More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_1217 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  56.19 
 
 		 648 aa  690    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  55.62 
 
 		 648 aa  692    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.62 
 
 		 648 aa  691    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.33 
 
 		 650 aa  674    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  57.67 
 
 		 648 aa  748    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  57.43 
 
 		 650 aa  701    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  100 
 
 		 650 aa  1328    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  94.62 
 
 		 650 aa  1260    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  57.03 
 
 		 650 aa  681    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  56.5 
 
 		 648 aa  695    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.51 
 
 		 637 aa  355  1e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.23 
 
 		 637 aa  327  6e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.54 
 
 		 637 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.7 
 
 		 642 aa  299  9e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  30.68 
 
 		 639 aa  294  4e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  30.57 
 
 		 639 aa  291  3e-77  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.73 
 
 		 645 aa  266  1e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.87 
 
 		 663 aa  265  2e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.35 
 
 		 649 aa  255  1.0000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32 
 
 		 638 aa  252  1e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.26 
 
 		 703 aa  249  1e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.07 
 
 		 645 aa  243  1e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  29.03 
 
 		 635 aa  240  5.999999999999999e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.21 
 
 		 663 aa  234  3e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  25.64 
 
 		 654 aa  228  2e-58  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  24.92 
 
 		 649 aa  210  7e-53  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.6 
 
 		 632 aa  208  3e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  24.81 
 
 		 641 aa  198  2.0000000000000003e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  23.95 
 
 		 649 aa  189  1e-46  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.39 
 
 		 696 aa  178  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.43 
 
 		 640 aa  177  5e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  23.21 
 
 		 640 aa  176  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  22.78 
 
 		 627 aa  173  6.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  22.57 
 
 		 636 aa  173  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.35 
 
 		 640 aa  172  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  24.35 
 
 		 639 aa  172  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.2 
 
 		 639 aa  171  3e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.2 
 
 		 639 aa  171  3e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.23 
 
 		 639 aa  170  8e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  25.83 
 
 		 639 aa  167  4e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  23.5 
 
 		 640 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.92 
 
 		 639 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.92 
 
 		 639 aa  164  6e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.77 
 
 		 640 aa  161  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.77 
 
 		 639 aa  160  5e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.8 
 
 		 639 aa  160  6e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.46 
 
 		 639 aa  160  6e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.5 
 
 		 640 aa  157  4e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.23 
 
 		 634 aa  156  9e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  25.23 
 
 		 634 aa  156  9e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.08 
 
 		 639 aa  156  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.23 
 
 		 634 aa  156  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.23 
 
 		 634 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.79 
 
 		 634 aa  155  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.2 
 
 		 642 aa  153  8e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.54 
 
 		 634 aa  153  8e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.43 
 
 		 640 aa  153  8.999999999999999e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.48 
 
 		 634 aa  152  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.32 
 
 		 634 aa  152  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.66 
 
 		 632 aa  151  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.77 
 
 		 632 aa  150  6e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.17 
 
 		 634 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.88 
 
 		 634 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  24.24 
 
 		 634 aa  143  8e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  23.2 
 
 		 640 aa  140  4.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  24.65 
 
 		 661 aa  136  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.09 
 
 		 942 aa  135  3e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339045  normal  0.881736 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  25.84 
 
 		 631 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  27.06 
 
 		 1076 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.24 
 
 		 673 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  25.17 
 
 		 646 aa  128  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  24.41 
 
 		 643 aa  127  7e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.47 
 
 		 644 aa  127  7e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  25.85 
 
 		 637 aa  126  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.78 
 
 		 769 aa  126  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  25.85 
 
 		 638 aa  126  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  25.85 
 
 		 638 aa  126  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.87 
 
 		 1072 aa  125  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.4 
 
 		 583 aa  125  3e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.260448  normal  0.637098 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.48 
 
 		 979 aa  124  6e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  23.64 
 
 		 634 aa  122  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.88 
 
 		 799 aa  122  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.816618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.85 
 
 		 738 aa  121  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  21.69 
 
 		 676 aa  121  4.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  22.52 
 
 		 669 aa  120  6e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.29 
 
 		 817 aa  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  22.63 
 
 		 635 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03111  conserved inner membrane protein  23.32 
 
 		 646 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0526547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.32 
 
 		 646 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000410805  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.38 
 
 		 994 aa  119  1.9999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  23.32 
 
 		 646 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03062  hypothetical protein  23.32 
 
 		 646 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0482106  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  23.32 
 
 		 646 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473717  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.68 
 
 		 722 aa  118  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  23.82 
 
 		 673 aa  118  3.9999999999999997e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  23.32 
 
 		 646 aa  117  5e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000469652  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4568  regulatory protein CsrD  23.32 
 
 		 646 aa  117  6e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00218723  normal  0.217152 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.33 
 
 		 803 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3284  regulatory protein CsrD  23.44 
 
 		 646 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000365395  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3688  regulatory protein CsrD  23.12 
 
 		 646 aa  115  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000764521  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>