More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2196 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_1824  helicase c2  63.89 
 
 
664 aa  865    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.678424  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2535  helicase C2  67.35 
 
 
645 aa  921    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.801549  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2081  ATP-dependent helicase DinG  63.33 
 
 
633 aa  849    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2196  helicase c2  100 
 
 
641 aa  1322    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00456377 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2424  helicase c2  65.31 
 
 
669 aa  884    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1619  helicase c2  60.03 
 
 
629 aa  780    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1805  helicase c2  62.48 
 
 
659 aa  850    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2172  helicase c2  62.95 
 
 
659 aa  854    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1727  helicase c2  59.22 
 
 
641 aa  786    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1934  helicase c2  65.46 
 
 
640 aa  884    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101214  normal  0.540234 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1859  helicase c2  62.95 
 
 
674 aa  852    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.347581  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2097  helicase c2  66.25 
 
 
644 aa  888    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0479006  normal  0.269462 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2455  helicase c2  66.41 
 
 
641 aa  910    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2413  helicase c2  65.46 
 
 
669 aa  885    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0561182  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1940  ATP-dependent helicase DinG  59.76 
 
 
665 aa  748    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.497186  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2532  helicase c2  65.15 
 
 
640 aa  880    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2809  helicase c2  44.71 
 
 
707 aa  561  1e-158  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2535  hypothetical protein  47.13 
 
 
636 aa  554  1e-156  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50615  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01778  conserved protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain  47.13 
 
 
636 aa  554  1e-156  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.548012  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1380  hypothetical protein  46.97 
 
 
636 aa  553  1e-156  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.434814  normal  0.350106 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1896  hypothetical protein  47.13 
 
 
636 aa  554  1e-156  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01766  hypothetical protein  47.13 
 
 
636 aa  554  1e-156  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.479225  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0911  putative ATP-dependent helicase  46.01 
 
 
651 aa  553  1e-156  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2013  helicase c2  46.11 
 
 
639 aa  554  1e-156  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.479282  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2034  hypothetical protein  47.13 
 
 
636 aa  554  1e-156  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1825  helicase c2  47.13 
 
 
636 aa  554  1e-156  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979985  normal  0.491186 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1835  helicase c2  46.97 
 
 
636 aa  550  1e-155  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00837342  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2068  hypothetical protein  46.97 
 
 
636 aa  551  1e-155  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3886  ATP-dependent helicase  44.63 
 
 
647 aa  551  1e-155  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1961  hypothetical protein  46.5 
 
 
636 aa  546  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.915388  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1310  hypothetical protein  46.5 
 
 
636 aa  545  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.027986  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01131  ATP-dependent helicase  45.14 
 
 
639 aa  547  1e-154  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.625206  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2022  hypothetical protein  46.5 
 
 
636 aa  547  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.6889  normal  0.891564 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1965  hypothetical protein  46.5 
 
 
636 aa  547  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1495  hypothetical protein  46.34 
 
 
636 aa  544  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1933  helicase c2  45.23 
 
 
639 aa  543  1e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2763  helicase c2  45.09 
 
 
634 aa  537  1e-151  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0359097  hitchhiker  0.00537714 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2228  helicase c2  45.23 
 
 
639 aa  537  1e-151  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.232993  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004095  DinG family ATP-dependent helicase YoaA  44.32 
 
 
646 aa  533  1e-150  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1990  helicase c2  45 
 
 
649 aa  533  1e-150  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2128  helicase c2  45.43 
 
 
634 aa  534  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2406  hypothetical protein  45.43 
 
 
634 aa  535  1e-150  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00282147  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2017  hypothetical protein  45.43 
 
 
634 aa  534  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.451998  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1575  putative ATP-dependent helicase  44.03 
 
 
646 aa  532  1e-150  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.718112  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01374  ATP-dependent helicase  44.08 
 
 
644 aa  529  1e-149  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2378  helicase c2  45.38 
 
 
636 aa  524  1e-147  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0733  ATP-dependent DNA helicase  43.01 
 
 
640 aa  522  1e-147  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.982369  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2302  ATP-dependent helicase, DinG family protein  42.13 
 
 
662 aa  516  1.0000000000000001e-145  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.783815  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0411  helicase c2  41.52 
 
 
646 aa  489  1e-137  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1409  helicase c2  42.22 
 
 
651 aa  487  1e-136  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1364  helicase c2  40.47 
 
 
640 aa  473  1e-132  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1626  ATP-dependent DNA helicase-related protein  39.44 
 
 
713 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2147  helicase c2  41.84 
 
 
641 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0303331  hitchhiker  0.00135971 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2517  ATP-dependent helicase, DEXD family  41.84 
 
 
641 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.764826  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1991  ATP-dependent helicase, putative  40.53 
 
 
645 aa  458  1e-127  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1593  helicase c2  38.82 
 
 
725 aa  456  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.601772  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1921  helicase c2  38.82 
 
 
725 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.782434  normal  0.028244 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1412  helicase c2  39.55 
 
 
658 aa  455  1.0000000000000001e-126  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.102914  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0648  helicase c2  37.99 
 
 
668 aa  450  1e-125  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1897  hypothetical protein  39.69 
 
 
652 aa  446  1.0000000000000001e-124  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1886  hypothetical protein  40.03 
 
 
652 aa  447  1.0000000000000001e-124  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2524  helicase c2  36.93 
 
 
755 aa  436  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00188741  decreased coverage  0.000000000263353 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0997  helicase c2  39.51 
 
 
643 aa  435  1e-120  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.179863 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2251  ATP-dependent helicase, putative  40.19 
 
 
755 aa  430  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247338  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1612  putative ATP-dependent helicase  36.69 
 
 
751 aa  431  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00100383  normal  0.548735 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1295  helicase c2  39.97 
 
 
664 aa  430  1e-119  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2207  putative ATP-dependent helicase  40.56 
 
 
749 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1779  helicase c2:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  38.57 
 
 
641 aa  427  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2336  ATP-dependent helicase, putative  39.91 
 
 
752 aa  426  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1403  helicase c2  39 
 
 
757 aa  427  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.127709  hitchhiker  0.000000348035 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1086  putative ATP-dependent helicase  39.91 
 
 
752 aa  425  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00956322  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1326  ATP-dependent helicase, putative  39.91 
 
 
752 aa  425  1e-117  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0729389  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0081  putative ATP-dependent helicase  39.91 
 
 
752 aa  425  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.892999  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2170  putative ATP-dependent helicase  40.06 
 
 
752 aa  425  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.779886  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1815  putative ATP-dependent helicase  39.91 
 
 
752 aa  425  1e-117  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1156  helicase c2  39.78 
 
 
649 aa  420  1e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2527  helicase c2  37.31 
 
 
653 aa  418  9.999999999999999e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0816709  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01597  ATP-dependent helicase  38.11 
 
 
675 aa  416  9.999999999999999e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1901  helicase c2  37.89 
 
 
675 aa  409  1.0000000000000001e-112  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1967  ATP-dependent helicase  37.89 
 
 
675 aa  409  1.0000000000000001e-112  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1269  helicase c2  35.32 
 
 
636 aa  399  9.999999999999999e-111  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2316  helicase c2  37.22 
 
 
670 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2877  helicase c2  36.82 
 
 
658 aa  396  1e-109  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.679539 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0636  helicase c2  37.19 
 
 
660 aa  395  1e-109  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0532  helicase c2  37.5 
 
 
649 aa  394  1e-108  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3093  helicase c2  35.71 
 
 
681 aa  394  1e-108  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.649657 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1863  helicase c2  36.87 
 
 
668 aa  392  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.879395 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2617  helicase c2  36.61 
 
 
668 aa  381  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.203354  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3499  helicase c2  36.86 
 
 
724 aa  378  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.285018  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2005  putative ATP-dependent DNA helicase-related protein  37.82 
 
 
666 aa  377  1e-103  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.349435 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4634  helicase c2  36.31 
 
 
674 aa  372  1e-102  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2178  helicase c2  35.68 
 
 
685 aa  374  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2677  helicase c2  34.52 
 
 
646 aa  371  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.663694  normal  0.183253 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4478  helicase c2  34.65 
 
 
633 aa  319  1e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.647625  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4323  helicase c2  35.31 
 
 
631 aa  317  6e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4459  helicase c2  34.84 
 
 
633 aa  314  2.9999999999999996e-84  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157065  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0023  Rad3-related DNA helicases  32.81 
 
 
851 aa  312  2e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000466591  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  32.99 
 
 
929 aa  311  2.9999999999999997e-83  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3167  helicase c2  32.24 
 
 
876 aa  310  5.9999999999999995e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000644587  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4122  helicase c2  31.08 
 
 
843 aa  301  2e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000977416  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>