More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2178 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2178  helicase c2  100 
 
 		 685 aa  1365    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3499  helicase c2  57.75 
 
 		 724 aa  726    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.285018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2877  helicase c2  58.89 
 
 		 658 aa  718    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.679539 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2005  putative ATP-dependent DNA helicase-related protein  57.74 
 
 		 666 aa  702    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.349435 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2316  helicase c2  66.32 
 
 		 670 aa  895    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2617  helicase c2  70.98 
 
 		 668 aa  902    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.203354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4486  helicase c2  62.1 
 
 		 714 aa  803    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.24845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3242  helicase c2  60.72 
 
 		 740 aa  759    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1863  helicase c2  67.4 
 
 		 668 aa  920    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.879395 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1900  helicase c2  51.98 
 
 		 688 aa  600  1e-170  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1828  helicase c2  51.68 
 
 		 688 aa  593  1e-168  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.147958  normal  0.434412 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1235  helicase c2  42.67 
 
 		 743 aa  497  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895293  normal  0.149585 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1342  helicase c2  42.15 
 
 		 754 aa  491  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1412  helicase c2  40.85 
 
 		 658 aa  489  1e-136  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.102914  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1921  helicase c2  42.04 
 
 		 725 aa  481  1e-134  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.782434  normal  0.028244 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1626  ATP-dependent DNA helicase-related protein  42.3 
 
 		 713 aa  481  1e-134  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1593  helicase c2  42.19 
 
 		 725 aa  481  1e-134  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.601772  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0411  helicase c2  41.68 
 
 		 646 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2524  helicase c2  40.53 
 
 		 755 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00188741  decreased coverage  0.000000000263353 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2251  ATP-dependent helicase, putative  40.3 
 
 		 755 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247338  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1612  putative ATP-dependent helicase  40.06 
 
 		 751 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00100383  normal  0.548735 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1403  helicase c2  43.51 
 
 		 757 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.127709  hitchhiker  0.000000348035 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1779  helicase c2:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  42.55 
 
 		 641 aa  462  1e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6284  helicase c2  39.66 
 
 		 749 aa  462  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.27054  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1795  helicase c2  39.66 
 
 		 749 aa  462  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1819  helicase c2  39.26 
 
 		 749 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.414686 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2527  helicase c2  42.49 
 
 		 653 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0816709  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2207  putative ATP-dependent helicase  40.58 
 
 		 749 aa  452  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0911  putative ATP-dependent helicase  38.62 
 
 		 651 aa  436  1e-121  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0997  helicase c2  41.62 
 
 		 643 aa  431  1e-119  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.179863 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1409  helicase c2  42.34 
 
 		 651 aa  431  1e-119  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2809  helicase c2  38.44 
 
 		 707 aa  431  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1575  putative ATP-dependent helicase  39.79 
 
 		 646 aa  431  1e-119  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.718112  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3886  ATP-dependent helicase  36.65 
 
 		 647 aa  428  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004095  DinG family ATP-dependent helicase YoaA  38.03 
 
 		 646 aa  427  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0733  ATP-dependent DNA helicase  38.15 
 
 		 640 aa  429  1e-118  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.982369  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01374  ATP-dependent helicase  37.73 
 
 		 644 aa  423  1e-117  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01131  ATP-dependent helicase  39.09 
 
 		 639 aa  422  1e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.625206  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1933  helicase c2  38.29 
 
 		 639 aa  419  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2228  helicase c2  38.5 
 
 		 639 aa  417  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.232993  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0648  helicase c2  38.46 
 
 		 668 aa  414  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1310  hypothetical protein  38.15 
 
 		 636 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.027986  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2022  hypothetical protein  38.6 
 
 		 636 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.6889  normal  0.891564 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1961  hypothetical protein  38.6 
 
 		 636 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.915388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2763  helicase c2  38.57 
 
 		 634 aa  407  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0359097  hitchhiker  0.00537714 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1965  hypothetical protein  38.6 
 
 		 636 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1156  helicase c2  41.36 
 
 		 649 aa  407  1.0000000000000001e-112  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1495  hypothetical protein  38.3 
 
 		 636 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1990  helicase c2  39.25 
 
 		 649 aa  408  1.0000000000000001e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2013  helicase c2  38.59 
 
 		 639 aa  408  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.479282  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01778  conserved protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain  38.39 
 
 		 636 aa  404  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.548012  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1380  hypothetical protein  38.39 
 
 		 636 aa  403  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.434814  normal  0.350106 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01766  hypothetical protein  38.39 
 
 		 636 aa  404  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.479225  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2128  helicase c2  38.15 
 
 		 634 aa  403  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1825  helicase c2  38.39 
 
 		 636 aa  404  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979985  normal  0.491186 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2034  hypothetical protein  38.39 
 
 		 636 aa  404  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2535  hypothetical protein  38.39 
 
 		 636 aa  404  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1896  hypothetical protein  38.39 
 
 		 636 aa  404  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1835  helicase c2  38.24 
 
 		 636 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00837342  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2017  hypothetical protein  38 
 
 		 634 aa  402  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.451998  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2068  hypothetical protein  38.24 
 
 		 636 aa  400  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1364  helicase c2  38.27 
 
 		 640 aa  402  9.999999999999999e-111  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2406  hypothetical protein  37.95 
 
 		 634 aa  399  9.999999999999999e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00282147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2517  ATP-dependent helicase, DEXD family  38.18 
 
 		 641 aa  396  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.764826  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1897  hypothetical protein  37.1 
 
 		 652 aa  396  1e-109  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2147  helicase c2  38.18 
 
 		 641 aa  396  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0303331  hitchhiker  0.00135971 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2378  helicase c2  38.2 
 
 		 636 aa  395  1e-108  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2455  helicase c2  36.39 
 
 		 641 aa  394  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1886  hypothetical protein  36.81 
 
 		 652 aa  392  1e-107  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1295  helicase c2  40.24 
 
 		 664 aa  390  1e-107  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1859  helicase c2  35.34 
 
 		 674 aa  389  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.347581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1269  helicase c2  34.53 
 
 		 636 aa  386  1e-106  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1805  helicase c2  35.68 
 
 		 659 aa  389  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2172  helicase c2  35.34 
 
 		 659 aa  388  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01597  ATP-dependent helicase  39.18 
 
 		 675 aa  385  1e-105  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1991  ATP-dependent helicase, putative  40.45 
 
 		 645 aa  384  1e-105  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2081  ATP-dependent helicase DinG  36.14 
 
 		 633 aa  385  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1727  helicase c2  34.36 
 
 		 641 aa  384  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1824  helicase c2  37.18 
 
 		 664 aa  384  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.678424  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2302  ATP-dependent helicase, DinG family protein  35.59 
 
 		 662 aa  385  1e-105  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.783815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1619  helicase c2  38.38 
 
 		 629 aa  382  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2424  helicase c2  35.62 
 
 		 669 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2413  helicase c2  35.62 
 
 		 669 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0561182  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1934  helicase c2  35.62 
 
 		 640 aa  378  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101214  normal  0.540234 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3093  helicase c2  37.83 
 
 		 681 aa  376  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.649657 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2532  helicase c2  35.47 
 
 		 640 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2535  helicase C2  35.84 
 
 		 645 aa  374  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.801549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2196  helicase c2  35.68 
 
 		 641 aa  374  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456377 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1940  ATP-dependent helicase DinG  38.61 
 
 		 665 aa  370  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.497186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0532  helicase c2  38.69 
 
 		 649 aa  365  1e-99  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2677  helicase c2  35.67 
 
 		 646 aa  361  2e-98  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.663694  normal  0.183253 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4478  helicase c2  37.69 
 
 		 633 aa  361  3e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.647625  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0636  helicase c2  36.98 
 
 		 660 aa  358  1.9999999999999998e-97  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2097  helicase c2  35.5 
 
 		 644 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0479006  normal  0.269462 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4323  helicase c2  37.48 
 
 		 631 aa  352  1e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4459  helicase c2  37.23 
 
 		 633 aa  348  2e-94  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157065  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1967  ATP-dependent helicase  36.99 
 
 		 675 aa  347  5e-94  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1901  helicase c2  36.99 
 
 		 675 aa  347  5e-94  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4468  helicase c2  36.32 
 
 		 635 aa  327  4.0000000000000003e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.261313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1106  helicase c2  30.85 
 
 		 636 aa  323  8e-87  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.243566 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>