184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_7176 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_7176  RagB/SusD domain protein  100 
 
 
543 aa  1130    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2765  RagB/SusD domain protein  53.87 
 
 
542 aa  599  1e-170  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2446  RagB/SusD domain protein  47.51 
 
 
538 aa  514  1e-144  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4328  RagB/SusD domain-containing protein  32.48 
 
 
504 aa  254  2.0000000000000002e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0561  RagB/SusD domain protein  30.52 
 
 
577 aa  235  2.0000000000000002e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0183863  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5420  RagB/SusD domain protein  30.2 
 
 
575 aa  229  1e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.458179  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7233  RagB/SusD domain protein  31.61 
 
 
538 aa  224  4e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000822173  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5058  RagB/SusD domain protein  32.54 
 
 
493 aa  217  5e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.135976 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1439  RagB/SusD domain protein  31.88 
 
 
527 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.271044 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1761  RagB/SusD domain protein  29.71 
 
 
539 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.559477  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4417  RagB/SusD domain protein  29.2 
 
 
578 aa  201  3e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000899968  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1212  RagB/SusD domain-containing protein  28.77 
 
 
502 aa  177  4e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.571968  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0639  RagB/SusD domain protein  26.3 
 
 
537 aa  176  9.999999999999999e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.219996 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3126  RagB/SusD domain-containing protein  28.42 
 
 
537 aa  175  1.9999999999999998e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000466942  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1221  RagB/SusD domain protein  26.35 
 
 
539 aa  173  7.999999999999999e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.711813 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6167  RagB/SusD domain protein  27.44 
 
 
530 aa  139  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00835127 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5091  RagB/SusD domain protein  25.5 
 
 
530 aa  139  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0871093  normal  0.523706 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1406  RagB/SusD domain-containing protein  29.93 
 
 
534 aa  135  3e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0224524  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4222  RagB/SusD domain protein  27.47 
 
 
515 aa  134  3e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.710701  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05060  hypothetical protein  27.15 
 
 
519 aa  131  2.0000000000000002e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.301626  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0629  RagB/SusD domain protein  28.47 
 
 
540 aa  130  6e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.953445  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5704  RagB/SusD domain protein  25.47 
 
 
564 aa  121  3.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0518838  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5061  RagB/SusD domain protein  25.63 
 
 
529 aa  117  3.9999999999999997e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.982788  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4168  hypothetical protein  24.11 
 
 
588 aa  117  7.999999999999999e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.13249  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5202  RagB/SusD domain protein  24.12 
 
 
587 aa  108  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.000000106689  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0022  RagB/SusD domain protein  24.49 
 
 
562 aa  104  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.201745  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0565  RagB/SusD domain protein  25.66 
 
 
513 aa  103  8e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110702  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2232  RagB/SusD domain protein  25.41 
 
 
486 aa  96.7  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1344  RagB/SusD domain protein  25.22 
 
 
557 aa  85.5  0.000000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.11655  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4646  RagB/SusD domain-containing protein  22.98 
 
 
490 aa  85.1  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.600007  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5314  RagB/SusD domain protein  22.16 
 
 
486 aa  84  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000248679  normal  0.692044 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4233  RagB/SusD domain-containing protein  25.34 
 
 
511 aa  82  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1709  RagB/SusD domain protein  24.8 
 
 
573 aa  82  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.131317  hitchhiker  0.00943188 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2413  RagB/SusD domain protein  21.72 
 
 
480 aa  81.6  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  25 
 
 
481 aa  79.7  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1041  RagB/SusD domain protein  22.51 
 
 
501 aa  79.3  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0635892  normal  0.364021 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  24.16 
 
 
494 aa  77  0.0000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2293  RagB/SusD domain protein  25.94 
 
 
514 aa  77  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4268  RagB/SusD domain protein  24.51 
 
 
503 aa  77  0.0000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.246385  normal  0.146292 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5331  RagB/SusD domain protein  25.17 
 
 
541 aa  76.6  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0214505  normal  0.577233 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5673  RagB/SusD domain protein  24.15 
 
 
555 aa  75.5  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0033424  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2828  RagB/SusD domain protein  24.26 
 
 
549 aa  75.1  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.251846  normal  0.0738006 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1481  RagB/SusD domain protein  39.2 
 
 
499 aa  73.2  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.476602  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3372  RagB/SusD domain protein  23.99 
 
 
549 aa  70.5  0.00000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1498  RagB/SusD domain protein  25.64 
 
 
533 aa  70.5  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.855332  normal  0.354121 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2301  RagB/SusD domain protein  25.5 
 
 
565 aa  70.5  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  23.98 
 
 
478 aa  69.7  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4783  RagB/SusD domain protein  24.1 
 
 
548 aa  68.2  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3195  RagB/SusD domain protein  25 
 
 
472 aa  67  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.803045  normal  0.231772 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6367  RagB/SusD domain protein  22.81 
 
 
547 aa  67  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0017837  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2282  RagB/SusD domain protein  22.2 
 
 
540 aa  67  0.0000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108991 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0322  RagB/SusD domain protein  24.04 
 
 
534 aa  66.6  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0946991  normal  0.209656 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0810  RagB/SusD domain protein  23.29 
 
 
499 aa  66.6  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00428067  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1078  RagB/SusD domain protein  23.26 
 
 
509 aa  66.6  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.227742  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2653  RagB/SusD domain protein  24.83 
 
 
572 aa  66.2  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1590  RagB/SusD domain protein  25.26 
 
 
540 aa  65.5  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.361992 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3391  RagB/SusD domain protein  23.32 
 
 
507 aa  65.1  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540028  normal  0.274912 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1765  RagB/SusD domain protein  22.86 
 
 
481 aa  64.7  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000990073  normal  0.167051 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5395  RagB/SusD domain protein  23.77 
 
 
506 aa  64.7  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0481462  normal  0.244827 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  22.08 
 
 
494 aa  63.9  0.000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1275  RagB/SusD domain protein  23.5 
 
 
460 aa  63.9  0.000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.583707 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1774  RagB/SusD domain protein  24.62 
 
 
548 aa  63.9  0.000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.475822  normal  0.891404 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5654  RagB/SusD domain protein  21.95 
 
 
511 aa  63.9  0.000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.576188  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2666  RagB/SusD domain protein  22.35 
 
 
528 aa  63.9  0.000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.453951  normal  0.89358 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  23.34 
 
 
483 aa  63.5  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0680  RagB/SusD domain protein  21.33 
 
 
477 aa  63.5  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  23.13 
 
 
494 aa  63.2  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1561  RagB/SusD domain-containing protein  21.78 
 
 
511 aa  62.4  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2021  RagB/SusD domain-containing protein  25 
 
 
507 aa  62.4  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.367368  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2846  RagB/SusD domain protein  34.11 
 
 
487 aa  61.6  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000771194  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2644  RagB/SusD domain protein  22.55 
 
 
490 aa  61.6  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.941538 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  21.61 
 
 
476 aa  62  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0713  RagB/SusD domain protein  26.61 
 
 
491 aa  60.8  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.10796  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3524  RagB/SusD domain-containing protein  24.67 
 
 
487 aa  60.5  0.00000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0455  RagB/SusD domain protein  32.79 
 
 
478 aa  60.5  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1129  RagB/SusD domain protein  21.77 
 
 
493 aa  60.5  0.00000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.259882  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3578  RagB/SusD domain protein  22.85 
 
 
472 aa  60.5  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.728117  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  22.48 
 
 
499 aa  60.5  0.00000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3870  RagB/SusD domain-containing protein  22.11 
 
 
498 aa  59.7  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248974  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0688  RagB/SusD domain protein  23.19 
 
 
500 aa  60.1  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0549039  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1572  RagB/SusD domain protein  25.25 
 
 
541 aa  60.1  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00617416  normal  0.812354 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4974  RagB/SusD domain protein  30.16 
 
 
636 aa  60.1  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  22.77 
 
 
477 aa  60.1  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2432  RagB/SusD domain-containing protein  22.97 
 
 
499 aa  59.3  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.199141  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  21.61 
 
 
502 aa  59.3  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4950  RagB/SusD domain-containing protein  21.28 
 
 
532 aa  58.9  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  unclonable  0.000000000321491  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1724  RagB/SusD domain protein  23.31 
 
 
491 aa  59.3  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120109  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4718  RagB/SusD domain protein  22.3 
 
 
499 aa  58.5  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5507  RagB/SusD domain protein  22.31 
 
 
549 aa  58.2  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000082911  hitchhiker  0.00267886 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2268  RagB/SusD domain protein  26.15 
 
 
574 aa  57.8  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4709  RagB/SusD domain protein  21.96 
 
 
479 aa  57.4  0.0000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.529727  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6739  RagB/SusD domain protein  22.29 
 
 
513 aa  57.4  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5647  RagB/SusD domain protein  21.6 
 
 
520 aa  57  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.688927  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2061  RagB/SusD domain protein  22.88 
 
 
528 aa  57  0.0000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000559394  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2208  RagB/SusD domain protein  27.15 
 
 
531 aa  57  0.0000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.721066  normal  0.400828 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1564  RagB/SusD domain protein  23.29 
 
 
484 aa  56.6  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0135  RagB/SusD domain protein  26.47 
 
 
493 aa  56.2  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2603  RagB/SusD domain protein  21.77 
 
 
497 aa  55.8  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4105  RagB/SusD domain protein  25.56 
 
 
551 aa  55.8  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4818  RagB/SusD domain protein  24.53 
 
 
486 aa  55.8  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0677815  unclonable  0.0000000000000348036 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>