More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1036 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_1163  diguanylate cyclase  96.97 
 
 		 363 aa  674    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1036  diguanylate cyclase  100 
 
 		 363 aa  718    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.19224 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  70.91 
 
 		 363 aa  503  1e-141  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1546  diguanylate cyclase  34.71 
 
 		 416 aa  145  9e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0539589  hitchhiker  0.00796281 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 386 aa  144  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5063  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 367 aa  144  3e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  43.62 
 
 		 417 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  43.46 
 
 		 417 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 373 aa  132  6e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 753 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  43.5 
 
 		 430 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 436 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  35.28 
 
 		 409 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 631 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 336 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  38.58 
 
 		 413 aa  125  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 454 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  40.72 
 
 		 392 aa  124  4e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 611 aa  123  5e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 621 aa  123  5e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 354 aa  122  7e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 466 aa  122  8e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  39.77 
 
 		 454 aa  122  8e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  39.77 
 
 		 466 aa  122  8e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  39.77 
 
 		 466 aa  122  8e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  37.55 
 
 		 397 aa  122  8e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 466 aa  122  8e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  39.77 
 
 		 454 aa  122  8e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  39.77 
 
 		 466 aa  122  8e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1809  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 391 aa  122  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.271583  hitchhiker  0.00508351 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  40.74 
 
 		 424 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  40.35 
 
 		 628 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  47.24 
 
 		 457 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4052  diguanylate cyclase  42.63 
 
 		 416 aa  121  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.498255  normal  0.0995443 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  44.71 
 
 		 457 aa  120  3e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  36.48 
 
 		 411 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  47.92 
 
 		 341 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  47.1 
 
 		 375 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  46.01 
 
 		 457 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 469 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 316 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 411 aa  119  9e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  37.57 
 
 		 334 aa  119  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.44 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 312 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 398 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 361 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 490 aa  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  48.08 
 
 		 375 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  44.79 
 
 		 457 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 480 aa  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  30.89 
 
 		 420 aa  118  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 686 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 490 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.67 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.67 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 385 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 680 aa  117  3e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  37.77 
 
 		 624 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 385 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 469 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 422 aa  116  5e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.48 
 
 		 464 aa  117  5e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 326 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 357 aa  116  6e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  34.17 
 
 		 389 aa  116  6e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.43 
 
 		 324 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  41.34 
 
 		 402 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 495 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  42.94 
 
 		 400 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  44.44 
 
 		 466 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 489 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3046  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 562 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.641394  normal  0.406701 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 409 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.12 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  32.77 
 
 		 499 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2046  diguanylate cyclase  41.77 
 
 		 438 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419907  normal  0.30363 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  44.16 
 
 		 351 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  37.91 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 625 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 625 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2513  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 405 aa  114  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0645209 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  44.79 
 
 		 457 aa  114  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 460 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4178  response regulator receiver protein  44.23 
 
 		 1477 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.450705 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 625 aa  114  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  37.14 
 
 		 415 aa  113  4.0000000000000004e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  48.75 
 
 		 392 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  44.04 
 
 		 384 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 411 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  46.79 
 
 		 375 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  33.81 
 
 		 316 aa  113  5e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 312 aa  113  5e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  33.07 
 
 		 405 aa  113  6e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  46.01 
 
 		 457 aa  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  32.63 
 
 		 474 aa  113  6e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.89 
 
 		 345 aa  113  6e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 295 aa  112  7.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 384 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>