More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_1309 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  100 
 
 		 635 aa  1275    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.59 
 
 		 637 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.69 
 
 		 637 aa  450  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.9 
 
 		 637 aa  416  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.06 
 
 		 640 aa  366  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.47 
 
 		 638 aa  347  3e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.16 
 
 		 632 aa  340  5e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.92 
 
 		 648 aa  280  7e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.2 
 
 		 650 aa  271  2e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  33.44 
 
 		 650 aa  267  4e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.9 
 
 		 648 aa  261  4e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  31.9 
 
 		 648 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.38 
 
 		 648 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.74 
 
 		 648 aa  257  4e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  30.23 
 
 		 650 aa  257  5e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  29.03 
 
 		 650 aa  253  8.000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  32.09 
 
 		 650 aa  250  4e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.69 
 
 		 663 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.92 
 
 		 642 aa  231  2e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.23 
 
 		 649 aa  211  4e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.32 
 
 		 645 aa  210  7e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  26.7 
 
 		 639 aa  208  2e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  26.73 
 
 		 639 aa  207  4e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.6 
 
 		 703 aa  201  3.9999999999999996e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  25.57 
 
 		 649 aa  198  3e-49  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.88 
 
 		 645 aa  198  3e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.21 
 
 		 663 aa  194  6e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  26.14 
 
 		 649 aa  184  5.0000000000000004e-45  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  25 
 
 		 654 aa  181  4e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.21 
 
 		 696 aa  179  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  24.11 
 
 		 640 aa  168  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.89 
 
 		 640 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  23.95 
 
 		 640 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  24.14 
 
 		 639 aa  162  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  23.75 
 
 		 627 aa  158  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  25.58 
 
 		 636 aa  156  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  24.18 
 
 		 639 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.39 
 
 		 639 aa  153  7e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.39 
 
 		 639 aa  153  7e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.39 
 
 		 639 aa  153  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.98 
 
 		 640 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.05 
 
 		 640 aa  147  6e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.08 
 
 		 639 aa  145  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.69 
 
 		 639 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.69 
 
 		 639 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.69 
 
 		 639 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.16 
 
 		 640 aa  144  3e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  23.11 
 
 		 641 aa  144  3e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.61 
 
 		 639 aa  144  5e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.57 
 
 		 639 aa  144  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  24.22 
 
 		 640 aa  140  7.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.62 
 
 		 644 aa  133  9e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.52 
 
 		 580 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.33 
 
 		 623 aa  107  7e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  22.68 
 
 		 634 aa  106  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0308  GGDEF domain-containing protein  26.32 
 
 		 583 aa  106  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.343771 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.59 
 
 		 583 aa  103  9e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.260448  normal  0.637098 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  23.27 
 
 		 657 aa  100  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.39 
 
 		 769 aa  99  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  23.04 
 
 		 661 aa  97.4  6e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0511  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.62 
 
 		 583 aa  97.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.46 
 
 		 632 aa  97.1  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0502  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.62 
 
 		 574 aa  95.5  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0276751 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  24.71 
 
 		 673 aa  95.9  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7616  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.64 
 
 		 563 aa  96.3  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.226909  normal  0.207076 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  27.1 
 
 		 673 aa  94.7  4e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  25.33 
 
 		 828 aa  93.2  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26 
 
 		 814 aa  92.8  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5602  GGDEF family protein  25.26 
 
 		 656 aa  92.4  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1229  putative diguanylate phosphodiesterase  26.77 
 
 		 694 aa  91.3  5e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.810164  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.79 
 
 		 1016 aa  90.9  6e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  24.05 
 
 		 637 aa  90.5  7e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  24.22 
 
 		 638 aa  90.5  8e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  24.22 
 
 		 638 aa  90.5  8e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0539  regulatory protein CsrD  23.17 
 
 		 636 aa  90.1  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1356  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.32 
 
 		 469 aa  90.1  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0103903  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3756  regulatory protein CsrD  26.46 
 
 		 636 aa  89.7  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  23.23 
 
 		 635 aa  89.7  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.47 
 
 		 499 aa  89  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.462189  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.74 
 
 		 592 aa  89  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.36 
 
 		 698 aa  88.2  4e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  26.15 
 
 		 635 aa  87.8  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.46 
 
 		 753 aa  87  9e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1889  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.68 
 
 		 562 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.969395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21 
 
 		 634 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  23.73 
 
 		 829 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.04 
 
 		 682 aa  85.9  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03720  sensory box GGDEF domain-containing protein  23.91 
 
 		 760 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000164821 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.71 
 
 		 620 aa  85.5  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.66 
 
 		 577 aa  85.5  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  23.5 
 
 		 646 aa  84.7  0.000000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.22 
 
 		 800 aa  84.7  0.000000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  19.92 
 
 		 634 aa  84  0.000000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0466  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.3 
 
 		 696 aa  84  0.000000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0862739  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3586  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.54 
 
 		 731 aa  84  0.000000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.166463 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.02 
 
 		 638 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  21.69 
 
 		 646 aa  83.2  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3480  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.4 
 
 		 562 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629722  normal  0.285223 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  21.93 
 
 		 646 aa  83.6  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473717  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  21.93 
 
 		 646 aa  83.6  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>