More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_5063 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_5063  diguanylate cyclase  100 
 
 		 367 aa  717    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2513  diguanylate cyclase  46.49 
 
 		 374 aa  264  2e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1036  diguanylate cyclase  32.7 
 
 		 363 aa  144  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.19224 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1163  diguanylate cyclase  31.34 
 
 		 363 aa  139  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  33.6 
 
 		 363 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  32.25 
 
 		 386 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 384 aa  125  1e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  28.72 
 
 		 409 aa  119  7e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5010  response regulator receiver protein  72.62 
 
 		 99 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0917404  normal  0.10301 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 385 aa  116  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 306 aa  116  5e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 385 aa  116  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4550  GGDEF family protein  71.43 
 
 		 99 aa  114  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0112555 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1910  GGDEF family protein  30.36 
 
 		 413 aa  114  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.382207  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 1037 aa  112  1.0000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  34 
 
 		 513 aa  109  7.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 491 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  34.58 
 
 		 640 aa  108  1e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  27.18 
 
 		 571 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2170  diguanylate cyclase  34.1 
 
 		 382 aa  108  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2449  GGDEF domain-containing protein  37.44 
 
 		 498 aa  107  3e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  32.28 
 
 		 384 aa  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 569 aa  106  7e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  36.61 
 
 		 493 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3838  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 452 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210475  normal  0.0305933 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1813  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 386 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730077 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 591 aa  105  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 493 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  40.33 
 
 		 689 aa  105  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1195  GGDEF family protein  37.16 
 
 		 429 aa  104  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3837  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 452 aa  103  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0314898  normal  0.0363493 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  31.13 
 
 		 420 aa  104  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  36.87 
 
 		 325 aa  103  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 397 aa  103  4e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0525  GGDEF family protein  30.05 
 
 		 391 aa  103  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 362 aa  103  6e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 443 aa  102  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 401 aa  103  7e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 507 aa  102  9e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 390 aa  102  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 490 aa  102  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0749  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 432 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0940532  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  39.31 
 
 		 430 aa  101  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  38.43 
 
 		 393 aa  101  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 526 aa  101  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6762  diguanylate cyclase  30.18 
 
 		 411 aa  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.322015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 227 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.1 
 
 		 594 aa  101  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 362 aa  101  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2219  diguanylate cyclase  32.31 
 
 		 413 aa  100  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.568447  normal  0.728186 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 373 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 436 aa  100  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  28.68 
 
 		 487 aa  101  3e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0289  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 389 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 405 aa  100  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0296  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 389 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0897488  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 308 aa  100  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 332 aa  100  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  36 
 
 		 380 aa  100  5e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0301  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 389 aa  100  5e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0297  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 389 aa  100  5e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 459 aa  99.8  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 443 aa  99.8  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1809  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 391 aa  99.8  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.271583  hitchhiker  0.00508351 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 379 aa  99.8  7e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  32.97 
 
 		 389 aa  99.8  7e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 391 aa  99.8  8e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.78 
 
 		 578 aa  99.4  8e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3603  diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 381 aa  99.4  8e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.943579  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 794 aa  99.8  8e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.9 
 
 		 668 aa  99.4  9e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 317 aa  99  1e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 634 aa  99  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1546  diguanylate cyclase  29.56 
 
 		 416 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0539589  hitchhiker  0.00796281 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  33.33 
 
 		 565 aa  99.4  1e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.52 
 
 		 669 aa  99  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  31.37 
 
 		 384 aa  99  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  32.6 
 
 		 365 aa  99  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4287  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 409 aa  99  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0539284  normal  0.0529448 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  34.3 
 
 		 631 aa  99  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  25.92 
 
 		 577 aa  98.6  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  25.92 
 
 		 571 aa  99.4  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 443 aa  98.6  1e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  45.22 
 
 		 527 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  33.49 
 
 		 407 aa  98.2  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  33.61 
 
 		 435 aa  97.8  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  33.33 
 
 		 273 aa  98.6  2e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  37.1 
 
 		 400 aa  98.2  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2240  diguanylate cyclase  30.91 
 
 		 388 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 532 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  31.12 
 
 		 381 aa  97.8  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0689  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 413 aa  97.8  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.427043  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 391 aa  98.6  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.86 
 
 		 663 aa  98.2  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  31.22 
 
 		 384 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 583 aa  98.6  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  32.51 
 
 		 482 aa  98.2  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  31.07 
 
 		 392 aa  98.2  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 554 aa  98.2  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>