More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1449 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  49.14 
 
 		 639 aa  642    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.77 
 
 		 640 aa  656    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  50.86 
 
 		 639 aa  636    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  51.32 
 
 		 640 aa  646    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  48.37 
 
 		 640 aa  635    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  100 
 
 		 640 aa  1313    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.77 
 
 		 639 aa  635    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  49.61 
 
 		 639 aa  634  1e-180  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.77 
 
 		 639 aa  632  1e-180  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.77 
 
 		 639 aa  632  1e-180  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  50.23 
 
 		 639 aa  634  1e-180  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.14 
 
 		 640 aa  631  1e-179  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  49.46 
 
 		 639 aa  629  1e-179  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.46 
 
 		 639 aa  629  1e-179  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.46 
 
 		 639 aa  629  1e-179  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.74 
 
 		 640 aa  628  1e-179  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.46 
 
 		 639 aa  628  1e-179  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  29.73 
 
 		 640 aa  312  1e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  29.26 
 
 		 636 aa  311  2.9999999999999997e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  28.12 
 
 		 641 aa  305  1.0000000000000001e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  28.78 
 
 		 627 aa  293  8e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.29 
 
 		 649 aa  253  7e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.15 
 
 		 663 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.54 
 
 		 642 aa  204  4e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.96 
 
 		 645 aa  203  8e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  25.8 
 
 		 654 aa  199  2.0000000000000003e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  27.25 
 
 		 649 aa  190  7e-47  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.5 
 
 		 645 aa  184  4.0000000000000006e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.48 
 
 		 648 aa  181  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  24.92 
 
 		 649 aa  174  3.9999999999999995e-42  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  25.57 
 
 		 639 aa  170  9e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  25.89 
 
 		 639 aa  167  4e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.84 
 
 		 637 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.36 
 
 		 650 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.71 
 
 		 648 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.59 
 
 		 696 aa  159  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.74 
 
 		 648 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.85 
 
 		 637 aa  157  4e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  24.39 
 
 		 650 aa  157  8e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  26.28 
 
 		 648 aa  156  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.28 
 
 		 648 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.25 
 
 		 637 aa  154  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  24.62 
 
 		 650 aa  153  8e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.35 
 
 		 650 aa  146  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.02 
 
 		 663 aa  144  5e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.2 
 
 		 650 aa  143  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.58 
 
 		 644 aa  138  4e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.41 
 
 		 635 aa  132  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.65 
 
 		 638 aa  127  5e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.65 
 
 		 632 aa  125  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.41 
 
 		 632 aa  124  5e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.63 
 
 		 634 aa  110  5e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1418  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.29 
 
 		 777 aa  110  6e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.22 
 
 		 623 aa  108  3e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  23.75 
 
 		 646 aa  108  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.82 
 
 		 942 aa  107  5e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339045  normal  0.881736 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.93 
 
 		 634 aa  107  7e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.63 
 
 		 634 aa  107  8e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  27.21 
 
 		 631 aa  107  8e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.68 
 
 		 634 aa  107  9e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.89 
 
 		 632 aa  106  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.33 
 
 		 640 aa  106  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  24.9 
 
 		 631 aa  105  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1068  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.53 
 
 		 714 aa  103  1e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  24.53 
 
 		 734 aa  102  3e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.42 
 
 		 634 aa  100  6e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0214  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.61 
 
 		 816 aa  100  8e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.419682 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.94 
 
 		 638 aa  100  9e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  23.32 
 
 		 634 aa  100  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.54 
 
 		 634 aa  100  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  23.63 
 
 		 634 aa  99.4  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04826  Putative signal protein with PAS(PAC), GGDEF and EAL domains  23.09 
 
 		 798 aa  99  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.54 
 
 		 634 aa  99  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.07 
 
 		 634 aa  99  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  24.07 
 
 		 634 aa  99  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.86 
 
 		 634 aa  98.6  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00583  cyclic diguanylate phosphodiesterase  23.69 
 
 		 848 aa  99  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1392  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.85 
 
 		 584 aa  97.8  5e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.623748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.92 
 
 		 769 aa  97.4  6e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0461  regulatory protein CsrD  24.22 
 
 		 636 aa  97.4  7e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.48 
 
 		 738 aa  97.4  8e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1917  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.24 
 
 		 1028 aa  96.7  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3491  regulatory protein CsrD  23.93 
 
 		 636 aa  95.9  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3652  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.94 
 
 		 656 aa  95.9  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3668  regulatory protein CsrD  24.22 
 
 		 636 aa  96.3  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0979  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.33 
 
 		 816 aa  95.5  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2666  putative sensor protein  23.15 
 
 		 1129 aa  94.7  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.24 
 
 		 673 aa  94.7  5e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3143  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  21.97 
 
 		 786 aa  94  9e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.661256  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5631  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  24.04 
 
 		 904 aa  93.2  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.41 
 
 		 642 aa  93.6  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3572  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.34 
 
 		 658 aa  92.4  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1226  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.54 
 
 		 807 aa  92.4  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0558955 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0492  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.77 
 
 		 754 aa  92.4  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  24.46 
 
 		 661 aa  92.8  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.52 
 
 		 779 aa  92.4  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.148378 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  21.88 
 
 		 669 aa  92  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.89 
 
 		 891 aa  91.7  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0591  putative sensor protein  24.14 
 
 		 1121 aa  92  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0555  regulatory protein CsrD  23.38 
 
 		 634 aa  92  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>