More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A2219 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A2219  diguanylate cyclase  100 
 
 		 413 aa  828    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.568447  normal  0.728186 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 397 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3576  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 484 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 559 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 411 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 385 aa  126  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 385 aa  126  7e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 385 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 369 aa  125  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1910  GGDEF family protein  29.85 
 
 		 413 aa  125  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.382207  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.34 
 
 		 594 aa  124  3e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 714 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  27.99 
 
 		 413 aa  122  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  28.68 
 
 		 411 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5658  putative diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 395 aa  122  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0922182 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 485 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  29.74 
 
 		 411 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 410 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 628 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 569 aa  120  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 329 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 202 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  26.48 
 
 		 532 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 351 aa  119  9.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  30.68 
 
 		 405 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 371 aa  117  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3522  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 636 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.890826  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  42.26 
 
 		 385 aa  117  5e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 485 aa  117  5e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 611 aa  117  5e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 580 aa  117  5e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  41.67 
 
 		 493 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 385 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4784  GGDEF domain protein  34.72 
 
 		 366 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  44.25 
 
 		 587 aa  116  6.9999999999999995e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3486  diguanylate cyclase  38.43 
 
 		 449 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.121522  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 493 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  30.15 
 
 		 384 aa  116  7.999999999999999e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 554 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 620 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5043  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.37 
 
 		 448 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 298 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 		 769 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 408 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 312 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 1774 aa  114  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  28.27 
 
 		 571 aa  114  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  40.22 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.73 
 
 		 438 aa  114  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 612 aa  114  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 738 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  34.36 
 
 		 722 aa  114  4.0000000000000004e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2233  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 390 aa  114  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.878292 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  38.37 
 
 		 459 aa  114  4.0000000000000004e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  38 
 
 		 375 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  37.5 
 
 		 335 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 775 aa  113  7.000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  38.32 
 
 		 400 aa  112  9e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 349 aa  112  9e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 569 aa  112  9e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3611  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 338 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4688  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 338 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.104473 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  27.06 
 
 		 407 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 624 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 390 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 496 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 493 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 377 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 281 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  36.46 
 
 		 625 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  35.88 
 
 		 425 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  32.49 
 
 		 409 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2593  diguanylate cyclase  33.92 
 
 		 569 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0279465  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 680 aa  112  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 490 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.25 
 
 		 572 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 625 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 625 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 357 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  36.93 
 
 		 332 aa  111  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1978  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 298 aa  111  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.148602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 380 aa  110  3e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 382 aa  111  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.18 
 
 		 457 aa  111  3e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2884  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000365079 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 650 aa  111  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2255  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 298 aa  111  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 555 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 464 aa  111  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 485 aa  111  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  41.57 
 
 		 525 aa  111  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 555 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2310  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 555 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000248825 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 		 592 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 422 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  35.83 
 
 		 588 aa  110  4.0000000000000004e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  35.24 
 
 		 382 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3007  diguanylate cyclase  36.71 
 
 		 353 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>