More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0489 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009456  VC0395_0489  GGDEF family protein  100 
 
 
469 aa  972    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.788627  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3700  extracellular solute-binding protein  65.73 
 
 
461 aa  629  1e-179  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05399  hypothetical protein  43.1 
 
 
480 aa  397  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001462  extracellular solute-binding protein family 3/GGDEF domain protein  43.39 
 
 
451 aa  376  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2229  GGDEF domain-containing protein  40.41 
 
 
467 aa  335  1e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.161557  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.29 
 
 
896 aa  152  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  27 
 
 
489 aa  139  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  27.38 
 
 
474 aa  139  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  26.11 
 
 
488 aa  139  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.1 
 
 
1080 aa  138  2e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  26.74 
 
 
794 aa  137  5e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  29.08 
 
 
507 aa  136  8e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  27.29 
 
 
483 aa  133  6e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  24.6 
 
 
775 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  28.2 
 
 
484 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  27.19 
 
 
458 aa  130  6e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  26.62 
 
 
482 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  27.96 
 
 
507 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  26.4 
 
 
482 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0991  GGDEF family protein  40.43 
 
 
527 aa  126  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  24.33 
 
 
935 aa  123  9e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  25.29 
 
 
714 aa  121  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1645  metal dependent phosphohydrolase  26.41 
 
 
615 aa  120  6e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  41.05 
 
 
565 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0443  diguanylate cyclase  37.75 
 
 
378 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5028  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.23 
 
 
637 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00518109  normal  0.939284 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  37.67 
 
 
1636 aa  117  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  38.98 
 
 
1076 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  38.59 
 
 
559 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  30.86 
 
 
955 aa  114  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  38.12 
 
 
301 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  38.17 
 
 
424 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.47 
 
 
322 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.46 
 
 
301 aa  112  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.36 
 
 
308 aa  111  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  36.18 
 
 
569 aa  111  3e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  35.16 
 
 
611 aa  111  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.36 
 
 
308 aa  111  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  25 
 
 
712 aa  110  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  38.51 
 
 
582 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  29.07 
 
 
941 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  36 
 
 
466 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  36 
 
 
466 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  36.57 
 
 
628 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  36 
 
 
466 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  36 
 
 
466 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  36 
 
 
466 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  23.42 
 
 
464 aa  108  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  36 
 
 
454 aa  109  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  39.76 
 
 
329 aa  109  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  38.24 
 
 
360 aa  109  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  36 
 
 
454 aa  109  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 
722 aa  108  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  35.16 
 
 
487 aa  108  2e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1467  diguanylate cyclase  36.79 
 
 
722 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  38.83 
 
 
568 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  40.57 
 
 
464 aa  107  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  33.17 
 
 
312 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  37.7 
 
 
612 aa  107  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  38.02 
 
 
343 aa  106  8e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2239  diguanylate cyclase  37.36 
 
 
387 aa  106  8e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  35.05 
 
 
319 aa  106  9e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  35.6 
 
 
641 aa  106  9e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  29.55 
 
 
912 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2856  GGDEF domain-containing protein  35.2 
 
 
568 aa  105  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.592717 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  34.86 
 
 
422 aa  105  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  34.43 
 
 
821 aa  105  2e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  37.06 
 
 
498 aa  105  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.78 
 
 
531 aa  105  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4680  diguanylate cyclase  34.9 
 
 
405 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3509  diguanylate cyclase  34.85 
 
 
384 aa  104  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.95 
 
 
312 aa  104  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3638  diguanylate cyclase  34.85 
 
 
378 aa  105  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.882001  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  32.21 
 
 
477 aa  104  3e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  36.09 
 
 
413 aa  104  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0843  diguanylate cyclase  34.85 
 
 
384 aa  104  3e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  29.3 
 
 
937 aa  104  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  29.09 
 
 
928 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  32.31 
 
 
581 aa  104  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  38.54 
 
 
1643 aa  104  3e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  29.09 
 
 
928 aa  104  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.11 
 
 
333 aa  104  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  37.84 
 
 
347 aa  104  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.16 
 
 
342 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  40.11 
 
 
335 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  32.41 
 
 
505 aa  103  6e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  38.46 
 
 
432 aa  103  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  34.3 
 
 
388 aa  103  6e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  36.78 
 
 
371 aa  103  7e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  34.72 
 
 
323 aa  103  7e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  26.17 
 
 
937 aa  103  7e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  36.36 
 
 
624 aa  103  8e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  33.16 
 
 
320 aa  103  8e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  38.38 
 
 
334 aa  103  9e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
536 aa  103  9e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  32.75 
 
 
405 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.72 
 
 
1072 aa  103  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 
783 aa  102  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  35.93 
 
 
485 aa  102  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.67 
 
 
312 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>