More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0471 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  73.24 
 
 
639 aa  983    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  73.87 
 
 
639 aa  989    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
640 aa  1332    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  74.02 
 
 
639 aa  1000    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  72.73 
 
 
639 aa  1014    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  81.69 
 
 
639 aa  1097    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  70.11 
 
 
640 aa  977    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  73.08 
 
 
639 aa  987    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  79.81 
 
 
640 aa  1090    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  73.71 
 
 
639 aa  988    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  72.93 
 
 
639 aa  987    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  86.72 
 
 
640 aa  1152    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  73.71 
 
 
639 aa  988    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  69.01 
 
 
640 aa  972    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  73.08 
 
 
639 aa  986    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  73.24 
 
 
639 aa  987    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  49.14 
 
 
640 aa  633  1e-180  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  31.86 
 
 
641 aa  368  1e-100  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  30.39 
 
 
640 aa  344  2.9999999999999997e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  29.73 
 
 
636 aa  336  9e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  30.08 
 
 
627 aa  333  5e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.55 
 
 
649 aa  308  2.0000000000000002e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.89 
 
 
642 aa  240  5.999999999999999e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.98 
 
 
645 aa  231  2e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.13 
 
 
663 aa  231  3e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  26.74 
 
 
654 aa  211  4e-53  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.38 
 
 
648 aa  203  7e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  27.12 
 
 
649 aa  201  3.9999999999999996e-50  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  28.42 
 
 
649 aa  196  1e-48  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.81 
 
 
637 aa  196  1e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.42 
 
 
650 aa  196  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.73 
 
 
637 aa  195  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.08 
 
 
645 aa  193  8e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.73 
 
 
637 aa  192  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  25.55 
 
 
639 aa  192  2e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  26.13 
 
 
639 aa  191  4e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  24.54 
 
 
650 aa  186  9e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.81 
 
 
648 aa  183  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  24.4 
 
 
650 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  27.05 
 
 
648 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.05 
 
 
648 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.73 
 
 
648 aa  176  8e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.92 
 
 
696 aa  173  7.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.13 
 
 
632 aa  165  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.39 
 
 
650 aa  162  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.5 
 
 
650 aa  162  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.63 
 
 
663 aa  158  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.53 
 
 
638 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.01 
 
 
635 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.35 
 
 
644 aa  120  7e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.66 
 
 
942 aa  119  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339045  normal  0.881736 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1418  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.18 
 
 
777 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23 
 
 
682 aa  119  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2432  GGDEF  24.71 
 
 
969 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00712215 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1068  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.19 
 
 
714 aa  115  3e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.1 
 
 
638 aa  114  5e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.35 
 
 
640 aa  114  8.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1504  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.64 
 
 
944 aa  113  9e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.628866  normal  0.0653987 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0979  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.51 
 
 
816 aa  113  9e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.98 
 
 
632 aa  113  9e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.89 
 
 
738 aa  113  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5603  hypothetical protein  22.65 
 
 
589 aa  113  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1736  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.01 
 
 
663 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0484456  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2699  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  24.24 
 
 
819 aa  111  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182626  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.88 
 
 
822 aa  110  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.097356 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.03 
 
 
632 aa  111  5e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.47 
 
 
1101 aa  110  8.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.67 
 
 
891 aa  110  9.000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4644  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.1 
 
 
904 aa  110  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.374969  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.76 
 
 
1413 aa  110  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564112  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0060  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.11 
 
 
815 aa  110  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  23.17 
 
 
1006 aa  109  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0845  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.06 
 
 
879 aa  109  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3824  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.37 
 
 
877 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.668765  normal  0.248455 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04826  Putative signal protein with PAS(PAC), GGDEF and EAL domains  24.46 
 
 
798 aa  108  3e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.3 
 
 
1010 aa  108  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5143  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.57 
 
 
884 aa  108  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.663755  normal  0.026538 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1226  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.35 
 
 
807 aa  108  4e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0558955 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.93 
 
 
772 aa  108  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.07 
 
 
883 aa  108  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.660449  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0764  GGDEF domain-containing protein  24.34 
 
 
905 aa  107  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  23.67 
 
 
1245 aa  107  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.21 
 
 
808 aa  107  6e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2604  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.88 
 
 
678 aa  107  9e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  24.22 
 
 
734 aa  107  9e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.93 
 
 
769 aa  107  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.82 
 
 
730 aa  106  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  22.62 
 
 
646 aa  105  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3143  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  22.69 
 
 
786 aa  106  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.661256  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0361  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.6 
 
 
1254 aa  105  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4493  PAS:GGDEF  24.71 
 
 
972 aa  105  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.267938  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.82 
 
 
1118 aa  105  3e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.604832  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  23.43 
 
 
1245 aa  104  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1697  diguanylate cyclase  23.33 
 
 
762 aa  104  4e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.140109  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.79 
 
 
1021 aa  104  5e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3599  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  24.47 
 
 
944 aa  104  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.477673  normal  0.896375 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0203  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  23.53 
 
 
659 aa  104  5e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0173  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.1 
 
 
823 aa  104  6e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.348272  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0203  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.84 
 
 
718 aa  103  7e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.01 
 
 
833 aa  103  8e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>