More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0991 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0991  GGDEF family protein  100 
 
 		 527 aa  1083    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02517  hypothetical protein  43.43 
 
 		 537 aa  438  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003556  GGDEF family protein  44.47 
 
 		 513 aa  421  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000111859  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1824  membrane associated receptor  39.42 
 
 		 482 aa  369  1e-101  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0252626  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0489  GGDEF family protein  40.43 
 
 		 469 aa  126  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.788627  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  33.5 
 
 		 343 aa  124  3e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 388 aa  125  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1339  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 436 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.473224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  35.64 
 
 		 388 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 569 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  41.38 
 
 		 364 aa  118  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.23 
 
 		 730 aa  117  5e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  40.35 
 
 		 413 aa  117  5e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3700  extracellular solute-binding protein  35.18 
 
 		 461 aa  117  6e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.49 
 
 		 578 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5603  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.14 
 
 		 833 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.748206  normal  0.248656 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 499 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  25.71 
 
 		 523 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  38.1 
 
 		 517 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  36.1 
 
 		 624 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1737  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 390 aa  114  5e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0222793  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 382 aa  114  5e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  35.59 
 
 		 1076 aa  113  8.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 294 aa  113  9e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  29.84 
 
 		 487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  36.95 
 
 		 621 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0983  GGDEF family protein  35.75 
 
 		 443 aa  113  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 565 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1554  GGDEF domain-containing protein  36.22 
 
 		 729 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00526113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 342 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.62 
 
 		 441 aa  111  3e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  29.57 
 
 		 753 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3603  GGDEF domain-containing protein  36.07 
 
 		 570 aa  111  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.9 
 
 		 797 aa  111  3e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  35.08 
 
 		 462 aa  111  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.55 
 
 		 1078 aa  111  4.0000000000000004e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  25.09 
 
 		 538 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 487 aa  111  4.0000000000000004e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  35 
 
 		 631 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  35.33 
 
 		 323 aa  110  6e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.32 
 
 		 769 aa  110  6e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  38.03 
 
 		 259 aa  110  6e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 564 aa  110  7.000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  33 
 
 		 581 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5712  diguanylate cyclase  35.85 
 
 		 316 aa  110  7.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.54195  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  30.4 
 
 		 385 aa  110  8.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  32.02 
 
 		 553 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 301 aa  110  8.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2884  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 534 aa  110  9.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.138594  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 320 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 628 aa  109  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  30.04 
 
 		 319 aa  109  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 370 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  38.04 
 
 		 949 aa  108  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  36.5 
 
 		 610 aa  108  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0219  diguanylate cyclase  34.71 
 
 		 303 aa  108  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.59 
 
 		 769 aa  108  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  31.02 
 
 		 577 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 547 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 409 aa  108  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  31.02 
 
 		 571 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 308 aa  109  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 615 aa  108  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 308 aa  109  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  31.4 
 
 		 323 aa  108  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0413  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 461 aa  108  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 395 aa  108  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 360 aa  108  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.13 
 
 		 550 aa  108  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1435  GGDEF domain-containing protein  35.23 
 
 		 733 aa  108  3e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 461 aa  108  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 321 aa  108  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  35.68 
 
 		 456 aa  107  4e-22  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3225  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 599 aa  107  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  28.34 
 
 		 596 aa  107  5e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  28.8 
 
 		 341 aa  107  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  35.2 
 
 		 457 aa  107  5e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 608 aa  107  5e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2010  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.87 
 
 		 574 aa  107  5e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 471 aa  107  5e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 323 aa  107  6e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  37.79 
 
 		 414 aa  107  6e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4041  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 282 aa  107  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649407 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0476  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.15 
 
 		 431 aa  107  6e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 278 aa  107  6e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 387 aa  107  7e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  35.18 
 
 		 532 aa  107  7e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44470  transmembrane sensor cyclic di-GMP signal transduction protein  24.56 
 
 		 513 aa  107  7e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 349 aa  107  8e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  34.76 
 
 		 946 aa  106  8e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0493  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.55 
 
 		 431 aa  106  8e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431095 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  34.86 
 
 		 650 aa  106  8e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.84 
 
 		 457 aa  106  8e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001462  extracellular solute-binding protein family 3/GGDEF domain protein  37.33 
 
 		 451 aa  106  8e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  29.2 
 
 		 736 aa  106  8e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 395 aa  106  9e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2989  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 577 aa  106  9e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0835  diguanylate cyclase  34.69 
 
 		 443 aa  106  9e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.153525  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 303 aa  106  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>