213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0565 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0565  RagB/SusD domain protein  100 
 
 		 513 aa  1063    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110702  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4222  RagB/SusD domain protein  51.19 
 
 		 515 aa  457  1e-127  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.710701  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5061  RagB/SusD domain protein  42.23 
 
 		 529 aa  355  1e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.982788  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1761  RagB/SusD domain protein  34.32 
 
 		 539 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.559477  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5058  RagB/SusD domain protein  32.71 
 
 		 493 aa  207  4e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.135976 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5704  RagB/SusD domain protein  33.22 
 
 		 564 aa  191  2e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0518838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4328  RagB/SusD domain-containing protein  31.4 
 
 		 504 aa  166  1.0000000000000001e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0022  RagB/SusD domain protein  32.23 
 
 		 562 aa  165  2.0000000000000002e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.201745  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5202  RagB/SusD domain protein  26.83 
 
 		 587 aa  163  8.000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.000000106689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1212  RagB/SusD domain-containing protein  29.14 
 
 		 502 aa  162  2e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.571968  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1439  RagB/SusD domain protein  29.76 
 
 		 527 aa  160  3e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.271044 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1221  RagB/SusD domain protein  29.15 
 
 		 539 aa  157  6e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.711813 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2765  RagB/SusD domain protein  29.21 
 
 		 542 aa  154  5e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3126  RagB/SusD domain-containing protein  28.04 
 
 		 537 aa  153  5.9999999999999996e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000466942  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4168  hypothetical protein  27.23 
 
 		 588 aa  153  8.999999999999999e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.13249  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7233  RagB/SusD domain protein  29 
 
 		 538 aa  145  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000822173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0639  RagB/SusD domain protein  27.68 
 
 		 537 aa  144  4e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.219996 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5091  RagB/SusD domain protein  28.55 
 
 		 530 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0871093  normal  0.523706 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0629  RagB/SusD domain protein  28.08 
 
 		 540 aa  116  1.0000000000000001e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.953445  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1406  RagB/SusD domain-containing protein  28.02 
 
 		 534 aa  114  4.0000000000000004e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0224524  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05060  hypothetical protein  27.4 
 
 		 519 aa  114  5e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.301626  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6167  RagB/SusD domain protein  26.53 
 
 		 530 aa  110  7.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00835127 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2446  RagB/SusD domain protein  25.86 
 
 		 538 aa  109  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7176  RagB/SusD domain protein  25.66 
 
 		 543 aa  103  8e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5420  RagB/SusD domain protein  24.41 
 
 		 575 aa  96.7  9e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.458179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0561  RagB/SusD domain protein  25.5 
 
 		 577 aa  96.3  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0183863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1481  RagB/SusD domain protein  26.02 
 
 		 499 aa  91.7  3e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.476602  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2846  RagB/SusD domain protein  25.82 
 
 		 487 aa  91.3  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000771194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0810  RagB/SusD domain protein  27.36 
 
 		 499 aa  87  7e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00428067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2432  RagB/SusD domain-containing protein  27.38 
 
 		 499 aa  86.3  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.199141  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4417  RagB/SusD domain protein  23.72 
 
 		 578 aa  84  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000899968  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2208  RagB/SusD domain protein  27.67 
 
 		 531 aa  83.6  0.000000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.721066  normal  0.400828 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2413  RagB/SusD domain protein  26.65 
 
 		 480 aa  82.8  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  25.73 
 
 		 494 aa  81.3  0.00000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1564  RagB/SusD domain protein  24.65 
 
 		 484 aa  80.1  0.00000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  27.21 
 
 		 477 aa  80.1  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  27.11 
 
 		 483 aa  78.2  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5654  RagB/SusD domain protein  27.34 
 
 		 511 aa  77.8  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.576188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4455  RagB/SusD domain protein  26.87 
 
 		 506 aa  77  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000846539  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4233  RagB/SusD domain-containing protein  29.12 
 
 		 511 aa  76.3  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  26.01 
 
 		 476 aa  76.3  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2282  RagB/SusD domain protein  23.58 
 
 		 540 aa  76.6  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00108991 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2653  RagB/SusD domain protein  26.89 
 
 		 572 aa  76.6  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5600  RagB/SusD domain protein  25.84 
 
 		 488 aa  75.9  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.635453 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4848  RagB/SusD domain protein  25.87 
 
 		 523 aa  75.5  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.101496  hitchhiker  0.00561902 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0680  RagB/SusD domain protein  24.69 
 
 		 477 aa  75.1  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1344  RagB/SusD domain protein  25.54 
 
 		 557 aa  73.6  0.000000000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.11655  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1499  RagB/SusD domain protein  22.51 
 
 		 519 aa  71.6  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5331  RagB/SusD domain protein  27.12 
 
 		 541 aa  71.2  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0214505  normal  0.577233 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0322  RagB/SusD domain protein  26.01 
 
 		 534 aa  70.5  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0946991  normal  0.209656 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4646  RagB/SusD domain-containing protein  24.05 
 
 		 490 aa  70.1  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.600007  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6530  RagB/SusD domain protein  26.72 
 
 		 521 aa  70.1  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0781  RagB/SusD domain-containing protein  24.05 
 
 		 531 aa  68.2  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4950  RagB/SusD domain-containing protein  26.34 
 
 		 532 aa  68.6  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  unclonable  0.000000000321491  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  27.34 
 
 		 479 aa  68.2  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2232  RagB/SusD domain protein  25.6 
 
 		 486 aa  68.6  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  38.35 
 
 		 481 aa  68.6  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2225  RagB/SusD domain protein  34.04 
 
 		 491 aa  67.8  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  25.99 
 
 		 494 aa  67.8  0.0000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1498  RagB/SusD domain protein  25.52 
 
 		 533 aa  67.4  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.855332  normal  0.354121 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3124  RagB/SusD domain protein  23.71 
 
 		 488 aa  67  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.115801  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11493  putative outer membrane protein  26.55 
 
 		 476 aa  67  0.0000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.494565  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5647  RagB/SusD domain protein  23.78 
 
 		 520 aa  66.2  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.688927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1129  RagB/SusD domain protein  26.85 
 
 		 493 aa  66.6  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.259882  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0998  RagB/SusD domain protein  23.78 
 
 		 544 aa  66.2  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5314  RagB/SusD domain protein  25.06 
 
 		 486 aa  65.1  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000248679  normal  0.692044 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  26.16 
 
 		 499 aa  64.7  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2301  RagB/SusD domain protein  23.6 
 
 		 565 aa  64.7  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4207  RagB/SusD domain protein  34.4 
 
 		 451 aa  63.9  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3391  RagB/SusD domain protein  40.16 
 
 		 507 aa  63.9  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540028  normal  0.274912 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3595  RagB/SusD domain protein  22.58 
 
 		 527 aa  63.5  0.000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.237544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0713  RagB/SusD domain protein  24.32 
 
 		 491 aa  63.2  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.10796  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  23.14 
 
 		 478 aa  63.2  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4783  RagB/SusD domain protein  24.78 
 
 		 548 aa  62.4  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4950  RagB/SusD domain protein  23.43 
 
 		 592 aa  62.4  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0441936  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4718  RagB/SusD domain protein  21.7 
 
 		 499 aa  61.6  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4105  RagB/SusD domain protein  24.52 
 
 		 551 aa  61.6  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1724  RagB/SusD domain protein  25.15 
 
 		 491 aa  61.2  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0869  RagB/SusD domain protein  24.4 
 
 		 503 aa  61.2  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0508495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0453  RagB/SusD domain protein  30.34 
 
 		 469 aa  61.2  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000455349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3250  RagB/SusD domain-containing protein  26.57 
 
 		 511 aa  60.8  0.00000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05675  hypothetical protein  30.89 
 
 		 461 aa  60.8  0.00000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.127954  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5550  RagB/SusD domain protein  24.91 
 
 		 520 aa  60.8  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.255381  normal  0.337883 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1803  RagB/SusD domain protein  23.13 
 
 		 512 aa  60.1  0.00000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2293  RagB/SusD domain protein  30.77 
 
 		 514 aa  60.1  0.00000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1656  RagB/SusD domain protein  22.97 
 
 		 497 aa  58.9  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0536  RagB/SusD domain protein  32.5 
 
 		 456 aa  59.3  0.0000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2244  RagB/SusD domain protein  24.89 
 
 		 532 aa  58.9  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.170816  normal  0.955018 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4005  RagB/SusD domain protein  23.76 
 
 		 495 aa  58.5  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0243804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5561  RagB/SusD domain protein  24.64 
 
 		 452 aa  59.3  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0500213 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0444  RagB/SusD domain protein  35.71 
 
 		 498 aa  58.2  0.0000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3539  RagB/SusD domain protein  25.06 
 
 		 496 aa  58.5  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.247427  normal  0.288919 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2021  RagB/SusD domain-containing protein  24.34 
 
 		 507 aa  58.2  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.367368  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1275  RagB/SusD domain protein  31.61 
 
 		 460 aa  57.8  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.583707 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1619  RagB/SusD domain protein  36.04 
 
 		 448 aa  57  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299192  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2081  RagB/SusD domain protein  34.75 
 
 		 473 aa  57  0.0000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0159839  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2603  RagB/SusD domain protein  25.5 
 
 		 497 aa  57  0.0000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  35.34 
 
 		 494 aa  57  0.0000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1572  RagB/SusD domain protein  23.61 
 
 		 541 aa  56.6  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00617416  normal  0.812354 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6367  RagB/SusD domain protein  25.65 
 
 		 547 aa  56.6  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0017837  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>