More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1527 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1527  diguanylate cyclase  100 
 
 		 642 aa  1330    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.086696  normal  0.0345548 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  60.97 
 
 		 622 aa  690    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1413  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 587 aa  313  5.999999999999999e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1289  diguanylate cyclase  32.63 
 
 		 595 aa  293  7e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  32.93 
 
 		 596 aa  288  2e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  31.54 
 
 		 575 aa  287  4e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  31.39 
 
 		 577 aa  286  7e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  31.29 
 
 		 593 aa  282  2e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  30.96 
 
 		 575 aa  280  7e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  30.78 
 
 		 575 aa  278  2e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  31.57 
 
 		 581 aa  272  2e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  31.92 
 
 		 581 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  31.92 
 
 		 581 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 581 aa  262  2e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  33.2 
 
 		 576 aa  232  2e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  29.03 
 
 		 585 aa  216  9e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  29.07 
 
 		 649 aa  211  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  28.24 
 
 		 610 aa  194  6e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  26.16 
 
 		 592 aa  193  7e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1244  GGDEF domain-containing protein  27.49 
 
 		 578 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.118436  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0809  GGDEF domain-containing protein  26.29 
 
 		 585 aa  182  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0546  GGDEF domain-containing protein  25.8 
 
 		 589 aa  174  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0541  GGDEF domain-containing protein  26.54 
 
 		 613 aa  159  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  29.18 
 
 		 498 aa  127  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  25.83 
 
 		 582 aa  126  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 401 aa  126  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0951  GGDEF domain-containing protein  27.57 
 
 		 694 aa  123  9e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.75473  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 532 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 495 aa  121  3e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 612 aa  122  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  34.3 
 
 		 307 aa  121  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 322 aa  120  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 459 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 645 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 517 aa  118  3e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 405 aa  118  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  34.04 
 
 		 485 aa  117  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.51 
 
 		 342 aa  117  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  38.36 
 
 		 645 aa  117  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  34.05 
 
 		 329 aa  117  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 301 aa  117  6e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 559 aa  116  1.0000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.97 
 
 		 342 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.6 
 
 		 328 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  32.56 
 
 		 485 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 1774 aa  115  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  37.04 
 
 		 381 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  35.33 
 
 		 457 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  31.9 
 
 		 628 aa  114  5e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 642 aa  114  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 308 aa  114  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 308 aa  114  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  38.07 
 
 		 422 aa  114  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 653 aa  114  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  36.65 
 
 		 335 aa  114  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  35.29 
 
 		 457 aa  114  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 696 aa  114  7.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  33.69 
 
 		 321 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 736 aa  114  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  32.27 
 
 		 486 aa  114  8.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.99 
 
 		 312 aa  113  8.000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  36.88 
 
 		 318 aa  113  9e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  36.53 
 
 		 430 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  36.53 
 
 		 430 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  36.02 
 
 		 332 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  36.53 
 
 		 431 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0831  diguanylate cyclase  30.08 
 
 		 627 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  33.02 
 
 		 510 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  36.53 
 
 		 430 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  36 
 
 		 659 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  36.53 
 
 		 431 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  31.63 
 
 		 486 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  31.63 
 
 		 486 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  40 
 
 		 471 aa  113  1.0000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2743  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 431 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.241398  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  31.46 
 
 		 431 aa  112  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  36.53 
 
 		 431 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  35.93 
 
 		 431 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 464 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  32.45 
 
 		 323 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  31.63 
 
 		 486 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  31.63 
 
 		 486 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 316 aa  112  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1085  putative sensory box/GGDEF family protein  37.13 
 
 		 430 aa  112  3e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.41 
 
 		 642 aa  111  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 227 aa  112  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  31.63 
 
 		 485 aa  112  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 490 aa  111  4.0000000000000004e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 533 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 1037 aa  111  4.0000000000000004e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  31.63 
 
 		 485 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 1826 aa  111  5e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 1099 aa  111  5e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 485 aa  111  5e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 523 aa  111  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 631 aa  110  6e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  36.53 
 
 		 430 aa  110  6e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  33.13 
 
 		 385 aa  110  7.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  31.16 
 
 		 485 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 381 aa  110  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>