More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3700 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3700  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 461 aa  952    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0489  GGDEF family protein  65.73 
 
 		 469 aa  642    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.788627  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05399  hypothetical protein  43.36 
 
 		 480 aa  401  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001462  extracellular solute-binding protein family 3/GGDEF domain protein  43.39 
 
 		 451 aa  380  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2229  GGDEF domain-containing protein  42.05 
 
 		 467 aa  346  5e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.161557  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.2 
 
 		 896 aa  160  6e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.46 
 
 		 1080 aa  150  4e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  28.17 
 
 		 489 aa  140  6e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  29.12 
 
 		 507 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  28.89 
 
 		 507 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  24.54 
 
 		 775 aa  134  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  28.76 
 
 		 484 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  25.9 
 
 		 778 aa  131  3e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  28.15 
 
 		 483 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  26.81 
 
 		 482 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  25.06 
 
 		 935 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  26.41 
 
 		 482 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  27.88 
 
 		 488 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  29.57 
 
 		 937 aa  123  7e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  29.57 
 
 		 937 aa  123  7e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  24.88 
 
 		 458 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.52 
 
 		 761 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  25.4 
 
 		 464 aa  120  7e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  30.31 
 
 		 937 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  25.87 
 
 		 474 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  28.79 
 
 		 937 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0991  GGDEF family protein  35.57 
 
 		 527 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 343 aa  114  3e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 301 aa  114  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  25.93 
 
 		 794 aa  113  6e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  41.28 
 
 		 1076 aa  113  8.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1645  metal dependent phosphohydrolase  25.99 
 
 		 615 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  29.32 
 
 		 928 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  29.76 
 
 		 941 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  29.32 
 
 		 928 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 492 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 492 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  36.76 
 
 		 424 aa  111  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 580 aa  111  3e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3994  GGDEF  37.31 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000430397  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  31.58 
 
 		 932 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5028  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.75 
 
 		 637 aa  110  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00518109  normal  0.939284 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1467  diguanylate cyclase  34.03 
 
 		 722 aa  110  5e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 492 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 492 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 492 aa  110  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  37.13 
 
 		 1636 aa  110  7.000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 955 aa  110  8.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 370 aa  110  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.22 
 
 		 1072 aa  110  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  28.97 
 
 		 928 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0660  triosephosphate isomerase  30.41 
 
 		 855 aa  109  9.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.146295  normal  0.430241 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 312 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 516 aa  109  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 372 aa  109  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 		 937 aa  108  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 323 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  39.63 
 
 		 722 aa  108  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  37.43 
 
 		 485 aa  108  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.87 
 
 		 531 aa  108  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 422 aa  108  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  34.57 
 
 		 588 aa  108  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 522 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  34.1 
 
 		 492 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  34.1 
 
 		 492 aa  108  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  34.58 
 
 		 585 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2262  diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 237 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0475991  normal  0.424115 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0443  diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 378 aa  107  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  29.13 
 
 		 912 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2576  diguanylate cyclase  28.85 
 
 		 931 aa  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000375627  hitchhiker  0.0011212 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2144  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 263 aa  106  8e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.3 
 
 		 570 aa  106  8e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2279  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 467 aa  106  8e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 320 aa  106  9e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 630 aa  106  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  25.29 
 
 		 712 aa  106  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 317 aa  106  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 623 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 317 aa  106  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.2 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 507 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 492 aa  105  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 585 aa  105  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 464 aa  105  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 610 aa  105  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 461 aa  105  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  31.94 
 
 		 357 aa  105  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  35.2 
 
 		 311 aa  105  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0495  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.07 
 
 		 907 aa  105  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.128556 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 259 aa  105  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.26 
 
 		 407 aa  105  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 532 aa  105  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0508  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.07 
 
 		 917 aa  105  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0729931 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 351 aa  104  3e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3838  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 452 aa  104  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210475  normal  0.0305933 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  36.78 
 
 		 413 aa  104  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 650 aa  104  3e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  31.08 
 
 		 492 aa  104  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1579  metal dependent phosphohydrolase  27.92 
 
 		 618 aa  104  3e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0835  diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 443 aa  104  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.153525  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>