More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_45930 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  60.46 
 
 
648 aa  726    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  60.77 
 
 
648 aa  728    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  91.22 
 
 
650 aa  1139    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  57.5 
 
 
650 aa  726    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  62.13 
 
 
648 aa  792    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  100 
 
 
650 aa  1291    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  57.03 
 
 
650 aa  715    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  59.85 
 
 
648 aa  724    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  60.46 
 
 
648 aa  726    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  68.92 
 
 
650 aa  860    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.67 
 
 
637 aa  370  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.95 
 
 
637 aa  345  1e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.67 
 
 
637 aa  345  2e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  31.69 
 
 
639 aa  292  2e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.69 
 
 
703 aa  290  8e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  31.54 
 
 
639 aa  289  1e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.3 
 
 
642 aa  282  2e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.07 
 
 
645 aa  276  1.0000000000000001e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.48 
 
 
663 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.11 
 
 
638 aa  269  1e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.7 
 
 
645 aa  266  1e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  31.99 
 
 
635 aa  264  4e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.72 
 
 
649 aa  244  3.9999999999999997e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.84 
 
 
632 aa  243  7e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.02 
 
 
640 aa  240  5.999999999999999e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  26.44 
 
 
654 aa  217  5e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.84 
 
 
663 aa  217  7e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  25 
 
 
641 aa  216  9e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  26.12 
 
 
649 aa  207  4e-52  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.92 
 
 
696 aa  206  1e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  24.41 
 
 
640 aa  204  3e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  23.89 
 
 
627 aa  202  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.62 
 
 
640 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  26.24 
 
 
649 aa  198  3e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  27.04 
 
 
639 aa  197  7e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  26.2 
 
 
640 aa  196  8.000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.27 
 
 
639 aa  194  4e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.27 
 
 
639 aa  194  4e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.46 
 
 
640 aa  190  5.999999999999999e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  23.91 
 
 
636 aa  188  3e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.1 
 
 
640 aa  188  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.3 
 
 
639 aa  187  4e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.56 
 
 
639 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.16 
 
 
639 aa  179  1e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.88 
 
 
639 aa  179  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.49 
 
 
640 aa  177  4e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.88 
 
 
639 aa  177  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  25.45 
 
 
639 aa  177  6e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.88 
 
 
639 aa  176  9e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.88 
 
 
639 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  23.9 
 
 
640 aa  170  9e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  31.03 
 
 
1076 aa  162  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.76 
 
 
803 aa  156  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.95 
 
 
820 aa  153  7e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.47 
 
 
738 aa  153  8e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.55 
 
 
979 aa  149  2.0000000000000003e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  30.93 
 
 
673 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1343  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.41 
 
 
859 aa  149  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0844288  hitchhiker  0.00464954 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.41 
 
 
851 aa  147  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.2 
 
 
942 aa  147  5e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339045  normal  0.881736 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4004  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.96 
 
 
820 aa  145  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00611465  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1356  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.32 
 
 
469 aa  145  3e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0103903  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  29.57 
 
 
811 aa  144  5e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1534  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.81 
 
 
642 aa  144  6e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.376143  normal  0.346331 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.47 
 
 
975 aa  144  6e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  27.45 
 
 
661 aa  144  6e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.59 
 
 
644 aa  144  7e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  29.31 
 
 
571 aa  143  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  26.01 
 
 
669 aa  141  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.02 
 
 
994 aa  140  6e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.14 
 
 
658 aa  140  7.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0034  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  30.25 
 
 
806 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0902  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.75 
 
 
718 aa  138  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.651526  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  24.16 
 
 
634 aa  138  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.64 
 
 
951 aa  137  4e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1184  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.26 
 
 
738 aa  137  5e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.38 
 
 
623 aa  137  5e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0188  GGDEF domain-containing protein  26.12 
 
 
685 aa  137  8e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.04 
 
 
761 aa  136  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2699  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  31.24 
 
 
819 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182626  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1715  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.52 
 
 
749 aa  136  1.9999999999999998e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3437  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.03 
 
 
684 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.67 
 
 
783 aa  135  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.76 
 
 
779 aa  135  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.148378 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  25.06 
 
 
676 aa  134  3.9999999999999996e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.53 
 
 
1072 aa  134  5e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.6 
 
 
842 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0664928  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.45 
 
 
698 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.03 
 
 
577 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1366  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.59 
 
 
738 aa  131  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.39 
 
 
769 aa  131  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.21 
 
 
1120 aa  131  5.0000000000000004e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2432  GGDEF  29.74 
 
 
969 aa  130  6e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00712215 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.24 
 
 
1016 aa  130  7.000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  29.89 
 
 
823 aa  130  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2442  sensory box/GGDEF family protein  29.26 
 
 
768 aa  130  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2710  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.9 
 
 
704 aa  130  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00325078 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  25.47 
 
 
635 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  27.91 
 
 
643 aa  129  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.09 
 
 
1006 aa  129  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101137 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>