0371  DNA repair helicase RAD3  20.83 
 
 		 669 aa  59.7  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1566  ATP-dependent DNA helicase DinG  25.77 
 
 		 692 aa  60.1  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000620367 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2205  helicase c2  26.88 
 
 		 676 aa  59.7  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.632178  normal  0.363279 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2627  DEAD_2 domain protein  24.63 
 
 		 723 aa  59.3  0.0000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.510755 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_37445  predicted protein  21.16 
 
 		 938 aa  58.9  0.0000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.258887  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23060  DNA helicase, Rad3  26.18 
 
 		 692 aa  58.5  0.0000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0774743 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2429  ATP-dependent DNA helicase DinG  21.52 
 
 		 691 aa  58.5  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1863  helicase c2  23.42 
 
 		 668 aa  58.5  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.879395 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1585  ATP-dependent DNA helicase DinG  29.11 
 
 		 725 aa  58.5  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2656  ATP-dependent DNA helicase DinG  25.4 
 
 		 690 aa  58.2  0.0000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.765136  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0466  helicase c2  20.62 
 
 		 669 aa  57.8  0.0000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>