More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0430 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  75.12 
 
 
639 aa  1023    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  69.01 
 
 
639 aa  963    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  69.69 
 
 
640 aa  974    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  76.18 
 
 
639 aa  1029    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  69.01 
 
 
640 aa  951    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  75.86 
 
 
639 aa  1027    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  75.43 
 
 
639 aa  1026    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  78.25 
 
 
640 aa  1073    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  76.02 
 
 
639 aa  1029    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  76.02 
 
 
639 aa  1028    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  75.55 
 
 
639 aa  1028    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  75.55 
 
 
639 aa  1028    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  70.58 
 
 
640 aa  981    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
640 aa  1325    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  70.53 
 
 
639 aa  981    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  75.71 
 
 
639 aa  1022    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  47.74 
 
 
640 aa  611  1e-173  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  30.97 
 
 
641 aa  362  1e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  32.4 
 
 
640 aa  352  2e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  30.78 
 
 
636 aa  346  7e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  31.85 
 
 
627 aa  342  1e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.26 
 
 
649 aa  295  2e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.59 
 
 
642 aa  251  3e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.7 
 
 
645 aa  241  4e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.11 
 
 
663 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.19 
 
 
637 aa  211  4e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  26.57 
 
 
654 aa  207  7e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.35 
 
 
637 aa  196  1e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.95 
 
 
637 aa  189  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  25.79 
 
 
639 aa  189  2e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  26.1 
 
 
649 aa  188  3e-46  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.53 
 
 
645 aa  187  7e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.92 
 
 
648 aa  186  8e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  25.32 
 
 
639 aa  184  5.0000000000000004e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.11 
 
 
696 aa  184  6e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.22 
 
 
650 aa  180  8e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  25.61 
 
 
649 aa  177  4e-43  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  25.73 
 
 
650 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  25.04 
 
 
650 aa  173  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.64 
 
 
648 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.34 
 
 
648 aa  169  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  25.34 
 
 
648 aa  167  4e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.49 
 
 
632 aa  163  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.83 
 
 
663 aa  162  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.77 
 
 
650 aa  161  3e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.26 
 
 
648 aa  162  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.08 
 
 
638 aa  160  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.39 
 
 
650 aa  158  4e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  22.05 
 
 
635 aa  142  3e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.58 
 
 
644 aa  133  7.999999999999999e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.08 
 
 
634 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.46 
 
 
632 aa  131  5.0000000000000004e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.66 
 
 
638 aa  125  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  22.82 
 
 
631 aa  124  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.29 
 
 
632 aa  123  8e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.91 
 
 
640 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.01 
 
 
942 aa  122  1.9999999999999998e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339045  normal  0.881736 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.79 
 
 
634 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0060  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.94 
 
 
815 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00583  cyclic diguanylate phosphodiesterase  25.49 
 
 
848 aa  120  6e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.12 
 
 
634 aa  120  7e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.78 
 
 
634 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  24.07 
 
 
634 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.38 
 
 
634 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.07 
 
 
634 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  23.44 
 
 
634 aa  118  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.48 
 
 
634 aa  118  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.72 
 
 
634 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  25.91 
 
 
734 aa  117  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1418  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.41 
 
 
777 aa  117  6e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.6 
 
 
738 aa  117  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.18 
 
 
808 aa  117  6.9999999999999995e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  21.26 
 
 
646 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  23.98 
 
 
1076 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.63 
 
 
634 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001909  GGDEF family protein  24.17 
 
 
848 aa  113  9e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.72 
 
 
642 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.61 
 
 
731 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00840861 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.62 
 
 
623 aa  111  4.0000000000000004e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3409  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.21 
 
 
728 aa  110  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0505297  normal  0.623835 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1870  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.99 
 
 
1092 aa  110  7.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.227053  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0913  sensory box protein  24.1 
 
 
782 aa  110  8.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.38 
 
 
673 aa  109  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  24.25 
 
 
661 aa  110  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.21 
 
 
728 aa  110  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3824  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.42 
 
 
877 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.668765  normal  0.248455 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.8 
 
 
979 aa  108  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04826  Putative signal protein with PAS(PAC), GGDEF and EAL domains  25.3 
 
 
798 aa  108  3e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.18 
 
 
769 aa  107  5e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.23 
 
 
706 aa  107  8e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0256  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.65 
 
 
703 aa  107  8e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  26.01 
 
 
811 aa  107  9e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.1 
 
 
728 aa  107  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.669177  normal  0.626171 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  21.67 
 
 
634 aa  105  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  25.18 
 
 
571 aa  105  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.03 
 
 
1072 aa  105  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.82 
 
 
706 aa  105  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.99 
 
 
706 aa  105  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1504  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.51 
 
 
944 aa  105  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.628866  normal  0.0653987 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.4 
 
 
706 aa  105  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.996105  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>