More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3756 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_0500  regulatory protein CsrD  59.13 
 
 		 647 aa  757    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  58.58 
 
 		 631 aa  754    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0555  regulatory protein CsrD  59.4 
 
 		 634 aa  759    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0503  regulatory protein CsrD  58.92 
 
 		 647 aa  758    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  54.08 
 
 		 635 aa  674    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0384  regulatory protein CsrD  54.57 
 
 		 636 aa  667    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  58.28 
 
 		 635 aa  764    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0539  regulatory protein CsrD  56.51 
 
 		 636 aa  700    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0479  regulatory protein CsrD  59.13 
 
 		 647 aa  757    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  57.86 
 
 		 657 aa  766    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3840  regulatory protein CsrD  58.92 
 
 		 647 aa  758    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3491  regulatory protein CsrD  58.59 
 
 		 636 aa  737    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3668  regulatory protein CsrD  58.44 
 
 		 636 aa  747    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0461  regulatory protein CsrD  58.75 
 
 		 636 aa  751    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3756  regulatory protein CsrD  100 
 
 		 636 aa  1307    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4422  regulatory protein CsrD  53.75 
 
 		 637 aa  634  1e-180  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  29.25 
 
 		 669 aa  283  5.000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  30.91 
 
 		 661 aa  281  3e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  29.28 
 
 		 676 aa  278  2e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  27.99 
 
 		 673 aa  271  2e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3836  regulatory protein CsrD  29.95 
 
 		 648 aa  270  8e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00572517  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  27.69 
 
 		 643 aa  268  2e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  27.44 
 
 		 637 aa  261  3e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  27.94 
 
 		 638 aa  260  5.0000000000000005e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  27.4 
 
 		 638 aa  260  5.0000000000000005e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3678  regulatory protein CsrD  29.76 
 
 		 640 aa  259  8e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.012256  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  29.42 
 
 		 646 aa  253  7e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  29.42 
 
 		 646 aa  252  2e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000469652  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03111  conserved inner membrane protein  29.26 
 
 		 646 aa  251  3e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0526547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.26 
 
 		 646 aa  251  3e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000410805  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  29.26 
 
 		 646 aa  251  3e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473717  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03062  hypothetical protein  29.26 
 
 		 646 aa  251  3e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0482106  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  29.26 
 
 		 646 aa  251  3e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3284  regulatory protein CsrD  29.26 
 
 		 646 aa  251  3e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000365395  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4568  regulatory protein CsrD  28.46 
 
 		 646 aa  250  6e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00218723  normal  0.217152 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3638  regulatory protein CsrD  28.86 
 
 		 646 aa  248  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00473792 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3566  regulatory protein CsrD  28.86 
 
 		 646 aa  248  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000976452  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3567  regulatory protein CsrD  28.86 
 
 		 646 aa  248  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3673  regulatory protein CsrD  28.86 
 
 		 646 aa  248  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.157127  normal  0.111128 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3735  regulatory protein CsrD  28.86 
 
 		 646 aa  246  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.374197  normal  0.0143461 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3688  regulatory protein CsrD  27.49 
 
 		 646 aa  245  1.9999999999999999e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000764521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0262  regulatory protein CsrD  25.87 
 
 		 645 aa  230  7e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0339804  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0251  regulatory protein CsrD  29.05 
 
 		 645 aa  225  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0597228  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.58 
 
 		 648 aa  144  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  26.42 
 
 		 634 aa  139  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.91 
 
 		 623 aa  137  6.0000000000000005e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.49 
 
 		 642 aa  133  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.19 
 
 		 634 aa  131  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.19 
 
 		 634 aa  131  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.71 
 
 		 634 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.68 
 
 		 648 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  25.81 
 
 		 646 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  23.46 
 
 		 648 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.62 
 
 		 648 aa  128  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  25 
 
 		 634 aa  128  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 		 634 aa  128  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.03 
 
 		 648 aa  127  6e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 		 634 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.77 
 
 		 634 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  25.11 
 
 		 634 aa  125  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.54 
 
 		 634 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.33 
 
 		 663 aa  124  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.96 
 
 		 632 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.23 
 
 		 634 aa  122  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.06 
 
 		 632 aa  121  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.4 
 
 		 649 aa  120  6e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  27.43 
 
 		 631 aa  120  6e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  21.93 
 
 		 650 aa  120  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.68 
 
 		 638 aa  118  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.72 
 
 		 634 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.68 
 
 		 1021 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.44 
 
 		 637 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.09 
 
 		 645 aa  111  5e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  22.04 
 
 		 650 aa  109  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.06 
 
 		 803 aa  109  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  20.9 
 
 		 639 aa  109  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  24.82 
 
 		 1076 aa  109  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0893  diguanylate cyclase  26.08 
 
 		 566 aa  109  2e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0595  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.42 
 
 		 752 aa  107  5e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.06 
 
 		 738 aa  107  8e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.45 
 
 		 928 aa  105  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4004  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.94 
 
 		 820 aa  105  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00611465  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  21.08 
 
 		 639 aa  105  4e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.31 
 
 		 663 aa  105  4e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0142  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.94 
 
 		 539 aa  104  5e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0034  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  25.72 
 
 		 806 aa  104  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  24.18 
 
 		 650 aa  103  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0591  putative sensor protein  24.76 
 
 		 1121 aa  103  9e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0493  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.1 
 
 		 710 aa  103  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.405196  hitchhiker  0.000791154 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.17 
 
 		 642 aa  102  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  25.55 
 
 		 571 aa  102  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.69 
 
 		 689 aa  101  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.36 
 
 		 805 aa  101  3e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.880185  normal  0.800822 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.19 
 
 		 856 aa  102  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0343  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.06 
 
 		 819 aa  101  4e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0947891  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3143  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.3 
 
 		 608 aa  101  4e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.322053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1222  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.06 
 
 		 815 aa  101  4e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.37 
 
 		 703 aa  101  4e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1723  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.25 
 
 		 674 aa  101  4e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.716751 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  26.18 
 
 		 1120 aa  101  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>