More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2483 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_003963  ATP-dependent helicase DinG/Rad3  50.5 
 
 
691 aa  716    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1513  ATP-dependent DNA helicase DinG  81.74 
 
 
690 aa  1189    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433839  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2272  ATP-dependent DNA helicase DinG  54.29 
 
 
712 aa  779    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1819  ATP-dependent DNA helicase DinG  81.88 
 
 
690 aa  1188    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1129  ATP-dependent DNA helicase DinG  50.36 
 
 
694 aa  709    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0640459  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1618  ATP-dependent DNA helicase DinG  82.46 
 
 
690 aa  1201    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.326155  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01557  ATP-dependent DNA helicase DinG  50.65 
 
 
691 aa  724    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1446  ATP-dependent DNA helicase DinG  50 
 
 
703 aa  702    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107544  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2429  ATP-dependent DNA helicase DinG  77.86 
 
 
691 aa  1142    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3086  ATP-dependent DNA helicase DinG  85.51 
 
 
692 aa  1237    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175143  hitchhiker  0.0000411022 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2470  ATP-dependent DNA helicase DinG  82.03 
 
 
690 aa  1191    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00127477 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2725  ATP-dependent DNA helicase DinG  82.46 
 
 
690 aa  1200    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0300555  hitchhiker  0.000425027 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2538  ATP-dependent DNA helicase DinG  82.03 
 
 
690 aa  1193    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.536241  unclonable  0.0000322681 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2630  ATP-dependent DNA helicase DinG  77.42 
 
 
691 aa  1141    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1629  ATP-dependent DNA helicase DinG  82.46 
 
 
690 aa  1202    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.117477  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2483  ATP-dependent DNA helicase DinG  100 
 
 
690 aa  1432    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00204554 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1566  ATP-dependent DNA helicase DinG  85.51 
 
 
692 aa  1252    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000620367 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2630  ATP-dependent DNA helicase DinG  81.59 
 
 
690 aa  1187    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.920562  hitchhiker  0.00302525 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1249  ATP-dependent DNA helicase DinG  80.46 
 
 
691 aa  1172    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000153763 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1652  ATP-dependent DNA helicase DinG  82.46 
 
 
690 aa  1201    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.303868 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2178  ATP-dependent DNA helicase DinG  52.04 
 
 
686 aa  725    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.647766 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2656  ATP-dependent DNA helicase DinG  84.64 
 
 
690 aa  1243    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.765136  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0995  ATP-dependent DNA helicase DinG  40.6 
 
 
708 aa  536  1e-151  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196461  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3856  ATP-dependent DNA helicase DinG  38.83 
 
 
714 aa  486  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.160495  normal  0.793215 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4120  ATP-dependent helicase, DinG family  38.7 
 
 
714 aa  484  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1585  ATP-dependent DNA helicase DinG  38.07 
 
 
725 aa  482  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50840  ATP-dependent DNA helicase DinG  38.34 
 
 
714 aa  476  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00144938 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2381  ATP-dependent DNA helicase DinG  38.12 
 
 
720 aa  474  1e-132  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00980399 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1624  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.06 
 
 
721 aa  474  1e-132  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1427  ATP-dependent DNA helicase DinG  39.12 
 
 
714 aa  472  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.152164  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4334  ATP-dependent DNA helicase DinG  38.21 
 
 
714 aa  474  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.044641  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1225  ATP-dependent DNA helicase DinG  38.27 
 
 
714 aa  465  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1146  ATP-dependent DNA helicase DinG  38.4 
 
 
714 aa  458  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.980909  normal  0.730569 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19450  ATP-dependent DNA helicase DinG  39.25 
 
 
714 aa  456  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1125  ATP-dependent DNA helicase DinG  38.4 
 
 
714 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.437588  hitchhiker  0.0000838668 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4290  ATP-dependent DNA helicase DinG  38 
 
 
714 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2118  ATP-dependent DNA helicase DinG  38.08 
 
 
707 aa  453  1.0000000000000001e-126  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.149773  hitchhiker  0.000000714427 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1161  ATP-dependent DNA helicase DinG  38.4 
 
 
714 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.665209  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0350  ATP-dependent DNA helicase DinG  35.79 
 
 
711 aa  440  9.999999999999999e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00468076  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3854  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.89 
 
 
700 aa  375  1e-102  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02825  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.29 
 
 
710 aa  370  1e-101  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2910  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.85 
 
 
699 aa  367  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1552  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.94 
 
 
699 aa  363  6e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1289  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.99 
 
 
725 aa  362  1e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.649523  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2777  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.85 
 
 
726 aa  357  2.9999999999999997e-97  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2856  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.85 
 
 
726 aa  357  2.9999999999999997e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.642331  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0948  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.18 
 
 
762 aa  357  5e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1321  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.85 
 
 
726 aa  357  5e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00766  ATP-dependent DNA helicase  34.18 
 
 
716 aa  356  1e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2843  helicase c2  34.18 
 
 
716 aa  356  1e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00783  hypothetical protein  34.18 
 
 
716 aa  356  1e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0823  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.04 
 
 
716 aa  355  1e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2844  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.18 
 
 
716 aa  354  4e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0506897 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1461  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.75 
 
 
732 aa  354  4e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.498771 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0853  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.18 
 
 
716 aa  354  4e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0866  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.04 
 
 
716 aa  353  5e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2553  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.04 
 
 
716 aa  353  7e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0969  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.14 
 
 
714 aa  350  6e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.725445  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0884  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.05 
 
 
714 aa  349  8e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0857  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.05 
 
 
714 aa  349  8e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0948  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.05 
 
 
714 aa  349  1e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.607089  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0014  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.93 
 
 
729 aa  348  2e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.11513  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0916  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.91 
 
 
714 aa  347  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2033  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.01 
 
 
716 aa  348  3e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4158  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.79 
 
 
758 aa  347  3e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2398  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.57 
 
 
715 aa  347  5e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.927767  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0503  helicase c2  32.39 
 
 
750 aa  341  2e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.516825  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0013  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.7 
 
 
741 aa  341  2.9999999999999998e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0021  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.38 
 
 
692 aa  339  9.999999999999999e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2495  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.68 
 
 
701 aa  334  3e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.324564  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2732  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.52 
 
 
738 aa  322  1.9999999999999998e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.196414  normal  0.101558 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4122  helicase c2  31.72 
 
 
843 aa  281  2e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000977416  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3167  helicase c2  29.4 
 
 
876 aa  278  2e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000644587  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0363  ATP-dependent helicase DinG  30.22 
 
 
840 aa  275  3e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.01237  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0023  Rad3-related DNA helicases  30.52 
 
 
851 aa  267  4e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000466591  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0509  helicase c2  30.42 
 
 
843 aa  258  2e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1942  helicase c2  27.82 
 
 
832 aa  258  4e-67  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.357662  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1364  helicase c2  28.82 
 
 
640 aa  257  5e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0188  helicase c2  31.85 
 
 
659 aa  257  6e-67  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00148037  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.94 
 
 
930 aa  254  3e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1990  ATP-dependent helicase DinG  28.41 
 
 
709 aa  252  1e-65  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2809  helicase c2  29.86 
 
 
707 aa  251  3e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3886  ATP-dependent helicase  28.36 
 
 
647 aa  251  4e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3621  helicase c2  28.75 
 
 
838 aa  249  1e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07920  helicase c2  28.96 
 
 
822 aa  248  3e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0997  helicase c2  31.23 
 
 
643 aa  244  3e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.179863 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1347  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.46 
 
 
957 aa  243  7.999999999999999e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.579486 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3670  helicase c2  29.39 
 
 
664 aa  243  1e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.978483  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0024  helicase c2  27.82 
 
 
846 aa  241  2e-62  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1106  helicase c2  29.26 
 
 
636 aa  242  2e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.243566 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1197  helicase c2  29.43 
 
 
661 aa  240  5e-62  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000973223  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1897  hypothetical protein  29.01 
 
 
652 aa  239  9e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1886  hypothetical protein  28.87 
 
 
652 aa  239  1e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2527  helicase c2  29.9 
 
 
653 aa  238  4e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0816709  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1412  helicase c2  27.44 
 
 
658 aa  235  2.0000000000000002e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.102914  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0411  helicase c2  29.51 
 
 
646 aa  234  4.0000000000000004e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1824  helicase c2  28.63 
 
 
664 aa  234  5e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.678424  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1409  helicase c2  28.3 
 
 
651 aa  233  1e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1156  helicase c2  30.15 
 
 
649 aa  231  3e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2677  helicase c2  27.89 
 
 
646 aa  231  3e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.663694  normal  0.183253 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>