More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A1878 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 		 638 aa  1228    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.87 
 
 		 632 aa  516  1.0000000000000001e-145  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.81 
 
 		 637 aa  421  1e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.91 
 
 		 637 aa  413  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.53 
 
 		 637 aa  402  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  38.09 
 
 		 635 aa  352  2e-95  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.24 
 
 		 648 aa  316  8e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.62 
 
 		 648 aa  301  3e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  36.35 
 
 		 648 aa  293  5e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.2 
 
 		 648 aa  292  1e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.59 
 
 		 703 aa  288  2e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.74 
 
 		 648 aa  287  4e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  36.03 
 
 		 650 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.05 
 
 		 640 aa  283  7.000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.5 
 
 		 650 aa  280  6e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  32.82 
 
 		 650 aa  269  1e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  31.99 
 
 		 650 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  35.57 
 
 		 650 aa  257  6e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.95 
 
 		 642 aa  217  5e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.51 
 
 		 663 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  25.99 
 
 		 639 aa  212  2e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  25.35 
 
 		 639 aa  209  1e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.1 
 
 		 645 aa  207  7e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.47 
 
 		 645 aa  199  1.0000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.16 
 
 		 649 aa  198  3e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  23.62 
 
 		 649 aa  193  9e-48  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.08 
 
 		 640 aa  179  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  24.11 
 
 		 640 aa  178  3e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  23.93 
 
 		 649 aa  175  1.9999999999999998e-42  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.88 
 
 		 639 aa  174  5e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  25.67 
 
 		 639 aa  174  5e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.88 
 
 		 639 aa  174  5e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.88 
 
 		 639 aa  172  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.46 
 
 		 639 aa  169  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  23.1 
 
 		 654 aa  169  1e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.56 
 
 		 639 aa  169  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.56 
 
 		 639 aa  169  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.56 
 
 		 639 aa  168  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.41 
 
 		 639 aa  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  24.61 
 
 		 639 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.85 
 
 		 640 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.02 
 
 		 640 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.53 
 
 		 640 aa  162  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  24.09 
 
 		 641 aa  162  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.98 
 
 		 639 aa  159  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.14 
 
 		 696 aa  158  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  23.73 
 
 		 640 aa  144  6e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  23.84 
 
 		 636 aa  142  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.04 
 
 		 663 aa  142  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  23.19 
 
 		 640 aa  140  7e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  22.93 
 
 		 627 aa  139  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.82 
 
 		 644 aa  121  3.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.77 
 
 		 728 aa  117  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.669177  normal  0.626171 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.42 
 
 		 634 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0628  GGDEF domain-containing protein  29.01 
 
 		 728 aa  115  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.54 
 
 		 728 aa  115  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.38 
 
 		 634 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3409  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.54 
 
 		 728 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0505297  normal  0.623835 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  23.18 
 
 		 634 aa  114  5e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.79 
 
 		 623 aa  114  6e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.76 
 
 		 634 aa  114  6e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  24.17 
 
 		 634 aa  111  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.86 
 
 		 642 aa  111  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.17 
 
 		 634 aa  111  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.7 
 
 		 634 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.18 
 
 		 632 aa  110  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.72 
 
 		 634 aa  110  6e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.03 
 
 		 634 aa  110  6e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.47 
 
 		 735 aa  110  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.999048  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.55 
 
 		 638 aa  110  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.17 
 
 		 634 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3251  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.95 
 
 		 732 aa  108  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.310798  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3870  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.01 
 
 		 739 aa  107  6e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.01 
 
 		 739 aa  107  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3744  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.01 
 
 		 739 aa  107  9e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  28.68 
 
 		 734 aa  106  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  25.7 
 
 		 712 aa  104  4e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  24.72 
 
 		 657 aa  104  5e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0581  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.55 
 
 		 739 aa  103  7e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3284  regulatory protein CsrD  25.56 
 
 		 646 aa  103  8e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000365395  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03111  conserved inner membrane protein  25.56 
 
 		 646 aa  103  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0526547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.56 
 
 		 646 aa  103  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000410805  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4198  putative sensor protein  29.27 
 
 		 1105 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.350673  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4568  regulatory protein CsrD  25.56 
 
 		 646 aa  103  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00218723  normal  0.217152 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  25.56 
 
 		 646 aa  103  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473717  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  25.56 
 
 		 646 aa  103  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  25.56 
 
 		 646 aa  103  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000469652  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03062  hypothetical protein  25.56 
 
 		 646 aa  103  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0482106  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  25.34 
 
 		 646 aa  102  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1942  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.1 
 
 		 805 aa  100  6e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061026 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.95 
 
 		 820 aa  100  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.96 
 
 		 1248 aa  100  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.09 
 
 		 632 aa  99.4  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.49 
 
 		 1082 aa  98.6  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2682  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  25.71 
 
 		 596 aa  98.6  4e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  28.34 
 
 		 1120 aa  97.8  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  23.97 
 
 		 646 aa  97.8  5e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4004  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.23 
 
 		 820 aa  97.8  5e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00611465  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.93 
 
 		 817 aa  97.1  9e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3688  regulatory protein CsrD  25 
 
 		 646 aa  97.1  9e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000764521  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>