More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3773 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  59.68 
 
 
631 aa  748    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3668  regulatory protein CsrD  61.72 
 
 
636 aa  763    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0500  regulatory protein CsrD  60.62 
 
 
647 aa  760    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  60.6 
 
 
635 aa  778    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0479  regulatory protein CsrD  60.62 
 
 
647 aa  761    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0384  regulatory protein CsrD  65.3 
 
 
636 aa  812    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0555  regulatory protein CsrD  61.51 
 
 
634 aa  764    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  53.22 
 
 
657 aa  684    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  100 
 
 
635 aa  1304    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0503  regulatory protein CsrD  60.62 
 
 
647 aa  762    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3491  regulatory protein CsrD  61.09 
 
 
636 aa  751    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0461  regulatory protein CsrD  61.41 
 
 
636 aa  764    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3840  regulatory protein CsrD  60.62 
 
 
647 aa  761    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3756  regulatory protein CsrD  54.08 
 
 
636 aa  690    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0539  regulatory protein CsrD  65.57 
 
 
636 aa  838    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4422  regulatory protein CsrD  64.49 
 
 
637 aa  796    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  31.33 
 
 
661 aa  290  5.0000000000000004e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  30.3 
 
 
673 aa  285  2.0000000000000002e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  28.98 
 
 
669 aa  277  4e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  28.68 
 
 
676 aa  270  7e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  29.17 
 
 
637 aa  265  2e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  29.13 
 
 
638 aa  265  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  29.21 
 
 
638 aa  264  4e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  27.99 
 
 
643 aa  263  4.999999999999999e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3836  regulatory protein CsrD  30.08 
 
 
648 aa  261  2e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00572517  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3678  regulatory protein CsrD  30.28 
 
 
640 aa  255  2.0000000000000002e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.012256  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  31.22 
 
 
646 aa  246  6.999999999999999e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03111  conserved inner membrane protein  31.14 
 
 
646 aa  246  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0526547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.14 
 
 
646 aa  246  9.999999999999999e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000410805  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  31.14 
 
 
646 aa  246  9.999999999999999e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473717  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  31.14 
 
 
646 aa  246  9.999999999999999e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03062  hypothetical protein  31.14 
 
 
646 aa  246  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0482106  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4568  regulatory protein CsrD  31.02 
 
 
646 aa  245  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00218723  normal  0.217152 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3284  regulatory protein CsrD  31.02 
 
 
646 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000365395  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  30.94 
 
 
646 aa  244  5e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000469652  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3566  regulatory protein CsrD  32.39 
 
 
646 aa  242  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000976452  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3567  regulatory protein CsrD  32.39 
 
 
646 aa  242  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212504  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3638  regulatory protein CsrD  32.39 
 
 
646 aa  242  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00473792 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3673  regulatory protein CsrD  32.39 
 
 
646 aa  243  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.157127  normal  0.111128 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3735  regulatory protein CsrD  32.39 
 
 
646 aa  242  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.374197  normal  0.0143461 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3688  regulatory protein CsrD  30.82 
 
 
646 aa  239  8e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000764521  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0262  regulatory protein CsrD  26.7 
 
 
645 aa  228  2e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0339804  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0251  regulatory protein CsrD  26.57 
 
 
645 aa  227  5.0000000000000005e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0597228  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.77 
 
 
642 aa  159  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.46 
 
 
648 aa  147  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  23.75 
 
 
634 aa  146  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.83 
 
 
634 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.55 
 
 
634 aa  144  7e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  23.55 
 
 
634 aa  144  7e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.92 
 
 
634 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.63 
 
 
634 aa  142  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.42 
 
 
634 aa  142  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.68 
 
 
634 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.63 
 
 
634 aa  140  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  26.56 
 
 
648 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.01 
 
 
648 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.88 
 
 
634 aa  139  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.56 
 
 
648 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.23 
 
 
648 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.33 
 
 
637 aa  135  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.92 
 
 
638 aa  135  3e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  24.67 
 
 
646 aa  134  6e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.73 
 
 
623 aa  133  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.58 
 
 
632 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.68 
 
 
634 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.62 
 
 
663 aa  130  7.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.83 
 
 
650 aa  130  8.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.46 
 
 
637 aa  128  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.13 
 
 
637 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0188  GGDEF domain-containing protein  25.06 
 
 
685 aa  124  5e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  25.12 
 
 
631 aa  124  5e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.83 
 
 
632 aa  124  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1825  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.42 
 
 
879 aa  120  9e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  25.18 
 
 
634 aa  119  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2487  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.83 
 
 
735 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0595  sensory box/GGDEF family protein  25.64 
 
 
567 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0539  sensory box, GGDEF family protein  25.64 
 
 
567 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0539  sensory box, GGDEF family protein  25.64 
 
 
567 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0628  sensory box/GGDEF family protein  25.64 
 
 
567 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0683  sensory box/GGDEF family protein  25.64 
 
 
567 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00619208 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3878  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.16 
 
 
892 aa  117  6.9999999999999995e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0142  sensory box protein  25.23 
 
 
1069 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4373  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.28 
 
 
1076 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0757  sensory box/GGDEF family protein  25.12 
 
 
567 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  25.16 
 
 
818 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.92 
 
 
1016 aa  115  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.71 
 
 
650 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.85 
 
 
701 aa  114  5e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.711392  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0696  sensory box/GGDEF family protein  24.88 
 
 
568 aa  114  5e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.612215  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.36 
 
 
567 aa  114  5e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  23.95 
 
 
639 aa  114  6e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  23.78 
 
 
639 aa  114  7.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.72 
 
 
568 aa  114  7.000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.88 
 
 
900 aa  114  8.000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269875  normal  0.342346 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.35 
 
 
799 aa  114  8.000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.816618  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  25.16 
 
 
823 aa  114  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.78 
 
 
642 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.67 
 
 
1499 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.41 
 
 
584 aa  112  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.92 
 
 
649 aa  112  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>