More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2095 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
632 aa  1268    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.87 
 
 
638 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.79 
 
 
637 aa  394  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.05 
 
 
637 aa  390  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.05 
 
 
637 aa  380  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  35.06 
 
 
635 aa  339  9.999999999999999e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.93 
 
 
703 aa  273  7e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.97 
 
 
640 aa  263  8e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.55 
 
 
648 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.01 
 
 
648 aa  244  3e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  30.85 
 
 
648 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.7 
 
 
648 aa  240  5e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.13 
 
 
650 aa  236  8e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  30.84 
 
 
650 aa  232  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  30.21 
 
 
650 aa  232  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.97 
 
 
648 aa  230  6e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.41 
 
 
642 aa  225  2e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  28.03 
 
 
639 aa  219  1e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  28.21 
 
 
639 aa  219  2e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  27.6 
 
 
650 aa  216  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  27.01 
 
 
650 aa  212  2e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.43 
 
 
649 aa  211  3e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.46 
 
 
663 aa  192  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.96 
 
 
640 aa  177  7e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.17 
 
 
640 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  24.72 
 
 
640 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.44 
 
 
645 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.43 
 
 
639 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.71 
 
 
645 aa  173  7.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.92 
 
 
639 aa  173  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.92 
 
 
639 aa  173  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.49 
 
 
640 aa  171  3e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.7 
 
 
639 aa  170  9e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  24.12 
 
 
639 aa  168  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.47 
 
 
639 aa  169  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.55 
 
 
639 aa  167  4e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.55 
 
 
639 aa  167  5e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.55 
 
 
639 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.62 
 
 
640 aa  164  3e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.99 
 
 
696 aa  163  9e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  24.17 
 
 
639 aa  161  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.48 
 
 
663 aa  161  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  23.24 
 
 
649 aa  159  1e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.02 
 
 
639 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  22.67 
 
 
641 aa  153  8e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  25.93 
 
 
649 aa  149  1.0000000000000001e-34  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  25.58 
 
 
654 aa  149  2.0000000000000003e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  22.56 
 
 
640 aa  136  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  22.93 
 
 
627 aa  134  5e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  21.81 
 
 
636 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  22.06 
 
 
640 aa  123  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  20.86 
 
 
644 aa  107  6e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  24.77 
 
 
634 aa  105  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0034  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  26.41 
 
 
806 aa  101  4e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.81 
 
 
735 aa  100  5e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.999048  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.4 
 
 
728 aa  100  7e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  24.11 
 
 
635 aa  100  9e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.96 
 
 
673 aa  100  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3409  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.4 
 
 
728 aa  100  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0505297  normal  0.623835 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.09 
 
 
790 aa  98.6  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0159193 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  26.4 
 
 
1120 aa  97.8  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4198  putative sensor protein  26.4 
 
 
1105 aa  96.7  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.350673  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.17 
 
 
728 aa  96.3  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.669177  normal  0.626171 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3251  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.65 
 
 
732 aa  95.5  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.310798  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0628  GGDEF domain-containing protein  25.75 
 
 
728 aa  94.7  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3870  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.69 
 
 
739 aa  94  7e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2338  sensory box protein  25.12 
 
 
800 aa  94  7e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.69 
 
 
739 aa  94  7e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3252  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  24.88 
 
 
872 aa  94  9e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3137  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  24.88 
 
 
872 aa  94  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2370  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  24.88 
 
 
872 aa  94  9e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1106  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  24.88 
 
 
872 aa  94  9e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1385  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  24.88 
 
 
872 aa  94  9e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.562276  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2078  sensory box protein  24.88 
 
 
800 aa  93.2  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1466  sensory box protein  24.88 
 
 
800 aa  93.2  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.475601  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2682  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  23.63 
 
 
596 aa  93.2  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4262  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.64 
 
 
861 aa  92.4  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3744  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.46 
 
 
739 aa  92.8  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0581  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.69 
 
 
739 aa  92.8  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.73 
 
 
1282 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0958088  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.54 
 
 
638 aa  90.9  7e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1545  hypothetical protein  26.75 
 
 
776 aa  89.7  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.150564 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3554  RNase II stability modulator  23.76 
 
 
667 aa  89.7  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.108406  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.77 
 
 
634 aa  90.1  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.55 
 
 
634 aa  90.1  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3966  RNase II stability modulator  23.76 
 
 
667 aa  89.7  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0378593  normal  0.0378362 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.36 
 
 
698 aa  88.2  4e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  24.32 
 
 
634 aa  88.2  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.32 
 
 
634 aa  88.2  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2393  signal transduction protein  22.72 
 
 
817 aa  87.4  7e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.512634  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  21.51 
 
 
657 aa  87.4  7e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3840  regulatory protein CsrD  22.38 
 
 
647 aa  87  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0479  regulatory protein CsrD  22.38 
 
 
647 aa  87  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0500  regulatory protein CsrD  22.38 
 
 
647 aa  87  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3153  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.78 
 
 
842 aa  86.3  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.256561  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.25 
 
 
805 aa  86.3  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.880185  normal  0.800822 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0760  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.54 
 
 
1404 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.231921  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0503  regulatory protein CsrD  22.18 
 
 
647 aa  86.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1149  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.88 
 
 
730 aa  86.3  0.000000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000107704 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  24.88 
 
 
734 aa  85.1  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>