More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Maqu_3441 on replicon NC_008740
Organism: Marinobacter aquaeolei VT8



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
663 aa  1331    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.05 
 
 
642 aa  310  5.9999999999999995e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.76 
 
 
648 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  31.19 
 
 
650 aa  274  3e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  30.91 
 
 
650 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.37 
 
 
650 aa  263  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.12 
 
 
648 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.41 
 
 
648 aa  247  6e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.2 
 
 
637 aa  246  6.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.79 
 
 
649 aa  245  1.9999999999999999e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  30.97 
 
 
648 aa  244  3e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.97 
 
 
648 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.57 
 
 
645 aa  242  2e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.43 
 
 
663 aa  233  7.000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  27.64 
 
 
639 aa  233  8.000000000000001e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  27.48 
 
 
639 aa  231  3e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  31.09 
 
 
650 aa  231  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  29.66 
 
 
650 aa  229  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.68 
 
 
645 aa  222  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  30.31 
 
 
635 aa  221  3.9999999999999997e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.6 
 
 
637 aa  218  2.9999999999999998e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27 
 
 
696 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.66 
 
 
637 aa  211  5e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  24.01 
 
 
627 aa  209  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  23.83 
 
 
640 aa  209  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  24.92 
 
 
636 aa  198  3e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  23.89 
 
 
641 aa  198  3e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.02 
 
 
640 aa  188  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.54 
 
 
632 aa  186  8e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  23.49 
 
 
639 aa  186  9e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.95 
 
 
640 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.31 
 
 
632 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.31 
 
 
639 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.49 
 
 
639 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.49 
 
 
639 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.41 
 
 
632 aa  184  6e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.15 
 
 
639 aa  184  6e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.82 
 
 
639 aa  184  6e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.31 
 
 
639 aa  183  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  23.57 
 
 
649 aa  182  1e-44  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.31 
 
 
639 aa  183  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.46 
 
 
640 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  24.61 
 
 
639 aa  180  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.22 
 
 
639 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.84 
 
 
639 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  22.66 
 
 
640 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.35 
 
 
640 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.26 
 
 
634 aa  174  5e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  23.51 
 
 
649 aa  174  6.999999999999999e-42  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.75 
 
 
1021 aa  170  7e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  23.95 
 
 
640 aa  169  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  25.09 
 
 
631 aa  169  1e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.35 
 
 
634 aa  168  4e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  27.15 
 
 
646 aa  165  3e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.7 
 
 
703 aa  164  6e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.34 
 
 
634 aa  164  6e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.34 
 
 
634 aa  163  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  27.34 
 
 
634 aa  163  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  23.72 
 
 
654 aa  162  2e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.1 
 
 
634 aa  161  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  26.41 
 
 
643 aa  160  6e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.35 
 
 
634 aa  158  4e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.62 
 
 
634 aa  157  8e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.64 
 
 
783 aa  156  9e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  23.48 
 
 
646 aa  155  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.21 
 
 
634 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.2 
 
 
638 aa  155  2.9999999999999998e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.75 
 
 
634 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4568  regulatory protein CsrD  23.77 
 
 
646 aa  155  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00218723  normal  0.217152 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  27.6 
 
 
657 aa  154  4e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3284  regulatory protein CsrD  23.58 
 
 
646 aa  154  5e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000365395  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4422  regulatory protein CsrD  25.57 
 
 
637 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03111  conserved inner membrane protein  23.58 
 
 
646 aa  154  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0526547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.58 
 
 
646 aa  154  7e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000410805  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  23.58 
 
 
646 aa  154  7e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03062  hypothetical protein  23.58 
 
 
646 aa  154  7e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0482106  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  23.58 
 
 
646 aa  154  7e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473717  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  25.85 
 
 
634 aa  152  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.74 
 
 
975 aa  153  1e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2393  signal transduction protein  25.04 
 
 
817 aa  153  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.512634  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  23.58 
 
 
646 aa  152  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000469652  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0214  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.78 
 
 
816 aa  151  4e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.419682 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  25.78 
 
 
634 aa  150  7e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5602  GGDEF family protein  26.17 
 
 
656 aa  150  7e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.19 
 
 
686 aa  150  8e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.64 
 
 
673 aa  149  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.89 
 
 
640 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.67 
 
 
738 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0184  PAS/GGDEF domain-containing protein  25 
 
 
684 aa  148  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.3 
 
 
644 aa  148  4.0000000000000006e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  25.5 
 
 
635 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3567  regulatory protein CsrD  25.14 
 
 
646 aa  147  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212504  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3638  regulatory protein CsrD  25.14 
 
 
646 aa  147  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00473792 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3566  regulatory protein CsrD  25.14 
 
 
646 aa  147  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000976452  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3673  regulatory protein CsrD  24.95 
 
 
646 aa  147  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.157127  normal  0.111128 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  23.8 
 
 
638 aa  147  7.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  23.8 
 
 
638 aa  147  8.000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  23.8 
 
 
637 aa  147  8.000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.59 
 
 
800 aa  147  9e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.85 
 
 
638 aa  146  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>