195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4222 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4222  RagB/SusD domain protein  100 
 
 		 515 aa  1066    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.710701  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0565  RagB/SusD domain protein  50.38 
 
 		 513 aa  462  1e-129  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110702  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5061  RagB/SusD domain protein  38.58 
 
 		 529 aa  325  1e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.982788  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5704  RagB/SusD domain protein  34.15 
 
 		 564 aa  194  3e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0518838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0022  RagB/SusD domain protein  32.79 
 
 		 562 aa  191  2.9999999999999997e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.201745  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1221  RagB/SusD domain protein  30.45 
 
 		 539 aa  189  1e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.711813 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5202  RagB/SusD domain protein  30.85 
 
 		 587 aa  186  1.0000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.000000106689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5058  RagB/SusD domain protein  32.06 
 
 		 493 aa  185  2.0000000000000003e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.135976 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3126  RagB/SusD domain-containing protein  31.73 
 
 		 537 aa  176  9e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000466942  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1761  RagB/SusD domain protein  30.09 
 
 		 539 aa  168  2e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.559477  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4168  hypothetical protein  29.31 
 
 		 588 aa  166  6.9999999999999995e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.13249  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4328  RagB/SusD domain-containing protein  27.52 
 
 		 504 aa  164  4.0000000000000004e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1212  RagB/SusD domain-containing protein  30.27 
 
 		 502 aa  163  6e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.571968  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0639  RagB/SusD domain protein  28.42 
 
 		 537 aa  158  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.219996 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2765  RagB/SusD domain protein  28.24 
 
 		 542 aa  149  8e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1439  RagB/SusD domain protein  27.67 
 
 		 527 aa  146  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.271044 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7176  RagB/SusD domain protein  27.48 
 
 		 543 aa  143  8e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2446  RagB/SusD domain protein  27.5 
 
 		 538 aa  142  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5091  RagB/SusD domain protein  27.81 
 
 		 530 aa  139  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0871093  normal  0.523706 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7233  RagB/SusD domain protein  28.1 
 
 		 538 aa  139  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000822173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1406  RagB/SusD domain-containing protein  28.12 
 
 		 534 aa  131  4.0000000000000003e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0224524  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05060  hypothetical protein  26.8 
 
 		 519 aa  129  1.0000000000000001e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.301626  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6167  RagB/SusD domain protein  25.17 
 
 		 530 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00835127 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5420  RagB/SusD domain protein  26.42 
 
 		 575 aa  120  9e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.458179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0629  RagB/SusD domain protein  27.05 
 
 		 540 aa  115  1.0000000000000001e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.953445  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0561  RagB/SusD domain protein  25.52 
 
 		 577 aa  104  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0183863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1481  RagB/SusD domain protein  24.29 
 
 		 499 aa  100  6e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.476602  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4233  RagB/SusD domain-containing protein  27.18 
 
 		 511 aa  95.5  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0998  RagB/SusD domain protein  27.72 
 
 		 544 aa  88.2  3e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2432  RagB/SusD domain-containing protein  26.15 
 
 		 499 aa  83.2  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.199141  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1619  RagB/SusD domain protein  26.01 
 
 		 448 aa  80.1  0.00000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299192  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  24.32 
 
 		 478 aa  79.7  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1564  RagB/SusD domain protein  25.24 
 
 		 484 aa  78.6  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4646  RagB/SusD domain-containing protein  24.24 
 
 		 490 aa  77.8  0.0000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.600007  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2846  RagB/SusD domain protein  37.76 
 
 		 487 aa  77.4  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000771194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0956  RagB/SusD domain protein  25.14 
 
 		 498 aa  77  0.0000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.587305  normal  0.507784 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0199  RagB/SusD domain protein  24.45 
 
 		 511 aa  77  0.0000000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.820829  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  24.28 
 
 		 476 aa  76.6  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  25.78 
 
 		 479 aa  75.1  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  25.75 
 
 		 477 aa  74.7  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5600  RagB/SusD domain protein  27.21 
 
 		 488 aa  74.7  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.635453 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  24.5 
 
 		 494 aa  74.3  0.000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1774  RagB/SusD domain protein  27.75 
 
 		 548 aa  73.6  0.000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.475822  normal  0.891404 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2293  RagB/SusD domain protein  37.59 
 
 		 514 aa  73.6  0.000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2301  RagB/SusD domain protein  24.66 
 
 		 565 aa  73.6  0.000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4950  RagB/SusD domain-containing protein  25.71 
 
 		 532 aa  72  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  unclonable  0.000000000321491  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  37.93 
 
 		 481 aa  72.4  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1709  RagB/SusD domain protein  26.11 
 
 		 573 aa  70.5  0.00000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.131317  hitchhiker  0.00943188 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0713  RagB/SusD domain protein  24.55 
 
 		 491 aa  69.3  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.10796  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1656  RagB/SusD domain protein  24.43 
 
 		 497 aa  69.3  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0810  RagB/SusD domain protein  36.88 
 
 		 499 aa  68.9  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00428067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5654  RagB/SusD domain protein  22.86 
 
 		 511 aa  69.3  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.576188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2653  RagB/SusD domain protein  24.95 
 
 		 572 aa  68.2  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3421  RagB/SusD domain protein  24.56 
 
 		 521 aa  67  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1344  RagB/SusD domain protein  26.46 
 
 		 557 aa  67.4  0.0000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.11655  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1765  RagB/SusD domain protein  37.9 
 
 		 481 aa  67.4  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000990073  normal  0.167051 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4417  RagB/SusD domain protein  23.25 
 
 		 578 aa  66.6  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000899968  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05675  hypothetical protein  33.33 
 
 		 461 aa  66.6  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.127954  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0322  RagB/SusD domain protein  27.57 
 
 		 534 aa  66.6  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0946991  normal  0.209656 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3419  RagB/SusD domain protein  24.14 
 
 		 521 aa  66.2  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.311726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2208  RagB/SusD domain protein  24.21 
 
 		 531 aa  65.5  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.721066  normal  0.400828 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5673  RagB/SusD domain protein  25.04 
 
 		 555 aa  65.5  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0033424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2225  RagB/SusD domain protein  35.71 
 
 		 491 aa  65.9  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4254  RagB/SusD domain-containing protein  27.16 
 
 		 557 aa  65.1  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.804111  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3589  RagB/SusD domain protein  25.87 
 
 		 492 aa  64.7  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000864206  hitchhiker  0.000240178 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4207  RagB/SusD domain protein  36.88 
 
 		 451 aa  64.3  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11493  putative outer membrane protein  36.07 
 
 		 476 aa  63.9  0.000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.494565  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1129  RagB/SusD domain protein  23.96 
 
 		 493 aa  63.5  0.000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.259882  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0781  RagB/SusD domain-containing protein  24.88 
 
 		 531 aa  63.5  0.000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2081  RagB/SusD domain protein  36.59 
 
 		 473 aa  63.2  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0159839  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1041  RagB/SusD domain protein  24.51 
 
 		 501 aa  63.2  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0635892  normal  0.364021 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1499  RagB/SusD domain protein  32.59 
 
 		 519 aa  62.8  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  25.24 
 
 		 494 aa  62  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2828  RagB/SusD domain protein  26.03 
 
 		 549 aa  62.4  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.251846  normal  0.0738006 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3595  RagB/SusD domain protein  36 
 
 		 527 aa  62  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.237544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0680  RagB/SusD domain protein  33.82 
 
 		 477 aa  61.6  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1013  RagB/SusD domain protein  24.4 
 
 		 494 aa  62  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.164224  normal  0.518942 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1498  RagB/SusD domain protein  24.07 
 
 		 533 aa  62  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.855332  normal  0.354121 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0536  RagB/SusD domain protein  23.1 
 
 		 456 aa  62  0.00000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3405  RagB/SusD domain protein  25 
 
 		 600 aa  61.6  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.363725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1495  RagB/SusD domain protein  24.46 
 
 		 506 aa  60.8  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.253352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3391  RagB/SusD domain protein  37.69 
 
 		 507 aa  60.5  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540028  normal  0.274912 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  38.02 
 
 		 494 aa  59.7  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4718  RagB/SusD domain protein  23.52 
 
 		 499 aa  60.1  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  24.88 
 
 		 502 aa  59.7  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3372  RagB/SusD domain protein  24.79 
 
 		 549 aa  60.1  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6635  RagB/SusD domain protein  26.35 
 
 		 483 aa  59.3  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.258303 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  34.69 
 
 		 483 aa  58.9  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1904  RagB/SusD domain protein  30.13 
 
 		 492 aa  58.9  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.879306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2232  RagB/SusD domain protein  33.33 
 
 		 486 aa  59.3  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5314  RagB/SusD domain protein  25.98 
 
 		 486 aa  58.9  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000248679  normal  0.692044 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2644  RagB/SusD domain protein  32.56 
 
 		 490 aa  58.9  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.941538 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0444  RagB/SusD domain protein  31.47 
 
 		 498 aa  57.8  0.0000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4268  RagB/SusD domain protein  24.34 
 
 		 503 aa  58.2  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.246385  normal  0.146292 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4848  RagB/SusD domain protein  23.59 
 
 		 523 aa  57.4  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.101496  hitchhiker  0.00561902 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6530  RagB/SusD domain protein  30.95 
 
 		 521 aa  57.8  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4183  RagB/SusD domain protein  31.61 
 
 		 610 aa  57.4  0.0000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.927446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6367  RagB/SusD domain protein  23.12 
 
 		 547 aa  57.4  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0017837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1857  RagB/SusD domain protein  26.65 
 
 		 505 aa  57.4  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2453  RagB/SusD domain protein  24.77 
 
 		 540 aa  57  0.0000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00111761  normal  0.539083 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>