More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001009 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  55.82 
 
 
641 aa  745    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  93.62 
 
 
640 aa  1243    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  100 
 
 
627 aa  1300    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  66.29 
 
 
636 aa  899    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.17 
 
 
639 aa  351  3e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.85 
 
 
640 aa  342  1e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.32 
 
 
639 aa  340  5.9999999999999996e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.31 
 
 
640 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.15 
 
 
639 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.15 
 
 
639 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.09 
 
 
640 aa  335  1e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.23 
 
 
639 aa  332  1e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  31.23 
 
 
639 aa  331  2e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.23 
 
 
639 aa  332  2e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.23 
 
 
639 aa  332  2e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  31.67 
 
 
639 aa  331  3e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.77 
 
 
639 aa  331  3e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  31.05 
 
 
639 aa  330  4e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.19 
 
 
640 aa  328  3e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  29.67 
 
 
640 aa  317  6e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.55 
 
 
649 aa  315  9.999999999999999e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  28.78 
 
 
640 aa  286  5e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.34 
 
 
663 aa  240  5.999999999999999e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.09 
 
 
645 aa  228  3e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.28 
 
 
648 aa  226  7e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.53 
 
 
648 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.09 
 
 
650 aa  211  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.26 
 
 
648 aa  210  6e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.61 
 
 
637 aa  210  7e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  26.26 
 
 
648 aa  210  8e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.53 
 
 
648 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.44 
 
 
645 aa  197  3e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.88 
 
 
637 aa  192  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.12 
 
 
642 aa  191  4e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  24.88 
 
 
650 aa  189  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.92 
 
 
637 aa  184  4.0000000000000006e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  23.55 
 
 
650 aa  183  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  24.33 
 
 
654 aa  177  5e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.71 
 
 
650 aa  176  9e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  22.78 
 
 
650 aa  173  6.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.4 
 
 
696 aa  169  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.93 
 
 
663 aa  167  6.9999999999999995e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  23.66 
 
 
649 aa  165  2.0000000000000002e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  23.48 
 
 
639 aa  162  2e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  23.72 
 
 
639 aa  159  1e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  22.35 
 
 
649 aa  153  8e-36  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.47 
 
 
635 aa  148  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1068  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.88 
 
 
714 aa  129  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.15 
 
 
632 aa  128  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.99 
 
 
638 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.72 
 
 
640 aa  127  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  22.91 
 
 
631 aa  126  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.44 
 
 
632 aa  125  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.4 
 
 
638 aa  125  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  23.37 
 
 
646 aa  125  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.71 
 
 
634 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  22.54 
 
 
634 aa  117  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4985  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  25.34 
 
 
699 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73967  normal  0.0333981 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.72 
 
 
632 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1418  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.59 
 
 
777 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1326  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.71 
 
 
1002 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.121951  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  23.45 
 
 
634 aa  112  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.31 
 
 
790 aa  112  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  23.19 
 
 
1209 aa  111  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1149  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.34 
 
 
730 aa  110  5e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000107704 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3856  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  21.76 
 
 
1216 aa  109  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.29 
 
 
642 aa  110  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.07 
 
 
1505 aa  109  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.40172  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  22.95 
 
 
1209 aa  109  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02697  sensory box protein  23.65 
 
 
1510 aa  108  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4348  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  21.7 
 
 
1215 aa  108  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5603  hypothetical protein  24 
 
 
589 aa  108  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2451  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.11 
 
 
802 aa  108  4e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.312082 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4216  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  21.7 
 
 
1215 aa  108  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  21.7 
 
 
1215 aa  108  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06253  sensory transduction protein kinase  24.4 
 
 
763 aa  106  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3627  signal transduction protein  21.8 
 
 
709 aa  106  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  20.12 
 
 
657 aa  106  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  21.4 
 
 
673 aa  105  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1545  hypothetical protein  23.79 
 
 
776 aa  105  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.150564 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  21.81 
 
 
635 aa  105  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3089  sensory box protein  22.46 
 
 
858 aa  104  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168178  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.99 
 
 
812 aa  104  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.564982  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.2 
 
 
698 aa  104  4e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.07 
 
 
752 aa  104  5e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.245361  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.11 
 
 
898 aa  104  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154132  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2666  putative sensor protein  23.5 
 
 
1129 aa  104  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2247  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.13 
 
 
873 aa  104  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0449323  normal  0.368764 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.8 
 
 
634 aa  104  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.33 
 
 
634 aa  103  7e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  22.48 
 
 
1228 aa  103  8e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.8 
 
 
634 aa  103  8e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3942  GGDEF  21.63 
 
 
784 aa  103  9e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0583241  hitchhiker  0.00556538 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.2 
 
 
718 aa  103  9e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4011  diguanylate cyclase  22.46 
 
 
817 aa  103  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.237804  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1736  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.71 
 
 
663 aa  103  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0484456  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  20.96 
 
 
634 aa  103  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3143  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.43 
 
 
608 aa  103  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.322053  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0946  sensory box/GGDEF family protein  22.98 
 
 
842 aa  102  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1506  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.02 
 
 
704 aa  102  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>