More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal_4010 on replicon NC_009052
Organism: Shewanella baltica OS155



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  92.49 
 
 
639 aa  1217    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  89.83 
 
 
639 aa  1191    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  99.22 
 
 
639 aa  1318    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  72.14 
 
 
640 aa  996    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  72.93 
 
 
640 aa  989    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  99.53 
 
 
639 aa  1321    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  75.59 
 
 
639 aa  1041    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  76.49 
 
 
640 aa  1048    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
639 aa  1325    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  99.37 
 
 
639 aa  1319    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  90.61 
 
 
639 aa  1198    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  91.08 
 
 
639 aa  1201    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  75.74 
 
 
640 aa  1028    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  90.61 
 
 
639 aa  1198    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  75.86 
 
 
640 aa  1046    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  74.33 
 
 
639 aa  1011    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  49.46 
 
 
640 aa  633  1e-180  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  31.51 
 
 
641 aa  362  1e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  30.35 
 
 
636 aa  350  6e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  30.77 
 
 
640 aa  342  9e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  31.1 
 
 
627 aa  338  9.999999999999999e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.49 
 
 
649 aa  299  9e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.51 
 
 
642 aa  253  8.000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.19 
 
 
645 aa  241  4e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.06 
 
 
663 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  27.9 
 
 
654 aa  216  8e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.46 
 
 
648 aa  204  4e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.38 
 
 
637 aa  200  7.999999999999999e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  27.58 
 
 
649 aa  194  5e-48  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.43 
 
 
696 aa  192  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.72 
 
 
645 aa  192  1e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.27 
 
 
637 aa  190  5e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.94 
 
 
648 aa  189  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  25.36 
 
 
639 aa  188  3e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  25.08 
 
 
639 aa  186  8e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.64 
 
 
650 aa  186  8e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.34 
 
 
637 aa  184  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  25.88 
 
 
649 aa  182  1e-44  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.3 
 
 
648 aa  182  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  26.3 
 
 
648 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  26.09 
 
 
650 aa  177  7e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.33 
 
 
648 aa  176  9e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  25.58 
 
 
650 aa  172  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.65 
 
 
650 aa  169  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.96 
 
 
632 aa  168  2.9999999999999998e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.46 
 
 
650 aa  164  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.71 
 
 
663 aa  160  8e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.41 
 
 
638 aa  155  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.57 
 
 
635 aa  145  3e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.8 
 
 
640 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.5 
 
 
638 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.3 
 
 
738 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  25.86 
 
 
631 aa  128  3e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.42 
 
 
634 aa  127  9e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.51 
 
 
644 aa  126  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04826  Putative signal protein with PAS(PAC), GGDEF and EAL domains  25.55 
 
 
798 aa  126  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.77 
 
 
632 aa  126  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.56 
 
 
731 aa  125  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00840861 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.06 
 
 
634 aa  124  5e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26 
 
 
634 aa  124  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.78 
 
 
634 aa  123  9e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.95 
 
 
634 aa  123  9e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.47 
 
 
632 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  23.47 
 
 
646 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  24.73 
 
 
634 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.95 
 
 
634 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.73 
 
 
634 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.8 
 
 
634 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.6 
 
 
769 aa  120  7.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.54 
 
 
642 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 
634 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1418  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.03 
 
 
777 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  23.66 
 
 
634 aa  118  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.55 
 
 
975 aa  116  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3251  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.43 
 
 
732 aa  115  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.310798  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.01 
 
 
1118 aa  115  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.604832  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2604  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.86 
 
 
678 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.71 
 
 
942 aa  114  4.0000000000000004e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339045  normal  0.881736 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5603  hypothetical protein  24.88 
 
 
589 aa  114  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.54 
 
 
979 aa  114  7.000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.69 
 
 
808 aa  113  9e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.42 
 
 
673 aa  113  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2581  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25 
 
 
1066 aa  112  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0010376 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  23.68 
 
 
734 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1736  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.15 
 
 
663 aa  111  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0484456  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.85 
 
 
673 aa  111  5e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0203  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.82 
 
 
718 aa  110  5e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0588  hypothetical protein  26.44 
 
 
903 aa  110  6e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.3 
 
 
1010 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.73 
 
 
714 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3143  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  24.04 
 
 
786 aa  110  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.661256  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3769  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.83 
 
 
732 aa  110  9.000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.47 
 
 
1092 aa  109  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37050  PAS domain S-box/diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  23.79 
 
 
919 aa  109  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.790153  normal  0.0286025 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.74 
 
 
730 aa  108  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00065  GGDEF/EAL domain protein  24.64 
 
 
814 aa  108  3e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1870  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25 
 
 
1092 aa  108  4e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.227053  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0979  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.49 
 
 
816 aa  108  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2597  GGDEF  25.31 
 
 
534 aa  107  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.036812 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5143  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.51 
 
 
884 aa  107  6e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.663755  normal  0.026538 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>