More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4111 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2510  helicase c2  59.84 
 
 		 788 aa  895    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00268076 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2839  DEAD_2 domain protein  61.09 
 
 		 762 aa  913    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3036  hypothetical protein  62.08 
 
 		 761 aa  957    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0104594  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4233  helicase c2  57.54 
 
 		 757 aa  851    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.134799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5966  helicase c2  58.56 
 
 		 766 aa  864    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.224812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2909  DEAD_2  62.12 
 
 		 775 aa  967    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0996428 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5827  DEAD_2  59.66 
 
 		 779 aa  930    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2454  Uvs006  61.8 
 
 		 746 aa  853    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107257  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2690  DEAD_2  62.4 
 
 		 772 aa  978    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00215798 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0984  DEAD_2 domain-containing protein  62.39 
 
 		 773 aa  957    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1630  Rad3-related DNA helicases-like  58.04 
 
 		 766 aa  862    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.138986  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0909  hypothetical protein  62.48 
 
 		 773 aa  890    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.205853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1550  DNA repair helicase  61.07 
 
 		 745 aa  887    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2428  helicase c2  50.12 
 
 		 855 aa  752    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.376304  normal  0.732574 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1361  helicase c2  59.13 
 
 		 801 aa  916    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1180  hypothetical protein  59.81 
 
 		 754 aa  924    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.749053  normal  0.379614 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5309  DEAD_2 domain-containing protein  59.42 
 
 		 756 aa  928    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.173286  hitchhiker  0.0033003 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1498  helicase c2  57.94 
 
 		 773 aa  866    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.486316  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2850  DEAD_2 domain-containing protein  60.96 
 
 		 753 aa  912    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3978  helicase c2  58.04 
 
 		 766 aa  858    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0904062  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2972  DEAD_2 domain-containing protein  60.05 
 
 		 753 aa  908    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.114076 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5813  helicase c2  56.33 
 
 		 790 aa  789    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.208635 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5421  DEAD_2 domain protein  59.15 
 
 		 754 aa  921    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1186  putative ATP-dependent helicase  61.72 
 
 		 755 aa  860    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.146047  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4268  helicase c2  58.69 
 
 		 766 aa  860    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0100597  normal  0.178799 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3801  helicase c2  58.69 
 
 		 766 aa  864    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.354929 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40350  hypothetical protein  65.51 
 
 		 758 aa  967    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4389  helicase c2  58.04 
 
 		 766 aa  858    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.787433  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2943  DEAD_2 domain-containing protein  60.43 
 
 		 753 aa  915    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2806  DEAD_2 domain protein  53.28 
 
 		 785 aa  779    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717048  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1260  putative ATP-dependent helicase  61.72 
 
 		 755 aa  860    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1416  helicase c2  50.12 
 
 		 855 aa  758    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4111  helicase c2  100 
 
 		 766 aa  1560    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.620969 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0015  DEAD_2 domain-containing protein  51.53 
 
 		 750 aa  745    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.338089  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3423  hypothetical protein  65.6 
 
 		 758 aa  969    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0185  helicase c2  59.27 
 
 		 798 aa  852    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0928  ATP-dependent helicase, putative  60.65 
 
 		 495 aa  560  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.568065  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1376  DNA repair helicase, truncation  58.24 
 
 		 431 aa  499  1e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.731908  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2947  DEAD_2 domain protein  36.06 
 
 		 774 aa  454  1.0000000000000001e-126  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443127  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0660  DEAD_2 domain protein  32.94 
 
 		 790 aa  455  1.0000000000000001e-126  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1408  putative ATP-dependent helicase  32.72 
 
 		 781 aa  438  1e-121  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0289  DEAD_2  33.55 
 
 		 785 aa  429  1e-119  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00121679  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1217  ATP-dependent helicase, putative  32.07 
 
 		 781 aa  432  1e-119  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.11747  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0995  DEAD_2 domain protein  30.24 
 
 		 777 aa  411  1e-113  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0224  DEAD_2 domain-containing protein  30.29 
 
 		 852 aa  311  4e-83  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0115724  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4042  DEAD_2 domain protein  30.13 
 
 		 798 aa  258  3e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4133  DEAD_2 domain protein  30.3 
 
 		 798 aa  258  3e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1847  DEAD_2 domain-containing protein  27.63 
 
 		 807 aa  241  4e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2112  DEAD_2 domain-containing protein  28.09 
 
 		 797 aa  232  2e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0789  helicase c2  25.91 
 
 		 669 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.222881  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4835  helicase c2  37.69 
 
 		 874 aa  133  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0589586 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1104  queuine tRNA-ribosyltransferase  24.48 
 
 		 676 aa  129  3e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0965  helicase c2  27.49 
 
 		 654 aa  127  8.000000000000001e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.228923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1699  DEAD_2 domain protein  27.71 
 
 		 670 aa  125  4e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0524758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1812  DEAD_2 domain-containing protein  25.66 
 
 		 617 aa  120  9e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0429091  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1117  DEAD_2 domain-containing protein  26.72 
 
 		 712 aa  120  9.999999999999999e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.708962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0478  DEAD_2 domain-containing protein  25.12 
 
 		 588 aa  115  4.0000000000000004e-24  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.738253  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1672  helicase c2  27.18 
 
 		 739 aa  114  9e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0196  DEAD_2 domain protein  29.28 
 
 		 619 aa  99.8  2e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.544403  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1737  DEAD_2 domain-containing protein  26.66 
 
 		 574 aa  98.6  4e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000703978 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1376  DNA helicase RepD  27.16 
 
 		 773 aa  92.8  2e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.905642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1918  helicase c2  29.59 
 
 		 790 aa  91.7  5e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.885633  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3766  helicase c2  28.77 
 
 		 806 aa  83.2  0.00000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1117  DEAD_2 domain-containing protein  24.4 
 
 		 582 aa  81.3  0.00000000000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0823  DEAD_2 domain protein  26.2 
 
 		 739 aa  79  0.0000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0816  helicase c2  27.56 
 
 		 787 aa  77.8  0.0000000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.524115 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1288  DEAD_2 domain protein  21.31 
 
 		 550 aa  76.6  0.000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0390  DEAD_2 domain-containing protein  24.44 
 
 		 580 aa  75.9  0.000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.12513 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1566  Rad3-related DNA helicases  20.9 
 
 		 726 aa  75.1  0.000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00000243015  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1416  DEAD_2 domain protein  25.93 
 
 		 722 aa  73.6  0.00000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19450  ATP-dependent DNA helicase DinG  28.44 
 
 		 714 aa  70.9  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1146  ATP-dependent DNA helicase DinG  28.44 
 
 		 714 aa  70.5  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.980909  normal  0.730569 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1863  helicase c2  24.37 
 
 		 668 aa  69.7  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.879395 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1585  ATP-dependent DNA helicase DinG  28.21 
 
 		 725 aa  69.7  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1125  ATP-dependent DNA helicase DinG  28.44 
 
 		 714 aa  69.3  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.437588  hitchhiker  0.0000838668 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1867  DEAD_2 domain-containing protein  22.55 
 
 		 541 aa  69.3  0.0000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.512598 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0335  DEAD_2 domain protein  27.27 
 
 		 723 aa  68.9  0.0000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1161  ATP-dependent DNA helicase DinG  28.44 
 
 		 714 aa  69.3  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.665209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1769  DEAD_2 domain protein  26.22 
 
 		 729 aa  68.9  0.0000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.863576  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4290  ATP-dependent DNA helicase DinG  28 
 
 		 714 aa  68.6  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1225  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.05 
 
 		 714 aa  67.8  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  27.56 
 
 		 929 aa  67.8  0.0000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0280  helicase c2  24.96 
 
 		 683 aa  67.4  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0332575 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1536  DEAD_2 domain protein  22.41 
 
 		 537 aa  66.6  0.000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.849616  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2465  helicase c2  26.75 
 
 		 806 aa  66.6  0.000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2627  DEAD_2 domain protein  21.75 
 
 		 723 aa  65.1  0.000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.510755 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4120  ATP-dependent helicase, DinG family  29.2 
 
 		 714 aa  64.7  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2483  ATP-dependent DNA helicase DinG  27.85 
 
 		 690 aa  64.7  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204554 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3856  ATP-dependent DNA helicase DinG  29.2 
 
 		 714 aa  64.7  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.160495  normal  0.793215 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.67 
 
 		 930 aa  64.3  0.000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0323  helicase c2  24.92 
 
 		 699 aa  63.5  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000323796 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1197  helicase c2  28.85 
 
 		 661 aa  63.5  0.00000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000973223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1357  DEAD_2 domain-containing protein  21.98 
 
 		 575 aa  62.8  0.00000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0243831 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0134  DEAD_2 domain-containing protein  21.42 
 
 		 537 aa  62.4  0.00000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00117441 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50840  ATP-dependent DNA helicase DinG  27.36 
 
 		 714 aa  62  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00144938 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2097  helicase c2  25.37 
 
 		 644 aa  62  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0479006  normal  0.269462 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2515  helicase c2  31.58 
 
 		 917 aa  62  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2213  helicase c2  22.99 
 
 		 644 aa  62  0.00000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.23708 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2118  ATP-dependent DNA helicase DinG  24.08 
 
 		 707 aa  61.6  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.149773  hitchhiker  0.000000714427 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1427  ATP-dependent DNA helicase DinG  27.56 
 
 		 714 aa  61.6  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.152164  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>