More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2197 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
623 aa  1268    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  35.02 
 
 
634 aa  292  1e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.3 
 
 
634 aa  281  3e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.19 
 
 
632 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  32.52 
 
 
646 aa  273  6e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.01 
 
 
632 aa  261  2e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.7 
 
 
634 aa  259  1e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  31.47 
 
 
631 aa  259  1e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  31.48 
 
 
634 aa  258  3e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.48 
 
 
634 aa  258  3e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.71 
 
 
634 aa  257  4e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.48 
 
 
634 aa  257  4e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.28 
 
 
634 aa  256  9e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  30.7 
 
 
634 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.72 
 
 
634 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.48 
 
 
634 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.94 
 
 
634 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.5 
 
 
638 aa  249  8e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.7 
 
 
642 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.19 
 
 
663 aa  154  5.9999999999999996e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.67 
 
 
644 aa  151  4e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.9 
 
 
642 aa  150  5e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.06 
 
 
645 aa  149  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.41 
 
 
648 aa  148  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.95 
 
 
648 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0034  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  25.17 
 
 
806 aa  145  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.95 
 
 
648 aa  143  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  25.95 
 
 
648 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.71 
 
 
818 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2682  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  25.36 
 
 
596 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.22 
 
 
648 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3532  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.03 
 
 
744 aa  143  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.543005 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.67 
 
 
738 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.26 
 
 
818 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  24.03 
 
 
973 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.95 
 
 
637 aa  137  5e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.26 
 
 
818 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455203  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3756  regulatory protein CsrD  25.91 
 
 
636 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1229  putative diguanylate phosphodiesterase  26.01 
 
 
694 aa  137  7.000000000000001e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.810164  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.71 
 
 
753 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0384  regulatory protein CsrD  27.62 
 
 
636 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  24.82 
 
 
734 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.74 
 
 
862 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3668  regulatory protein CsrD  26.55 
 
 
636 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0461  regulatory protein CsrD  26.55 
 
 
636 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3491  regulatory protein CsrD  26.55 
 
 
636 aa  134  6e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0628  GGDEF domain-containing protein  24.82 
 
 
728 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0539  regulatory protein CsrD  26.41 
 
 
636 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.18 
 
 
731 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00840861 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  26.53 
 
 
685 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0591  putative sensor protein  25.12 
 
 
1121 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0503  regulatory protein CsrD  26.42 
 
 
647 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3840  regulatory protein CsrD  26.14 
 
 
647 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.01 
 
 
566 aa  131  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.46 
 
 
897 aa  131  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000208588 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  24.34 
 
 
635 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  24.83 
 
 
650 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.31 
 
 
637 aa  131  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.59 
 
 
769 aa  130  5.0000000000000004e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0500  regulatory protein CsrD  26.42 
 
 
647 aa  130  6e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0479  regulatory protein CsrD  26.42 
 
 
647 aa  130  6e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3166  GGDEF domain-containing protein  24.94 
 
 
755 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1244  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.76 
 
 
709 aa  130  9.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.5 
 
 
730 aa  129  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  24.4 
 
 
631 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0555  regulatory protein CsrD  26.14 
 
 
634 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  26.19 
 
 
685 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  25.28 
 
 
1120 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0456  sensory box/GGDEF family protein  27.45 
 
 
689 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2269  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.35 
 
 
659 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  25.73 
 
 
635 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1710  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.61 
 
 
720 aa  129  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.425295  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1930  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.2 
 
 
735 aa  129  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.737816 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0624  sensory box/GGDEF family protein  26.97 
 
 
689 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  24.71 
 
 
811 aa  128  3e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.46 
 
 
975 aa  128  3e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0517  sensory box/GGDEF family protein  27.21 
 
 
689 aa  128  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0460  sensory box/GGDEF family protein  27.21 
 
 
689 aa  128  4.0000000000000003e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.193635  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0548  sensory box/GGDEF family protein  27.21 
 
 
689 aa  128  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0549  sensory box/GGDEF family protein  27.21 
 
 
689 aa  128  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.7749100000000004e-26 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1114  putative diguanylate phosphodiesterase  24.5 
 
 
568 aa  127  5e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0610  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.78 
 
 
901 aa  127  5e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.999827  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  22.88 
 
 
571 aa  126  9e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2666  putative sensor protein  24.83 
 
 
1129 aa  126  9e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.18 
 
 
951 aa  127  9e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.53 
 
 
728 aa  126  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.669177  normal  0.626171 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1737  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  23.64 
 
 
818 aa  126  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.11 
 
 
965 aa  126  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1184  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.83 
 
 
738 aa  126  1e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0626  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.17 
 
 
856 aa  125  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.63 
 
 
715 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.79 
 
 
649 aa  125  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.63 
 
 
715 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.923401  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.29 
 
 
735 aa  125  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.999048  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  24.38 
 
 
650 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0585  sensory box/GGDEF family protein  26.32 
 
 
689 aa  125  3e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.86 
 
 
805 aa  125  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.880185  normal  0.800822 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1532  GGDEF domain-containing protein  25.69 
 
 
1450 aa  124  5e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2822  PAS/PAC sensor domain-containing diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.36 
 
 
895 aa  124  5e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1418  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.43 
 
 
777 aa  124  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>