More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3109 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_1511  TonB-dependent receptor  59.15 
 
 		 772 aa  859    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3109  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 745 aa  1552    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.87493 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5685  TonB-dependent receptor  49.54 
 
 		 773 aa  620  1e-176  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0785655  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1678  TonB-dependent receptor  43.09 
 
 		 751 aa  580  1e-164  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0201195  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1451  TonB-dependent receptor  41.5 
 
 		 668 aa  513  1e-144  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0121  TonB-dependent receptor plug  27.84 
 
 		 760 aa  227  5.0000000000000005e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3052  TonB-dependent receptor plug  25.03 
 
 		 753 aa  207  8e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0464  TonB-dependent receptor plug  24.9 
 
 		 748 aa  201  6e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0928  TonB-dependent receptor, plug  23.57 
 
 		 750 aa  197  7e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.228004  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0707  TonB-dependent receptor, putative  21.01 
 
 		 848 aa  114  8.000000000000001e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000125429 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1905  TonB-dependent receptor  21.96 
 
 		 713 aa  109  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.86655  normal  0.425592 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6730  TonB-dependent receptor  23.32 
 
 		 733 aa  109  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.23656 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0766  TonB-dependent receptor  23.51 
 
 		 763 aa  109  2e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0590392  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4555  TonB-dependent receptor  26.6 
 
 		 734 aa  98.6  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000444386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0203  TonB-dependent receptor, plug  23.96 
 
 		 700 aa  97.4  9e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.583502  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2172  TonB-dependent receptor, plug  23.75 
 
 		 687 aa  95.1  4e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2008  TonB-dependent receptor, putative  23.79 
 
 		 833 aa  93.6  1e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0569  TonB-dependent receptor  23.14 
 
 		 778 aa  91.7  5e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.147079 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2818  TonB-dependent receptor, plug  24.81 
 
 		 691 aa  88.2  5e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6129  TonB-dependent receptor plug  21.36 
 
 		 721 aa  85.9  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3092  TonB-dependent receptor, plug  20.08 
 
 		 726 aa  72.4  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  22.67 
 
 		 634 aa  72.4  0.00000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0274  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 		 1083 aa  72  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.302704 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  28.77 
 
 		 640 aa  70.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0736  TonB-dependent receptor, plug  25.71 
 
 		 942 aa  68.6  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.877946  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1006  TonB-dependent receptor plug  31.54 
 
 		 1038 aa  68.6  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0320899  normal  0.449755 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2289  TonB-dependent receptor plug  22.37 
 
 		 719 aa  68.2  0.0000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.652188 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1121  TonB-dependent receptor plug  40.91 
 
 		 1003 aa  68.2  0.0000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2516  TonB-dependent receptor plug  27.03 
 
 		 772 aa  67.8  0.0000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.839663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0613  TonB-dependent receptor plug  30.38 
 
 		 1059 aa  66.6  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6723  TonB-dependent receptor  21.05 
 
 		 1128 aa  66.2  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1487  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 		 958 aa  65.9  0.000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1769  TonB-dependent receptor plug  27.5 
 
 		 1085 aa  64.3  0.000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3040  TonB-dependent receptor plug  26.67 
 
 		 1107 aa  64.3  0.000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0955373 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01565  putative TonB-dependent receptor  25.94 
 
 		 874 aa  63.9  0.00000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0773704  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2077  TonB-dependent receptor  31.32 
 
 		 1008 aa  62.8  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4946  TonB-dependent receptor plug  26.71 
 
 		 1077 aa  62.8  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1826  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 661 aa  62.4  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0922924  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1428  TonB-dependent receptor plug  25 
 
 		 791 aa  62  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000022223  normal  0.0329458 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3258  TonB-dependent receptor plug  34.06 
 
 		 1099 aa  61.6  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.363911  normal  0.0250929 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6529  TonB-dependent receptor plug  35.78 
 
 		 1075 aa  61.6  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4225  TonB-dependent receptor plug  27.8 
 
 		 1041 aa  61.6  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.501222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7182  TonB-dependent receptor plug  29.87 
 
 		 1186 aa  61.2  0.00000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.893491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  29.21 
 
 		 613 aa  61.2  0.00000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2844  TonB-dependent receptor plug  28.64 
 
 		 1049 aa  61.2  0.00000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0308966 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2652  TonB-dependent receptor plug  27.95 
 
 		 1040 aa  60.8  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0446774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2991  TonB-dependent receptor plug  26.57 
 
 		 1082 aa  60.1  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.40723  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2137  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 		 1050 aa  60.5  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.341252 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0300  TonB-dependent receptor plug  26.67 
 
 		 1079 aa  60.5  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.11238 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1861  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 653 aa  59.7  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0473101  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5674  TonB-dependent receptor plug  28.99 
 
 		 1038 aa  59.3  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167608  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5287  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 		 933 aa  60.1  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.284266 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2219  TonB-dependent receptor plug  23.31 
 
 		 1106 aa  59.7  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.136302 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3000  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 854 aa  59.7  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.249213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0259  TonB-linked outer membrane receptor  24.78 
 
 		 782 aa  58.9  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2533  TonB-dependent receptor plug  29.78 
 
 		 1103 aa  58.9  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.225458  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1012  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 		 994 aa  58.9  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.467602 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2171  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 649 aa  58.5  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2226  TonB-dependent receptor plug  28.35 
 
 		 1117 aa  58.5  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.377553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1070  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 991 aa  58.5  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0628  TonB-dependent receptor plug  26.56 
 
 		 975 aa  58.5  0.0000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0798  hypothetical protein  27.52 
 
 		 720 aa  58.5  0.0000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1806  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 649 aa  58.5  0.0000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2412  TonB-dependent receptor  23.43 
 
 		 662 aa  58.5  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.115111  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1380  TonB-dependent receptor plug  27.74 
 
 		 1192 aa  58.5  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000706938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4760  TonB-dependent receptor plug  27.89 
 
 		 1100 aa  57.8  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2721  TonB-dependent receptor plug  33.33 
 
 		 1072 aa  57.8  0.0000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1088  TonB-dependent receptor  20.76 
 
 		 679 aa  57.8  0.0000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1128  TonB-dependent receptor plug  26.24 
 
 		 1004 aa  57.8  0.0000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.979284  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3318  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 720 aa  57.4  0.0000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000715438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2423  TonB-dependent receptor  23.43 
 
 		 662 aa  57.4  0.0000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.075703  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3191  TonB-dependent receptor  27.52 
 
 		 720 aa  57.4  0.0000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0126534  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4234  TonB-dependent receptor, plug  32.64 
 
 		 1047 aa  57.4  0.0000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4801  TonB-dependent receptor plug  30.86 
 
 		 1074 aa  56.6  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0635  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 720 aa  57  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00167095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0821  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 		 929 aa  57  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2729  TonB-dependent receptor plug  35.96 
 
 		 999 aa  57.4  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0287081 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3179  TonB-dependent receptor, plug  23.47 
 
 		 788 aa  57.4  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2531  TonB-dependent receptor  23.43 
 
 		 680 aa  57.4  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.276329 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 		 828 aa  57.4  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2785  TonB-dependent siderophore receptor  24.69 
 
 		 786 aa  57  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00424821  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5669  TonB-dependent receptor plug  39.62 
 
 		 789 aa  57.4  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4736  TonB-dependent receptor plug  25.93 
 
 		 1046 aa  57.4  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.399087 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0679  TonB-dependent receptor plug  33.63 
 
 		 1148 aa  57  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0517707  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0277  TonB-dependent receptor plug  28.99 
 
 		 1096 aa  56.2  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.97163  normal  0.971813 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3755  tonB-linked outer membrane receptor P92  23.93 
 
 		 799 aa  56.6  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1702  TonB-dependent receptor plug  30.56 
 
 		 1016 aa  56.2  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.784403 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01505  putative TonB-dependent transmembrane receptor protein  24.66 
 
 		 803 aa  56.2  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1023  TonB-dependent receptor plug  26.72 
 
 		 769 aa  56.2  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.302797  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1281  TonB-dependent receptor plug  28.72 
 
 		 1152 aa  56.2  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0225652  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3036  TonB-dependent receptor plug  28.87 
 
 		 1033 aa  56.2  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000276569  normal  0.556141 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2292  TonB-dependent receptor plug  28.51 
 
 		 1023 aa  56.6  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1342  TonB-dependent receptor plug  25.87 
 
 		 1047 aa  56.2  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00542277  normal  0.165874 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1766  TonB-dependent receptor plug  24.87 
 
 		 1116 aa  55.8  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0232965  normal  0.0564534 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3978  TonB-dependent receptor plug  33.91 
 
 		 1059 aa  55.5  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00000935862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2043  TonB-dependent receptor, plug  28.57 
 
 		 1028 aa  55.5  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.495836  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2028  TonB family protein  27.45 
 
 		 960 aa  55.8  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.38309 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4194  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 1000 aa  55.8  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.173861  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1935  TonB-dependent receptor  23.43 
 
 		 662 aa  55.8  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00717608  normal  0.914131 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06835  putative TonB-dependent outer membrane receptor protein  24.68 
 
 		 914 aa  55.8  0.000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.954861  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>