More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_07087 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  56.51 
 
 
641 aa  766    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  100 
 
 
640 aa  1331    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  93.62 
 
 
627 aa  1243    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  66.19 
 
 
636 aa  915    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.4 
 
 
640 aa  352  2e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.19 
 
 
639 aa  349  1e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.88 
 
 
640 aa  345  2e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.14 
 
 
639 aa  343  7e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.98 
 
 
639 aa  342  1e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.55 
 
 
640 aa  342  1e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.98 
 
 
639 aa  342  1e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.03 
 
 
639 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  30.72 
 
 
639 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  31.51 
 
 
639 aa  335  1e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.39 
 
 
640 aa  335  2e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.77 
 
 
639 aa  333  5e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.77 
 
 
639 aa  333  8e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  30.77 
 
 
639 aa  333  8e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.77 
 
 
639 aa  332  1e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  29.98 
 
 
640 aa  326  7e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.76 
 
 
649 aa  322  9.999999999999999e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  29.73 
 
 
640 aa  304  4.0000000000000003e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.38 
 
 
663 aa  238  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.69 
 
 
645 aa  231  4e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.23 
 
 
648 aa  230  6e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.96 
 
 
637 aa  223  9e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.61 
 
 
648 aa  216  7e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.73 
 
 
650 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.02 
 
 
648 aa  210  7e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  26.56 
 
 
648 aa  209  9e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.56 
 
 
648 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.88 
 
 
645 aa  204  3e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.96 
 
 
642 aa  198  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  25.74 
 
 
650 aa  195  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.06 
 
 
637 aa  194  3e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  24.41 
 
 
650 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  24.23 
 
 
654 aa  184  4.0000000000000006e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.45 
 
 
637 aa  181  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.99 
 
 
650 aa  178  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.78 
 
 
696 aa  177  7e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.21 
 
 
650 aa  176  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  24.11 
 
 
639 aa  174  3.9999999999999995e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  23.63 
 
 
639 aa  171  3e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  22.97 
 
 
649 aa  170  9e-41  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.04 
 
 
663 aa  166  9e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  22.72 
 
 
649 aa  164  6e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.68 
 
 
635 aa  156  1e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.21 
 
 
640 aa  133  9e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.69 
 
 
632 aa  130  6e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1068  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.35 
 
 
714 aa  130  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.09 
 
 
638 aa  127  8.000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.68 
 
 
632 aa  125  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.63 
 
 
638 aa  120  6e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  22.41 
 
 
646 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  22.65 
 
 
631 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.53 
 
 
634 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02697  sensory box protein  24.59 
 
 
1510 aa  112  3e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.69 
 
 
644 aa  111  3e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.93 
 
 
698 aa  111  5e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  21.76 
 
 
673 aa  110  6e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.25 
 
 
632 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  23.13 
 
 
1209 aa  110  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4985  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  23.73 
 
 
699 aa  110  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73967  normal  0.0333981 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  23.22 
 
 
634 aa  110  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.79 
 
 
721 aa  109  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1326  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.17 
 
 
1002 aa  109  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.121951  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1418  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.37 
 
 
777 aa  109  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.36 
 
 
790 aa  109  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3856  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  21.23 
 
 
1216 aa  108  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.02 
 
 
1505 aa  108  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.40172  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  22.91 
 
 
1209 aa  108  4e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1506  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.45 
 
 
704 aa  108  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  22.25 
 
 
635 aa  107  5e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4348  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  21.46 
 
 
1215 aa  107  8e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  20.78 
 
 
634 aa  107  9e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  21.46 
 
 
1215 aa  107  9e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4216  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  21.46 
 
 
1215 aa  107  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1149  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.11 
 
 
730 aa  106  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000107704 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.46 
 
 
812 aa  105  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.564982  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  20.41 
 
 
642 aa  105  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0142  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.43 
 
 
539 aa  105  4e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.12 
 
 
623 aa  103  8e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5603  hypothetical protein  24 
 
 
589 aa  103  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3942  GGDEF  21.63 
 
 
784 aa  103  9e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0583241  hitchhiker  0.00556538 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  20.92 
 
 
634 aa  103  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3089  sensory box protein  22.75 
 
 
858 aa  103  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168178  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06253  sensory transduction protein kinase  23.91 
 
 
763 aa  103  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3143  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  21.73 
 
 
608 aa  103  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.322053  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04826  Putative signal protein with PAS(PAC), GGDEF and EAL domains  22.58 
 
 
798 aa  102  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2451  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.29 
 
 
802 aa  103  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.312082 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.29 
 
 
817 aa  103  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  20.9 
 
 
634 aa  102  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24 
 
 
898 aa  102  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154132  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2710  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.05 
 
 
704 aa  102  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00325078 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  20.32 
 
 
657 aa  102  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.56 
 
 
634 aa  102  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0946  sensory box/GGDEF family protein  23.26 
 
 
842 aa  102  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1545  hypothetical protein  23.84 
 
 
776 aa  101  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.150564 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1114  putative diguanylate phosphodiesterase  23.78 
 
 
568 aa  102  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0568  diguanylate cyclase  23.21 
 
 
586 aa  102  3e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>