More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CCV52592_0162 on replicon NC_009715
Organism: Campylobacter curvus 525.92



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  100 
 
 
649 aa  1315    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  73.5 
 
 
649 aa  982    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
654 aa  444  1e-123  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.81 
 
 
649 aa  268  2.9999999999999995e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.37 
 
 
645 aa  255  2.0000000000000002e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.84 
 
 
663 aa  233  7.000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.06 
 
 
642 aa  227  6e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  28.27 
 
 
639 aa  220  6e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  27.69 
 
 
639 aa  219  1e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.16 
 
 
650 aa  219  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.62 
 
 
637 aa  218  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.76 
 
 
648 aa  218  4e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  27.55 
 
 
639 aa  217  5e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.75 
 
 
639 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.61 
 
 
650 aa  215  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.16 
 
 
637 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  27.16 
 
 
640 aa  214  5.999999999999999e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.42 
 
 
640 aa  213  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.96 
 
 
639 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  25.97 
 
 
650 aa  211  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.58 
 
 
639 aa  211  3e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.48 
 
 
639 aa  211  3e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  27.96 
 
 
639 aa  211  3e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.53 
 
 
640 aa  210  5e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  28.46 
 
 
639 aa  210  7e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.65 
 
 
639 aa  210  8e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.65 
 
 
639 aa  210  8e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.83 
 
 
637 aa  209  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.78 
 
 
639 aa  209  1e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.8 
 
 
639 aa  208  3e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.95 
 
 
650 aa  207  4e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.11 
 
 
648 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  25.69 
 
 
648 aa  204  5e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.69 
 
 
648 aa  204  5e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  26.24 
 
 
650 aa  203  6e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  27.25 
 
 
640 aa  204  6e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.54 
 
 
648 aa  203  9e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.11 
 
 
640 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.61 
 
 
640 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.88 
 
 
635 aa  194  3e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  25.38 
 
 
636 aa  192  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  22.97 
 
 
640 aa  186  9e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  23.66 
 
 
627 aa  182  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  22.62 
 
 
641 aa  181  4e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.73 
 
 
645 aa  179  1e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.49 
 
 
696 aa  176  9e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.93 
 
 
638 aa  171  5e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.27 
 
 
663 aa  158  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.51 
 
 
632 aa  151  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.57 
 
 
703 aa  116  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.88 
 
 
640 aa  115  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0505  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.3 
 
 
952 aa  99.8  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.337439 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.5 
 
 
862 aa  99.4  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.525156  hitchhiker  0.0000167572 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.58 
 
 
638 aa  98.6  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.59 
 
 
1499 aa  97.1  8e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.37 
 
 
1059 aa  97.1  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.192885 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.66 
 
 
632 aa  95.9  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  20.87 
 
 
810 aa  95.5  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  23.74 
 
 
634 aa  94.4  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1021  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.27 
 
 
1051 aa  94.4  6e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.126981  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.61 
 
 
634 aa  93.6  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  22.3 
 
 
631 aa  93.6  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3395  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.95 
 
 
1169 aa  92.4  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.856791  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.44 
 
 
928 aa  92  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.88 
 
 
821 aa  90.9  6e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2055  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.23 
 
 
1034 aa  90.9  7e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4086  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.17 
 
 
820 aa  90.5  8e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6140  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.77 
 
 
705 aa  90.5  8e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0593107  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  22.9 
 
 
973 aa  90.1  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.22 
 
 
842 aa  90.1  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0664928  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  22.22 
 
 
669 aa  89  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.36 
 
 
979 aa  89  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3955  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  22.92 
 
 
749 aa  89.4  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.298684  normal  0.0854397 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.66 
 
 
818 aa  89  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4485  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.48 
 
 
907 aa  89  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.253902  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.45 
 
 
776 aa  89  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.51546  normal  0.843042 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1326  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.05 
 
 
1002 aa  88.2  4e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.121951  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.48 
 
 
818 aa  88.2  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455203  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  22.92 
 
 
749 aa  88.2  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.771777  normal  0.137959 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  22.74 
 
 
818 aa  87.8  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4054  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  22.54 
 
 
749 aa  87.8  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.547575  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4312  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  22.54 
 
 
749 aa  87.8  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.165307  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.25 
 
 
777 aa  87.8  6e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.765489  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  22.86 
 
 
646 aa  87.4  8e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2019  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  22.92 
 
 
749 aa  87  9e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00647394  normal  0.691618 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.07 
 
 
749 aa  87  9e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.291748 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03111  conserved inner membrane protein  21.46 
 
 
646 aa  87  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0526547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.46 
 
 
646 aa  87  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000410805  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  21.46 
 
 
646 aa  87  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473717  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  20.69 
 
 
646 aa  86.3  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  21.46 
 
 
646 aa  87  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03062  hypothetical protein  21.46 
 
 
646 aa  87  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0482106  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4568  regulatory protein CsrD  21.46 
 
 
646 aa  86.7  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00218723  normal  0.217152 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1504  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  19.59 
 
 
944 aa  86.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.628866  normal  0.0653987 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3284  regulatory protein CsrD  21.46 
 
 
646 aa  87  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000365395  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.79 
 
 
682 aa  86.7  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  21.46 
 
 
646 aa  86.7  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000469652  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  21.11 
 
 
661 aa  85.9  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2730  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.59 
 
 
591 aa  86.3  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0590236 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4348  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  22.47 
 
 
1215 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>