More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_5003 on replicon NC_009717
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  68.93 
 
 		 1536 aa  2096    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  64.22 
 
 		 1534 aa  1920    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  47.22 
 
 		 1356 aa  761    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  47.22 
 
 		 1107 aa  652    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  65.32 
 
 		 1557 aa  1959    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  100 
 
 		 1538 aa  3058    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  45.04 
 
 		 1102 aa  622  1e-176  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  45.61 
 
 		 1100 aa  620  1e-176  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  45.28 
 
 		 1100 aa  619  1e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  44.91 
 
 		 1102 aa  619  1e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  45.47 
 
 		 1123 aa  615  9.999999999999999e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  44.95 
 
 		 1107 aa  612  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  45.65 
 
 		 1245 aa  565  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.42 
 
 		 1105 aa  473  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  40.28 
 
 		 974 aa  469  9.999999999999999e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  39.23 
 
 		 952 aa  462  9.999999999999999e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  39.72 
 
 		 952 aa  459  1e-127  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.98 
 
 		 1098 aa  458  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  39.72 
 
 		 998 aa  459  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  40.18 
 
 		 1034 aa  456  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  39.22 
 
 		 1039 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.78 
 
 		 1102 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.95 
 
 		 1098 aa  456  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.61 
 
 		 1095 aa  453  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  38.4 
 
 		 985 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  39.95 
 
 		 998 aa  449  1.0000000000000001e-124  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  39.26 
 
 		 814 aa  445  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  39.19 
 
 		 976 aa  441  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  39.19 
 
 		 976 aa  441  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  39.26 
 
 		 1006 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  40 
 
 		 968 aa  441  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  38.49 
 
 		 1034 aa  436  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  40.48 
 
 		 1025 aa  435  1e-120  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  38.51 
 
 		 982 aa  435  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  38.55 
 
 		 1000 aa  424  1e-117  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  38.55 
 
 		 1000 aa  424  1e-117  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  29.91 
 
 		 879 aa  319  2e-85  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  29.71 
 
 		 881 aa  319  3e-85  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  30.09 
 
 		 1168 aa  281  5e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  38.34 
 
 		 907 aa  268  7e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  38.53 
 
 		 1093 aa  217  1.9999999999999998e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  31.69 
 
 		 918 aa  169  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3227  conjugal transfer protein traA  41.94 
 
 		 267 aa  162  6e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1788  MobA/MobL protein  31.56 
 
 		 544 aa  149  3e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.96066  n/a   
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5602  hypothetical protein  36.51 
 
 		 730 aa  147  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3228  MobA/MobL protein  31.86 
 
 		 447 aa  145  6e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5620  MobA/MobL protein  36.11 
 
 		 726 aa  142  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1747  MobA/MobL protein  33.19 
 
 		 465 aa  139  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0002  MobA/MobL family protein  31.68 
 
 		 719 aa  137  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.29222  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  34.18 
 
 		 1174 aa  131  8.000000000000001e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  33.74 
 
 		 981 aa  129  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  32.9 
 
 		 1184 aa  129  5e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D28  hypothetical protein  33.07 
 
 		 673 aa  128  7e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00718795  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2314  MobA/MobL family protein  32.91 
 
 		 506 aa  125  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127773  hitchhiker  0.00000000000117095 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2074  MobA/MobL family  33.33 
 
 		 501 aa  125  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.103874  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  27.97 
 
 		 1549 aa  123  3e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009473  Acry_3630  MobA/MobL protein  36.17 
 
 		 361 aa  122  4.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  28.92 
 
 		 1481 aa  117  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  26.85 
 
 		 929 aa  110  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5332  MobA/MobL protein  32.82 
 
 		 498 aa  108  6e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.873373 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  29.37 
 
 		 1231 aa  108  7e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1469  TrwC relaxase  27.85 
 
 		 1189 aa  105  5e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.137376  normal  0.575201 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  29.82 
 
 		 1797 aa  105  7e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  30.53 
 
 		 1175 aa  101  1e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  30.13 
 
 		 1170 aa  100  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  22.87 
 
 		 1112 aa  99.8  4e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2305  AAA ATPase  29.48 
 
 		 747 aa  98.6  9e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476827  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0463  MobA/MobL protein  32.49 
 
 		 467 aa  97.8  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.121634  normal  0.0604865 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  29.41 
 
 		 964 aa  97.1  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  30.94 
 
 		 946 aa  93.2  3e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5162  MobA/MobL protein  29.67 
 
 		 498 aa  93.6  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  27.8 
 
 		 1683 aa  92.8  4e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  31.7 
 
 		 1176 aa  92.8  4e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  26.45 
 
 		 907 aa  92.4  7e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  29.1 
 
 		 957 aa  91.7  9e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  31.68 
 
 		 1836 aa  90.5  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  25.27 
 
 		 919 aa  90.9  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  27.82 
 
 		 1386 aa  90.9  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  27.57 
 
 		 744 aa  88.6  8e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  27.8 
 
 		 1952 aa  88.6  9e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  35.71 
 
 		 926 aa  88.2  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  29.79 
 
 		 872 aa  88.2  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3226  aldehyde dehydrogenase  29.39 
 
 		 1681 aa  87.8  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2919  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.49 
 
 		 721 aa  86.7  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0188  putative helicase  25.45 
 
 		 788 aa  86.3  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0609464  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  27.59 
 
 		 1955 aa  85.9  0.000000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  26.86 
 
 		 711 aa  85.5  0.000000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  27.36 
 
 		 1026 aa  85.1  0.00000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  24.25 
 
 		 710 aa  84.3  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  28.47 
 
 		 1980 aa  84.3  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  30.91 
 
 		 1523 aa  84.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  28.25 
 
 		 2090 aa  84  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  30.91 
 
 		 1523 aa  84.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4998  MobA/MobL protein  31.02 
 
 		 766 aa  84  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0562  AAA ATPase  25.62 
 
 		 717 aa  83.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0593  AAA ATPase  25.62 
 
 		 717 aa  83.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5348  mobilization protein  27.31 
 
 		 407 aa  83.2  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3229  Exodeoxyribonuclease V  28.64 
 
 		 637 aa  83.6  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0587  AAA ATPase  25.62 
 
 		 717 aa  83.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  29.79 
 
 		 944 aa  82.8  0.00000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>