More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3352 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_3668  regulatory protein CsrD  59.94 
 
 		 636 aa  768    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  59.48 
 
 		 631 aa  760    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0503  regulatory protein CsrD  58.65 
 
 		 647 aa  779    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4422  regulatory protein CsrD  53.6 
 
 		 637 aa  665    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0555  regulatory protein CsrD  60.03 
 
 		 634 aa  777    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  53.22 
 
 		 635 aa  671    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3840  regulatory protein CsrD  58.65 
 
 		 647 aa  778    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  100 
 
 		 657 aa  1350    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0539  regulatory protein CsrD  54.21 
 
 		 636 aa  705    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  56.2 
 
 		 635 aa  761    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0384  regulatory protein CsrD  55.32 
 
 		 636 aa  705    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0479  regulatory protein CsrD  58.65 
 
 		 647 aa  779    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3491  regulatory protein CsrD  59.17 
 
 		 636 aa  761    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0461  regulatory protein CsrD  59.48 
 
 		 636 aa  765    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0500  regulatory protein CsrD  58.65 
 
 		 647 aa  778    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3756  regulatory protein CsrD  57.86 
 
 		 636 aa  766    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  29.98 
 
 		 661 aa  290  4e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  27.81 
 
 		 669 aa  290  6e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  27.52 
 
 		 673 aa  283  5.000000000000001e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  27.83 
 
 		 676 aa  280  7e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  28.07 
 
 		 643 aa  280  7e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  27.22 
 
 		 638 aa  265  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  27.22 
 
 		 638 aa  264  4.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  27.33 
 
 		 637 aa  263  6e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3688  regulatory protein CsrD  29.18 
 
 		 646 aa  263  8.999999999999999e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000764521  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3836  regulatory protein CsrD  30.75 
 
 		 648 aa  259  8e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00572517  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3673  regulatory protein CsrD  30 
 
 		 646 aa  257  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.157127  normal  0.111128 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3678  regulatory protein CsrD  31.95 
 
 		 640 aa  257  5e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.012256  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3566  regulatory protein CsrD  30 
 
 		 646 aa  256  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000976452  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3638  regulatory protein CsrD  30 
 
 		 646 aa  256  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00473792 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3567  regulatory protein CsrD  30 
 
 		 646 aa  256  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  28.44 
 
 		 646 aa  256  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3735  regulatory protein CsrD  30.77 
 
 		 646 aa  255  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.374197  normal  0.0143461 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4568  regulatory protein CsrD  28.29 
 
 		 646 aa  254  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00218723  normal  0.217152 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03111  conserved inner membrane protein  29.02 
 
 		 646 aa  253  7e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0526547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.02 
 
 		 646 aa  253  7e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000410805  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  29.02 
 
 		 646 aa  253  7e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03062  hypothetical protein  29.02 
 
 		 646 aa  253  7e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0482106  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  29.02 
 
 		 646 aa  253  7e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473717  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3284  regulatory protein CsrD  28.14 
 
 		 646 aa  251  3e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000365395  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  28.14 
 
 		 646 aa  251  3e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000469652  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0262  regulatory protein CsrD  29.79 
 
 		 645 aa  248  4e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0339804  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0251  regulatory protein CsrD  29.23 
 
 		 645 aa  243  1e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0597228  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.6 
 
 		 634 aa  139  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  25.78 
 
 		 646 aa  139  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.84 
 
 		 632 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.38 
 
 		 663 aa  137  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.76 
 
 		 634 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.84 
 
 		 634 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.84 
 
 		 634 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.17 
 
 		 634 aa  134  6e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.71 
 
 		 649 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  23.61 
 
 		 634 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.94 
 
 		 634 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  24.94 
 
 		 634 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  25.82 
 
 		 639 aa  131  4.0000000000000003e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.71 
 
 		 634 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.34 
 
 		 642 aa  129  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  25.18 
 
 		 639 aa  128  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.7 
 
 		 632 aa  127  6e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.36 
 
 		 648 aa  127  8.000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.48 
 
 		 634 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.91 
 
 		 638 aa  126  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  25.11 
 
 		 648 aa  124  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.11 
 
 		 648 aa  124  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.22 
 
 		 642 aa  124  7e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.16 
 
 		 634 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.89 
 
 		 648 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  24.09 
 
 		 634 aa  121  4.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  26.05 
 
 		 631 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.93 
 
 		 623 aa  120  9e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.55 
 
 		 637 aa  120  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.83 
 
 		 650 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.61 
 
 		 637 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.91 
 
 		 803 aa  115  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.38 
 
 		 648 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.39 
 
 		 650 aa  111  3e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.78 
 
 		 645 aa  107  7e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.47 
 
 		 731 aa  107  8e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00840861 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  20.12 
 
 		 627 aa  106  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.06 
 
 		 1021 aa  106  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.71 
 
 		 637 aa  104  5e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.52 
 
 		 644 aa  104  5e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.97 
 
 		 663 aa  103  9e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0893  diguanylate cyclase  25 
 
 		 566 aa  103  1e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  20.32 
 
 		 640 aa  102  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.92 
 
 		 580 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.82 
 
 		 866 aa  102  3e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.378784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.93 
 
 		 817 aa  101  4e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0511  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.25 
 
 		 583 aa  101  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2653  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.57 
 
 		 770 aa  101  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.953805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  22.4 
 
 		 650 aa  101  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.27 
 
 		 635 aa  99.8  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.59 
 
 		 975 aa  99.4  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  23.65 
 
 		 650 aa  99.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.19 
 
 		 738 aa  98.6  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.21 
 
 		 979 aa  99  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.06 
 
 		 583 aa  98.6  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.26 
 
 		 645 aa  98.6  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4198  putative sensor protein  25.31 
 
 		 1105 aa  98.6  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.350673  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>