More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4006 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
177 aa  338  2.9999999999999998e-92  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  65.27 
 
 
172 aa  199  9.999999999999999e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  60.48 
 
 
171 aa  187  5e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  58.43 
 
 
171 aa  183  1.0000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  56.29 
 
 
187 aa  172  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  56.63 
 
 
170 aa  171  3.9999999999999995e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  56.02 
 
 
170 aa  171  5e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  56.97 
 
 
167 aa  168  3e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  53.07 
 
 
180 aa  160  9e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  53.63 
 
 
180 aa  160  9e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  61.59 
 
 
174 aa  160  1e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  52.07 
 
 
173 aa  159  2e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  54.97 
 
 
173 aa  156  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  54.97 
 
 
173 aa  156  1e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  54.97 
 
 
173 aa  156  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  54.76 
 
 
172 aa  155  2e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  52.98 
 
 
169 aa  154  8e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  50.59 
 
 
173 aa  145  3e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  53.76 
 
 
174 aa  145  3e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  46.67 
 
 
181 aa  143  1e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  48.82 
 
 
172 aa  143  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  52.02 
 
 
184 aa  140  9e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  47.19 
 
 
176 aa  140  9.999999999999999e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  44.85 
 
 
197 aa  132  3e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  42.86 
 
 
225 aa  130  7.999999999999999e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  48.88 
 
 
179 aa  129  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  47.27 
 
 
181 aa  127  6e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  47.13 
 
 
176 aa  124  6e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  50.59 
 
 
182 aa  120  7e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  49.09 
 
 
214 aa  120  9e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  48.19 
 
 
188 aa  114  8.999999999999998e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  40.49 
 
 
184 aa  112  2.0000000000000002e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  42.44 
 
 
194 aa  112  2.0000000000000002e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  42.78 
 
 
200 aa  112  3e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  45.56 
 
 
172 aa  108  4.0000000000000004e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  42.17 
 
 
182 aa  104  5e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  37.99 
 
 
199 aa  102  2e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  35.29 
 
 
172 aa  97.4  8e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  38.65 
 
 
168 aa  96.3  2e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  39.88 
 
 
198 aa  96.7  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  38.95 
 
 
182 aa  94.7  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  39.16 
 
 
173 aa  94  9e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  35.06 
 
 
171 aa  93.2  2e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  31.58 
 
 
171 aa  92.4  3e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  31.58 
 
 
171 aa  92  3e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
176 aa  92  4e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  32.75 
 
 
171 aa  92  4e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  32.75 
 
 
171 aa  91.7  5e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  32.75 
 
 
171 aa  91.7  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  32.75 
 
 
171 aa  91.7  5e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  39.75 
 
 
176 aa  91.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  32.75 
 
 
171 aa  91.7  5e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  33.73 
 
 
176 aa  91.7  5e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  35.14 
 
 
204 aa  90.9  8e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  35.29 
 
 
172 aa  90.9  8e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  38.41 
 
 
173 aa  90.5  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  39.64 
 
 
185 aa  89.7  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  32.16 
 
 
171 aa  88.6  4e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  30.99 
 
 
171 aa  89  4e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  38.27 
 
 
176 aa  88.6  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  35.63 
 
 
182 aa  88.2  5e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  29.21 
 
 
179 aa  87.8  7e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  36.99 
 
 
224 aa  87  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  38.55 
 
 
176 aa  87  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  34.88 
 
 
180 aa  86.3  2e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  41.07 
 
 
169 aa  85.5  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  36.9 
 
 
210 aa  85.5  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  30.54 
 
 
167 aa  85.1  5e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  35.88 
 
 
223 aa  83.6  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  40.48 
 
 
169 aa  84  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  35.93 
 
 
169 aa  84  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  31.76 
 
 
176 aa  84  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  34.73 
 
 
168 aa  83.2  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  35.88 
 
 
223 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  36.42 
 
 
188 aa  82.4  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  36.69 
 
 
189 aa  82  0.000000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  40.12 
 
 
201 aa  82  0.000000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  30.73 
 
 
182 aa  82  0.000000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  27.53 
 
 
179 aa  81.6  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  37.29 
 
 
187 aa  81.6  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  35.59 
 
 
166 aa  81.6  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  35.47 
 
 
177 aa  81.6  0.000000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  36.09 
 
 
204 aa  81.3  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  30.11 
 
 
176 aa  80.9  0.000000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  34.32 
 
 
176 aa  80.5  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  34.97 
 
 
199 aa  80.1  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  34.34 
 
 
185 aa  80.1  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  26.55 
 
 
179 aa  80.1  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  27.43 
 
 
179 aa  79  0.00000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  36.54 
 
 
189 aa  78.6  0.00000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  36.54 
 
 
189 aa  78.6  0.00000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  39.41 
 
 
167 aa  78.6  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1479  16S rRNA-processing protein RimM  31.4 
 
 
173 aa  78.6  0.00000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  34.3 
 
 
181 aa  78.2  0.00000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  36.69 
 
 
182 aa  77.8  0.00000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  29.76 
 
 
167 aa  77.8  0.00000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  38.69 
 
 
169 aa  77.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  29.76 
 
 
167 aa  77.8  0.00000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  37.21 
 
 
231 aa  77  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  31.25 
 
 
173 aa  77  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>