More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0362 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  80.44 
 
 
640 aa  1100    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  74.45 
 
 
639 aa  1028    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  74.18 
 
 
639 aa  1006    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
639 aa  1328    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  74.33 
 
 
639 aa  1011    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  74.49 
 
 
639 aa  1010    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  71.52 
 
 
640 aa  995    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  74.33 
 
 
639 aa  1011    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  81.69 
 
 
640 aa  1097    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  50.86 
 
 
640 aa  638    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  74.65 
 
 
639 aa  1008    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  74.65 
 
 
639 aa  1008    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  69.01 
 
 
640 aa  980    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  84.66 
 
 
640 aa  1131    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  74.33 
 
 
639 aa  1009    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  74.96 
 
 
639 aa  1008    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  74.33 
 
 
639 aa  1009    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  32.08 
 
 
641 aa  363  5.0000000000000005e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  32.03 
 
 
640 aa  348  2e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  31.64 
 
 
627 aa  337  3.9999999999999995e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  29.89 
 
 
636 aa  330  5.0000000000000004e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.67 
 
 
649 aa  305  2.0000000000000002e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.69 
 
 
642 aa  253  9.000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.6 
 
 
645 aa  243  6e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.64 
 
 
663 aa  232  2e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.56 
 
 
645 aa  206  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.27 
 
 
637 aa  200  5e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  26.09 
 
 
654 aa  199  1.0000000000000001e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.73 
 
 
648 aa  198  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.15 
 
 
650 aa  196  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.61 
 
 
637 aa  195  3e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  26.78 
 
 
649 aa  192  1e-47  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.62 
 
 
637 aa  192  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.21 
 
 
648 aa  189  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.13 
 
 
648 aa  187  4e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  26.13 
 
 
648 aa  187  7e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.11 
 
 
648 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  24.73 
 
 
639 aa  186  2.0000000000000003e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  25.51 
 
 
649 aa  185  2.0000000000000003e-45  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  25.27 
 
 
650 aa  184  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  24.96 
 
 
650 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  24.29 
 
 
639 aa  183  1e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.46 
 
 
696 aa  179  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  22.8 
 
 
650 aa  167  5e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  22.65 
 
 
650 aa  165  3e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.39 
 
 
632 aa  155  2.9999999999999998e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.41 
 
 
663 aa  153  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.98 
 
 
638 aa  151  4e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  21.79 
 
 
635 aa  145  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.12 
 
 
640 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  25.44 
 
 
734 aa  126  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.15 
 
 
942 aa  120  7e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339045  normal  0.881736 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.61 
 
 
632 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.42 
 
 
738 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2604  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.59 
 
 
678 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04826  Putative signal protein with PAS(PAC), GGDEF and EAL domains  25.24 
 
 
798 aa  118  3.9999999999999997e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.68 
 
 
979 aa  117  6.9999999999999995e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.86 
 
 
632 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.31 
 
 
634 aa  115  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5603  hypothetical protein  23 
 
 
589 aa  115  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  22.51 
 
 
1006 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.03 
 
 
644 aa  114  5e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.75 
 
 
769 aa  114  5e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.24 
 
 
634 aa  113  9e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.5 
 
 
682 aa  113  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.96 
 
 
634 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.45 
 
 
634 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.31 
 
 
730 aa  112  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  23.24 
 
 
634 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.24 
 
 
634 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1068  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.34 
 
 
714 aa  112  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.2 
 
 
689 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.88 
 
 
808 aa  111  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  22.77 
 
 
646 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.04 
 
 
638 aa  111  5e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.44 
 
 
673 aa  111  5e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  22.94 
 
 
631 aa  111  5e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2753  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.28 
 
 
1009 aa  111  5e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.28 
 
 
1009 aa  110  6e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2929  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.81 
 
 
1009 aa  108  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.62 
 
 
634 aa  109  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  22.54 
 
 
634 aa  108  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.23 
 
 
665 aa  108  3e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.65 
 
 
753 aa  108  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0979  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.83 
 
 
816 aa  108  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.03 
 
 
634 aa  107  5e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.61 
 
 
739 aa  107  7e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4349  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.82 
 
 
695 aa  107  7e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.967572  normal  0.71364 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4239  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.82 
 
 
695 aa  107  7e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3870  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.61 
 
 
739 aa  107  7e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3166  GGDEF domain-containing protein  24.16 
 
 
755 aa  107  8e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1500  sensory box protein  23.28 
 
 
998 aa  107  9e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1736  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.33 
 
 
663 aa  107  9e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0484456  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0581  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.61 
 
 
739 aa  106  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.54 
 
 
891 aa  106  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.27 
 
 
994 aa  106  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.52 
 
 
634 aa  107  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.18 
 
 
1413 aa  106  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564112  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3143  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  24.55 
 
 
786 aa  105  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.661256  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.04 
 
 
731 aa  105  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00840861 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>