More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6129 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_3092  TonB-dependent receptor, plug  61.79 
 
 		 726 aa  915    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6129  TonB-dependent receptor plug  100 
 
 		 721 aa  1484    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4555  TonB-dependent receptor  35.13 
 
 		 734 aa  415  1e-114  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000444386  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6730  TonB-dependent receptor  33.65 
 
 		 733 aa  398  1e-109  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.23656 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0203  TonB-dependent receptor, plug  31.45 
 
 		 700 aa  286  1.0000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.583502  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2818  TonB-dependent receptor, plug  32.76 
 
 		 691 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2172  TonB-dependent receptor, plug  31.83 
 
 		 687 aa  277  6e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0928  TonB-dependent receptor, plug  25.96 
 
 		 750 aa  143  9.999999999999999e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.228004  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0766  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 		 763 aa  133  1.0000000000000001e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0590392  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3052  TonB-dependent receptor plug  24.89 
 
 		 753 aa  131  4.0000000000000003e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0464  TonB-dependent receptor plug  24.5 
 
 		 748 aa  127  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0569  TonB-dependent receptor  23.89 
 
 		 778 aa  121  6e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.147079 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0121  TonB-dependent receptor plug  23.69 
 
 		 760 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2289  TonB-dependent receptor plug  24.4 
 
 		 719 aa  114  5e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.652188 
 
 
-
 
NC_002950  PG0707  TonB-dependent receptor, putative  26.74 
 
 		 848 aa  108  5e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000125429 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6535  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 694 aa  105  4e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.822423  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  24.7 
 
 		 639 aa  99.8  2e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2008  TonB-dependent receptor, putative  24.04 
 
 		 833 aa  96.3  2e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0249  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 		 688 aa  96.3  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2239  TonB-dependent siderophore receptor  26.33 
 
 		 789 aa  95.1  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.609704 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1797  TonB-dependent receptor plug  23.35 
 
 		 647 aa  92  4e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 634 aa  92  4e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3109  TonB-dependent receptor  21.63 
 
 		 745 aa  90.5  9e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.87493 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1088  TonB-dependent receptor  22.94 
 
 		 679 aa  88.2  5e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1486  TonB-dependent receptor, plug  22.43 
 
 		 677 aa  87.8  6e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.243313  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1511  TonB-dependent receptor  22.68 
 
 		 772 aa  86.7  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1453  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 798 aa  87  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.545362  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1428  TonB-dependent receptor plug  27.2 
 
 		 791 aa  85.9  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000022223  normal  0.0329458 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0821  TonB-dependent receptor  28.94 
 
 		 929 aa  85.1  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1451  TonB-dependent receptor  23.34 
 
 		 668 aa  84.3  0.000000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3179  TonB-dependent receptor, plug  26.36 
 
 		 788 aa  83.6  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5685  TonB-dependent receptor  22.9 
 
 		 773 aa  83.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0785655  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  27.16 
 
 		 757 aa  84  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0558  TonB-dependent receptor plug  25.73 
 
 		 817 aa  82.8  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000000727933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0763  TonB-dependent receptor plug  27.98 
 
 		 783 aa  83.2  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.945699  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1678  TonB-dependent receptor  20.46 
 
 		 751 aa  82.8  0.00000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0201195  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1023  TonB-dependent receptor plug  28.64 
 
 		 769 aa  82.4  0.00000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.302797  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5346  TonB-dependent receptor plug  26.63 
 
 		 763 aa  82  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0474  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 873 aa  79.7  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0028  enterobactin receptor protein  22.24 
 
 		 652 aa  79.7  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000507235  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1572  TonB-dependent receptor  24.78 
 
 		 780 aa  79  0.0000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0693034  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2496  TonB-dependent siderophore receptor  27.11 
 
 		 785 aa  79  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4281  hypothetical protein  24.64 
 
 		 700 aa  78.2  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0492  TonB-dependent receptor  28.28 
 
 		 762 aa  78.2  0.0000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_002950  PG0668  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 757 aa  77.8  0.0000000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.217902 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0120  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 		 833 aa  77.8  0.0000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1005  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 699 aa  77.4  0.0000000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.828736  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  23.27 
 
 		 680 aa  77.4  0.0000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3795  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 740 aa  77.4  0.0000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.837422  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002470  TonB-dependent receptor  23.43 
 
 		 652 aa  75.9  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.337593  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3675  TonB-dependent receptor  31.51 
 
 		 737 aa  76.3  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0831004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7217  TonB-dependent receptor  23.01 
 
 		 707 aa  75.9  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1314  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 		 735 aa  75.9  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3310  TonB-dependent receptor  28.99 
 
 		 971 aa  75.9  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.183606 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2204  TonB-dependent receptor  24.12 
 
 		 845 aa  75.1  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.316106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5579  TonB-dependent siderophore receptor  25.37 
 
 		 812 aa  75.1  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.761851 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  21.93 
 
 		 640 aa  75.1  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1095  TonB-dependent receptor plug  24.66 
 
 		 747 aa  74.7  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.189088  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1274  TonB-dependent receptor plug  26.38 
 
 		 861 aa  74.7  0.000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4474  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 855 aa  74.3  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.18025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0635  TonB-dependent receptor  20.59 
 
 		 720 aa  73.9  0.000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00167095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2140  ferrichrome receptor precursor protein  30 
 
 		 740 aa  73.2  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.262117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5052  TonB-dependent receptor  23.73 
 
 		 726 aa  73.9  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0923716  normal  0.422268 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1559  TonB-dependent receptor plug  27.59 
 
 		 706 aa  73.6  0.00000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000264695  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2077  TonB-dependent receptor  29.45 
 
 		 742 aa  73.9  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2341  TonB-dependent receptor  30.36 
 
 		 764 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6723  TonB-dependent receptor  21.12 
 
 		 1128 aa  73.6  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0710  TonB-dependent siderophore receptor  28.22 
 
 		 726 aa  73.2  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  28.95 
 
 		 613 aa  73.2  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3318  TonB-dependent receptor  20.38 
 
 		 720 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000715438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1260  TonB-dependent receptor  22.22 
 
 		 866 aa  72.8  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0194  TonB-dependent siderophore receptor  28.22 
 
 		 726 aa  73.2  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0233266 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 		 836 aa  72  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 828 aa  72.4  0.00000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 626 aa  72  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3755  tonB-linked outer membrane receptor P92  20 
 
 		 799 aa  72  0.00000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2046  TonB-dependent receptor  23.49 
 
 		 713 aa  72.4  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183904 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2472  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 1004 aa  72  0.00000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0852  TonB-dependent outer membrane receptor for Fe3+/colicin I  30.83 
 
 		 633 aa  71.6  0.00000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000258389  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5117  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 801 aa  72  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.820743 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0778  TonB-dependent receptor  30.13 
 
 		 742 aa  71.6  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1968  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 828 aa  71.2  0.00000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0782  TonB-dependent siderophore receptor  28.22 
 
 		 726 aa  70.9  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1237  TonB-dependent receptor  30.71 
 
 		 736 aa  70.9  0.00000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 626 aa  70.9  0.00000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2516  TonB-dependent receptor plug  25 
 
 		 772 aa  71.2  0.00000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.839663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3191  TonB-dependent receptor  20.17 
 
 		 720 aa  70.9  0.00000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0126534  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0256  ferric siderophore receptor  26.79 
 
 		 807 aa  70.5  0.00000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.027165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5287  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 933 aa  70.5  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.284266 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3815  TonB-dependent receptor  23.95 
 
 		 658 aa  70.5  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1561  TonB-dependent receptor plug  27.04 
 
 		 681 aa  69.3  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000105774  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2553  TonB-dependent receptor plug  27.63 
 
 		 775 aa  69.3  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.826043  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  29.23 
 
 		 614 aa  69.3  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01534  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  25 
 
 		 647 aa  69.7  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0798  hypothetical protein  20.83 
 
 		 720 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05789  hypothetical protein  31.4 
 
 		 712 aa  69.3  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1905  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 713 aa  68.9  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.86655  normal  0.425592 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4269  TonB-dependent receptor, plug  23.76 
 
 		 797 aa  68.9  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0176  TonB-dependent receptor  28.44 
 
 		 763 aa  68.9  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3294  TonB-dependent receptor, plug  21.81 
 
 		 676 aa  69.3  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>