More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2818 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2172  TonB-dependent receptor, plug  82.66 
 
 		 687 aa  1170    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0203  TonB-dependent receptor, plug  72.83 
 
 		 700 aa  1057    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.583502  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2818  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 691 aa  1411    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6129  TonB-dependent receptor plug  33.13 
 
 		 721 aa  280  5e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3092  TonB-dependent receptor, plug  32.71 
 
 		 726 aa  272  1e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6730  TonB-dependent receptor  29.25 
 
 		 733 aa  250  7e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.23656 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4555  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 		 734 aa  229  1e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000444386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  25.16 
 
 		 640 aa  143  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  28.06 
 
 		 639 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 		 634 aa  130  5.0000000000000004e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0249  TonB-dependent receptor  27.87 
 
 		 688 aa  121  4.9999999999999996e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2289  TonB-dependent receptor plug  24.06 
 
 		 719 aa  121  4.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.652188 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0766  TonB-dependent receptor  23.19 
 
 		 763 aa  119  1.9999999999999998e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0590392  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0558  TonB-dependent receptor  24.01 
 
 		 657 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2008  TonB-dependent receptor, putative  27.84 
 
 		 833 aa  114  7.000000000000001e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0460  TonB-dependent receptor  23.71 
 
 		 648 aa  114  9e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1806  TonB-dependent receptor  25.91 
 
 		 649 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2423  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 662 aa  112  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.075703  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0121  TonB-dependent receptor plug  21.88 
 
 		 760 aa  111  4.0000000000000004e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1797  TonB-dependent receptor plug  23.31 
 
 		 647 aa  111  4.0000000000000004e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1935  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 662 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00717608  normal  0.914131 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2412  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 662 aa  110  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.115111  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2531  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 		 680 aa  110  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.276329 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1861  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 653 aa  108  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0473101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2171  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 		 649 aa  108  5e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0928  TonB-dependent receptor, plug  24.78 
 
 		 750 aa  106  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.228004  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6535  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 		 694 aa  105  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.822423  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1905  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 713 aa  104  5e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.86655  normal  0.425592 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3535  TonB-dependent receptor  23.71 
 
 		 681 aa  103  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0852  TonB-dependent outer membrane receptor for Fe3+/colicin I  24.44 
 
 		 633 aa  101  4e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000258389  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  25.49 
 
 		 627 aa  101  4e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3815  TonB-dependent receptor  24.26 
 
 		 658 aa  100  7e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3738  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 665 aa  100  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430842  normal  0.0543439 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  23.42 
 
 		 653 aa  99.4  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  22.96 
 
 		 680 aa  98.2  5e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3052  TonB-dependent receptor plug  24.83 
 
 		 753 aa  97.1  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2030  TonB-dependent receptor, plug  24.96 
 
 		 668 aa  94.7  5e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1552  TonB-dependent receptor HmuR  25.36 
 
 		 646 aa  93.6  1e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1237  TonB-dependent receptor  35.14 
 
 		 736 aa  93.2  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1088  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 		 679 aa  92.8  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5052  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 		 726 aa  92  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0923716  normal  0.422268 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7217  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 		 707 aa  92.4  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0707  TonB-dependent receptor, putative  28.29 
 
 		 848 aa  91.7  4e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000125429 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0464  TonB-dependent receptor plug  22.83 
 
 		 748 aa  90.5  9e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1506  TonB-dependent receptor  23.43 
 
 		 707 aa  90.1  1e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01120  iron-regulated outer membrane virulence protein  23.69 
 
 		 572 aa  89.4  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0784  TonB-dependent siderophore receptor, putative  22.78 
 
 		 656 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6723  TonB-dependent receptor  23.38 
 
 		 1128 aa  89.4  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3364  putative TonB-dependent receptor  23.47 
 
 		 635 aa  89  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.346597  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0806  TonB-dependent receptor  22.49 
 
 		 743 aa  88.6  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3109  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 		 745 aa  88.2  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.87493 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3636  TonB-dependent receptor  32.82 
 
 		 804 aa  87  9e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000134979  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0569  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 		 778 aa  87  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.147079 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  22.55 
 
 		 611 aa  86.3  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3318  TonB-dependent receptor  24.73 
 
 		 720 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000715438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3795  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 740 aa  85.5  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.837422  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3294  TonB-dependent receptor, plug  23.19 
 
 		 676 aa  85.1  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1631  TonB-dependent receptor, plug  23.7 
 
 		 739 aa  84.7  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  29.8 
 
 		 661 aa  83.6  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1266  TonB-dependent receptor  32.67 
 
 		 679 aa  83.6  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0152296  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3191  TonB-dependent receptor  28.64 
 
 		 720 aa  81.3  0.00000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0126534  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  21.73 
 
 		 628 aa  80.9  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1691  TonB-dependent receptor, plug  30.37 
 
 		 732 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524758  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1451  TonB-dependent receptor  22.32 
 
 		 668 aa  80.5  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  24 
 
 		 597 aa  80.5  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  24.14 
 
 		 634 aa  79.7  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5685  TonB-dependent receptor  22.27 
 
 		 773 aa  79  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0785655  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  23.66 
 
 		 655 aa  79  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002470  TonB-dependent receptor  21.81 
 
 		 652 aa  78.6  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.337593  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0798  hypothetical protein  28.12 
 
 		 720 aa  78.2  0.0000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01534  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  27.27 
 
 		 647 aa  78.2  0.0000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3675  TonB-dependent receptor  34.75 
 
 		 737 aa  78.2  0.0000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0831004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  32.33 
 
 		 613 aa  77.8  0.0000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  28.12 
 
 		 641 aa  77.4  0.0000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  28.12 
 
 		 659 aa  77  0.0000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  28.12 
 
 		 663 aa  77  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  28.12 
 
 		 663 aa  77  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  28.12 
 
 		 663 aa  77  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  28.12 
 
 		 663 aa  77  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  28.12 
 
 		 663 aa  77  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  28.12 
 
 		 663 aa  77  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1541  putative outer membrane receptor  22.48 
 
 		 665 aa  75.9  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4029  TonB-dependent receptor  34.31 
 
 		 719 aa  76.3  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2885  histidine kinase  29.8 
 
 		 704 aa  76.3  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000018886  decreased coverage  0.000177766 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2666  putative outer membrane receptor  22.48 
 
 		 665 aa  75.9  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1826  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 661 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0922924  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2046  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 		 713 aa  75.5  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183904 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1110  TonB-dependent receptor  23 
 
 		 625 aa  75.1  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000459108  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1511  TonB-dependent receptor  22.3 
 
 		 772 aa  75.1  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2748  putative outer membrane receptor  22.82 
 
 		 665 aa  75.1  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0635  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 720 aa  74.7  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00167095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4114  TonB-dependent receptor  23.27 
 
 		 703 aa  74.7  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0028  enterobactin receptor protein  23.21 
 
 		 652 aa  74.3  0.000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000507235  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0847  ferric receptor CfrA  29.56 
 
 		 696 aa  73.9  0.000000000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  31.58 
 
 		 620 aa  73.6  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1678  TonB-dependent receptor  23.24 
 
 		 751 aa  73.9  0.00000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0201195  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1561  TonB-dependent receptor plug  34.62 
 
 		 681 aa  73.6  0.00000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000105774  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1261  ferric receptor CfrA  28.93 
 
 		 702 aa  73.6  0.00000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 619 aa  73.2  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2341  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 		 764 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>