More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II1099 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  56.51 
 
 
640 aa  766    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  100 
 
 
641 aa  1308    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  56.6 
 
 
636 aa  754    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  55.82 
 
 
627 aa  745    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  31.66 
 
 
640 aa  363  7.0000000000000005e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.97 
 
 
640 aa  362  1e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.86 
 
 
640 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.39 
 
 
640 aa  357  5e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.71 
 
 
639 aa  356  6.999999999999999e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.08 
 
 
639 aa  353  4e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.71 
 
 
639 aa  350  4e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.51 
 
 
639 aa  350  5e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  31.51 
 
 
639 aa  350  6e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.51 
 
 
639 aa  349  7e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.23 
 
 
640 aa  348  2e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.78 
 
 
639 aa  348  2e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  31.24 
 
 
639 aa  344  2.9999999999999997e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.78 
 
 
639 aa  344  2.9999999999999997e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.78 
 
 
639 aa  344  2.9999999999999997e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  30.88 
 
 
639 aa  336  7e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.64 
 
 
649 aa  322  1.9999999999999998e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  28.12 
 
 
640 aa  296  5e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.42 
 
 
648 aa  233  8.000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.36 
 
 
637 aa  232  2e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.44 
 
 
645 aa  230  6e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.85 
 
 
645 aa  227  6e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.96 
 
 
663 aa  225  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.88 
 
 
642 aa  213  1e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.64 
 
 
648 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.54 
 
 
650 aa  206  1e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.85 
 
 
650 aa  206  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  24.69 
 
 
650 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.81 
 
 
650 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.34 
 
 
648 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  25.34 
 
 
648 aa  197  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  25.12 
 
 
650 aa  197  6e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.53 
 
 
696 aa  194  4e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.41 
 
 
648 aa  193  7e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.81 
 
 
637 aa  191  4e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  24.89 
 
 
639 aa  189  1e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  24.43 
 
 
639 aa  183  8.000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.42 
 
 
637 aa  182  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  23.66 
 
 
654 aa  176  9.999999999999999e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.5 
 
 
663 aa  167  4e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  22.62 
 
 
649 aa  164  5.0000000000000005e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  24.92 
 
 
649 aa  160  8e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.39 
 
 
632 aa  152  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.66 
 
 
638 aa  151  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.67 
 
 
632 aa  145  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  22.91 
 
 
635 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.12 
 
 
634 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.03 
 
 
634 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.94 
 
 
634 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  22.8 
 
 
634 aa  128  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.29 
 
 
644 aa  128  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.47 
 
 
634 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.93 
 
 
638 aa  126  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  23.38 
 
 
631 aa  125  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.14 
 
 
642 aa  124  5e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  23.71 
 
 
646 aa  124  5e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.79 
 
 
634 aa  124  7e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  24.39 
 
 
634 aa  123  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.26 
 
 
634 aa  120  7e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.26 
 
 
634 aa  120  9e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  23.26 
 
 
634 aa  120  9e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.49 
 
 
698 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3251  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.64 
 
 
732 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.310798  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.77 
 
 
583 aa  118  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.36 
 
 
634 aa  118  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.75 
 
 
632 aa  119  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.25 
 
 
623 aa  117  5e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.03 
 
 
634 aa  117  6e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.94 
 
 
932 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.63 
 
 
640 aa  114  7.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4198  putative sensor protein  26.24 
 
 
1105 aa  112  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.350673  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1326  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.45 
 
 
1002 aa  111  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.121951  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  25.06 
 
 
1120 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2682  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  24.58 
 
 
596 aa  110  8.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1114  putative diguanylate phosphodiesterase  22.86 
 
 
568 aa  110  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.12 
 
 
975 aa  110  1e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.24 
 
 
769 aa  108  3e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.29 
 
 
731 aa  108  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00840861 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.7 
 
 
979 aa  108  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1737  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  25.83 
 
 
818 aa  108  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  27.25 
 
 
661 aa  108  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.15 
 
 
753 aa  108  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.34 
 
 
721 aa  107  5e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.72 
 
 
1466 aa  107  6e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.08 
 
 
1505 aa  107  6e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.40172  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.38 
 
 
721 aa  107  8e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.7 
 
 
715 aa  107  8e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.923401  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1405  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.82 
 
 
879 aa  107  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  24.94 
 
 
944 aa  106  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1712  diguanylate cyclase, putative  24.82 
 
 
665 aa  106  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.7 
 
 
715 aa  106  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1532  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.22 
 
 
811 aa  105  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.308961  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1614  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.69 
 
 
771 aa  105  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0431388 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0170  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.92 
 
 
901 aa  105  3e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0142  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.88 
 
 
539 aa  104  4e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3143  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.07 
 
 
608 aa  104  5e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.322053  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>