More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_3648 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  72.61 
 
 
640 aa  1003    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  94.21 
 
 
639 aa  1237    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  75.71 
 
 
639 aa  1043    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  90.61 
 
 
639 aa  1200    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  74.65 
 
 
639 aa  1008    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  76.06 
 
 
640 aa  1023    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  73.71 
 
 
640 aa  991    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  90.92 
 
 
639 aa  1202    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  76.02 
 
 
640 aa  1049    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  98.59 
 
 
639 aa  1308    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  49.77 
 
 
640 aa  637    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
639 aa  1325    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  90.61 
 
 
639 aa  1197    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  90.77 
 
 
639 aa  1201    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
639 aa  1325    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  75.55 
 
 
640 aa  1046    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  91.71 
 
 
639 aa  1211    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  31.78 
 
 
641 aa  356  6.999999999999999e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  30.97 
 
 
636 aa  356  7.999999999999999e-97  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  31.98 
 
 
640 aa  352  8.999999999999999e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  32.01 
 
 
627 aa  345  1e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.46 
 
 
649 aa  299  1e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.79 
 
 
642 aa  262  1e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.73 
 
 
645 aa  251  4e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.16 
 
 
663 aa  241  2e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  27.25 
 
 
654 aa  219  1e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.59 
 
 
648 aa  209  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.69 
 
 
637 aa  206  7e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  26.8 
 
 
649 aa  200  7.999999999999999e-50  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  26.76 
 
 
639 aa  195  2e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.88 
 
 
645 aa  194  4e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.98 
 
 
650 aa  194  6e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  26.6 
 
 
639 aa  193  7e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  26.98 
 
 
650 aa  193  9e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  27.65 
 
 
649 aa  192  1e-47  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  26.54 
 
 
650 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.99 
 
 
637 aa  187  7e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.79 
 
 
648 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.38 
 
 
637 aa  184  3e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.33 
 
 
696 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.58 
 
 
650 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.64 
 
 
648 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.66 
 
 
648 aa  179  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  26.64 
 
 
648 aa  178  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.2 
 
 
650 aa  176  9e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.19 
 
 
632 aa  170  7e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.2 
 
 
663 aa  162  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.88 
 
 
638 aa  162  2e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.91 
 
 
635 aa  152  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.41 
 
 
640 aa  137  8e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.99 
 
 
638 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.15 
 
 
632 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  26.24 
 
 
631 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.47 
 
 
634 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1418  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.63 
 
 
777 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.87 
 
 
738 aa  127  5e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  24.57 
 
 
646 aa  127  7e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  26.56 
 
 
734 aa  126  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.84 
 
 
634 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.18 
 
 
632 aa  125  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.18 
 
 
731 aa  125  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00840861 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.84 
 
 
634 aa  125  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.84 
 
 
634 aa  125  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  24.63 
 
 
634 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.63 
 
 
634 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.74 
 
 
644 aa  124  5e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.05 
 
 
634 aa  124  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.49 
 
 
634 aa  124  5e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04826  Putative signal protein with PAS(PAC), GGDEF and EAL domains  25.97 
 
 
798 aa  124  5e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.05 
 
 
634 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  23.37 
 
 
634 aa  120  6e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.29 
 
 
634 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.04 
 
 
942 aa  119  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339045  normal  0.881736 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.52 
 
 
808 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3824  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.84 
 
 
877 aa  117  6.9999999999999995e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.668765  normal  0.248455 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.98 
 
 
769 aa  117  7.999999999999999e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2604  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.11 
 
 
678 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  23.43 
 
 
1006 aa  115  3e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37050  PAS domain S-box/diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  24.7 
 
 
919 aa  114  5e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.790153  normal  0.0286025 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.69 
 
 
891 aa  114  6e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3769  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.27 
 
 
732 aa  114  7.000000000000001e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.42 
 
 
642 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.61 
 
 
1010 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.22 
 
 
714 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001909  GGDEF family protein  23.94 
 
 
848 aa  112  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.84 
 
 
975 aa  111  4.0000000000000004e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0214  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.24 
 
 
816 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.419682 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1736  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.24 
 
 
663 aa  110  7.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0484456  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  24.03 
 
 
1245 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.54 
 
 
883 aa  110  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.660449  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1889  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.56 
 
 
562 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.969395  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  24.76 
 
 
944 aa  109  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  26.9 
 
 
811 aa  110  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0034  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  25.6 
 
 
806 aa  110  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3480  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.38 
 
 
562 aa  110  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629722  normal  0.285223 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1018  GGDEF domain-containing protein  23.28 
 
 
678 aa  109  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00123246  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.75 
 
 
1118 aa  109  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.604832  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2258  sensory box protein  25.38 
 
 
562 aa  109  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.202787  normal  0.0243284 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3870  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.4 
 
 
739 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1506  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.88 
 
 
704 aa  109  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>