239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4550 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_4550  GGDEF family protein  100 
 
 		 99 aa  195  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0112555 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5010  response regulator receiver protein  83.84 
 
 		 99 aa  155  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0917404  normal  0.10301 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5063  diguanylate cyclase  71.43 
 
 		 367 aa  114  6e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5867  GGDEF  39.76 
 
 		 132 aa  52.8  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.373562  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2513  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 374 aa  51.6  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.36 
 
 		 463 aa  51.6  0.000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 498 aa  50.8  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 261 aa  50.4  0.000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 305 aa  50.4  0.000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 374 aa  50.1  0.000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  41.03 
 
 		 425 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.2 
 
 		 843 aa  50.1  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 532 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 732 aa  48.9  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 380 aa  49.3  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 317 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 317 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1910  GGDEF family protein  37.78 
 
 		 413 aa  48.5  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.382207  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 591 aa  48.5  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 443 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 502 aa  48.1  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 732 aa  48.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  34.57 
 
 		 565 aa  48.1  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 1037 aa  47.8  0.00005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2033  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  36.67 
 
 		 491 aa  47.8  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 452 aa  47.8  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  37.5 
 
 		 494 aa  47.4  0.00006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 452 aa  47.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 452 aa  47.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 336 aa  47.4  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 493 aa  47  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  32.56 
 
 		 493 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.14 
 
 		 317 aa  46.6  0.0001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 312 aa  46.2  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  32.61 
 
 		 1079 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 532 aa  46.6  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 353 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 571 aa  46.6  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 491 aa  46.6  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2147  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.88 
 
 		 410 aa  46.6  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  41.03 
 
 		 418 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 559 aa  45.8  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  31.71 
 
 		 949 aa  45.8  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 555 aa  45.8  0.0002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 492 aa  46.2  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  37.21 
 
 		 341 aa  45.4  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0117  diguanylate cyclase  34.09 
 
 		 443 aa  45.4  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  32.22 
 
 		 1774 aa  45.8  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 384 aa  45.4  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 443 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 381 aa  45.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 410 aa  45.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  35.29 
 
 		 435 aa  45.4  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 380 aa  45.4  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4314  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 379 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 526 aa  45.4  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0294  diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 432 aa  45.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  31.18 
 
 		 578 aa  45.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  32.22 
 
 		 312 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  29.76 
 
 		 357 aa  45.4  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 1826 aa  45.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01754  predicted diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 491 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1857  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 491 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00173388  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2009  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 491 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 398 aa  45.1  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01742  hypothetical protein  34.44 
 
 		 491 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1406  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 444 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1847  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 491 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.02251 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2509  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  33.33 
 
 		 444 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.360795  normal  0.914553 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  31.63 
 
 		 346 aa  44.7  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 227 aa  44.7  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1586  sensory box-containing diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 430 aa  45.1  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 493 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  34.41 
 
 		 677 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 564 aa  44.7  0.0005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 360 aa  44.7  0.0005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 634 aa  44.3  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  30.11 
 
 		 578 aa  44.3  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  28.4 
 
 		 684 aa  44.7  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.27 
 
 		 505 aa  44.3  0.0005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  38.27 
 
 		 564 aa  44.7  0.0005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  32.22 
 
 		 631 aa  44.7  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  30.68 
 
 		 556 aa  44.3  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01318  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  37.04 
 
 		 410 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.536328  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.04 
 
 		 410 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  33.33 
 
 		 690 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2284  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.04 
 
 		 410 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.629539  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  37.04 
 
 		 410 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1555  sensory box-containing diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 430 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1781  sensory box-containing diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 430 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.900668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1458  sensory box-containing diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 430 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1989  sensory box-containing diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 430 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.641954 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3192  diguanylate cyclase  32.58 
 
 		 627 aa  44.3  0.0006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.63 
 
 		 310 aa  43.9  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.63 
 
 		 310 aa  43.9  0.0007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1036  diguanylate cyclase  36.47 
 
 		 363 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.19224 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1806  diguanylate cyclase  29.21 
 
 		 473 aa  43.9  0.0007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.782438  hitchhiker  0.00449211 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  36.25 
 
 		 496 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 526 aa  43.9  0.0008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35 
 
 		 444 aa  43.5  0.0008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>